alphafold-database
الوصول إلى بنى بروتين AlphaFold عبر معرف UniProt
Auch verfügbar von: davila7
يحتاج الباحثون إلى وصول فعال إلى تنبؤات بنية البروtein الحاسوبية لاكتشاف الأدوية ودراسات البيولوجيا الهيكلية. توفر هذه المهارة وصولاً مباشرًا إلى أكثر من 200 مليون بنية بروتينية متوقعة بواسطة AI من قاعدة بيانات AlphaFold، مما يتيح الاسترجاع عبر معرف UniProt وتنزيل ملفات الإحداثيات وتحليل مقاييس الثقة.
Die Skill-ZIP herunterladen
In Claude hochladen
Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen
Einschalten und loslegen
Teste es
Verwendung von "alphafold-database". تنزيل بنية AlphaFold لـ P00520 وتحليل الثقة
Erwartetes Ergebnis:
- معرف AlphaFold: AF-P00520-F1
- البروتين: تيروسين بروتين كيناز ABL1 (بشري)
- طول التسلسل: 1130 حمض أميني
- تحليل pLDDT:
- - ثقة عالية جدًا (>90): 67% من الأحماض الأمينية
- - ثقة عالية (70-90): 18% من الأحماض الأمينية
- تم حفظ البنية في: ./structures/AF-P00520-F1-model_v4.cif
Verwendung von "alphafold-database". تنزيل بروتيوم E. coli باستخدام Google Cloud
Erwartetes Ergebnis:
- معرف التصنيف: 83333
- التنزيل من: gs://public-datasets-deepmind-alphafold-v4/proteomes/
- الملفات المتطابقة: 4123
- تنزيل proteome-tax_id-83333-*.tar (45 جيجابايت الإجمالي)
- التقدم: 45.2 جيجابايت / 45.2 جيجابايت (100%)
- استخرج 4123 أرشيف بنية إلى ./proteomes/
Sicherheitsaudit
SicherThis is a legitimate scientific skill for accessing the AlphaFold protein structure database. All 244 static findings are false positives. The analyzer misinterpreted markdown code formatting (backticks), standard Python HTTP library usage, and documented public API endpoints as security threats. The skill uses safe Biopython library calls, standard requests to authorized EBI APIs, and subprocess with list-form arguments for Google Cloud access.
Risikofaktoren
🌐 Netzwerkzugriff (2)
⚙️ Externe Befehle (1)
📁 Dateisystemzugriff (1)
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
استرجاع بنى البروتين للربط الجزيئي
تنزيل بنى البروتين المستهدفة لدراسات الربط الجزيئي الحاسوبية وتحليل تشكيلات مواقع الارتباط.
تحليل ثقة التنبؤ
تقييم مقاييس pLDDT وPAE لتحديد مناطق البنية الموثوقة للتحليل اللاحق.
بناء خطوط إنتاج تلقائية
دمج الوصول إلى AlphaFold في سير العمل الحاسوبي لتحليل البروتينات واسع النطاق.
Probiere diese Prompts
تنزيل بنية AlphaFold لمعرف UniProt P00520 بتنسيق mmCIF وإظهار درجات ثقة pLDDT.
تنزيل بنى لـ P00520 وP12931 وP04637. مقارنة متوسط درجات pLDDT وتحديد المناطق عالية الثقة.
تنزيل جميع تنبؤات AlphaFold لـ E. coli (معرف التصنيف 83333) باستخدام الوصول السائب من Google Cloud.
إنشاء برنامج Python يأخذ قائمة من معرفات UniProt، ينزل بنىها، ويستخرج إحداثيات CA، ويحسب المسافات بين الأحماض الأمينية.
Bewährte Verfahren
- استخدم Biopython للوصول البسيط لبروتين واحد (واجهة برمجة تطبيقات أنظف من استدعاءات HTTP المباشرة)
- قم بحفظ الملفات التي تم تنزيلها محليًا لتجنب طلبات API المتكررة وحدود المعدل
- للتنزيلات السائبة لأكثر من 100 بروتين، استخدم Google Cloud Storage بدلاً من REST API
Vermeiden
- تجنب استخدام shell=True مع subprocess عند استدعاء gsutil (استخدم قائمة الوسيطات بدلاً من ذلك)
- لا تتجاهل درجات pLDDT عند تفسير البنى (المناطق ذات الثقة المنخفضة قد تكون غير موثوقة)
- تجنب تنزيل الملفات الفردية للبروتيومات الكاملة (استخدم أرشيفات tar من Google Cloud)