alphafold-database
الوصول إلى هياكل البروتين من AlphaFold باستخدام معرف UniProt
또한 다음에서 사용할 수 있습니다: K-Dense-AI
توفر قاعدة بيانات AlphaFold أكثر من 200 مليون هيكل بروتيني متنبأ به بالذكاء الاصطناعي. تساعد هذه المهارة الباحثين على استرجاع ملفات الهياكل، وتحليل درجات الثقة، ودمج التنبؤات في خطوط العمل الحسابية لاكتشاف الأدوية وعلم الأحياء الهيكلي.
스킬 ZIP 다운로드
Claude에서 업로드
설정 → 기능 → 스킬 → 스킬 업로드로 이동
토글을 켜고 사용 시작
테스트해 보기
"alphafold-database" 사용 중입니다. Get the AlphaFold structure for protein ABL1 (P00520) and analyze its confidence scores
예상 결과:
- Protein: ABL1 (Tyrosine-protein kinase ABL1)
- AlphaFold ID: AF-P00520-F1
- Sequence length: 1130 residues
- Average pLDDT: 85 (high confidence)
- High confidence regions: Kinase domain residues show very high confidence (pLDDT > 90)
- Low confidence regions: N-terminal disordered regions show lower confidence (pLDDT < 50)
- Files available: model_v4.cif, confidence_v4.json, predicted_aligned_error_v4.json
"alphafold-database" 사용 중입니다. Find high-confidence human proteins in AlphaFold DB
예상 결과:
- Query results from BigQuery metadata table:
- Found proteins with fractionPlddtVeryHigh > 0.8 in human proteome
- Top results include well-structured cytosolic proteins
- Average sequence length varies from 300 to 2500 residues
- All predictions meet AlphaFold quality thresholds
보안 감사
안전Documentation-only skill for accessing the AlphaFold Protein Structure Database. Contains markdown documentation with Python code examples for legitimate scientific APIs. All network endpoints are public scientific databases (alphafold.ebi.ac.uk, uniprot.org, Google Cloud). No executable code, no sensitive data access, no malicious patterns found after human review.
위험 요인
🌐 네트워크 접근 (1)
⚙️ 외부 명령어 (1)
품질 점수
만들 수 있는 것
الحصول على نماذج البروتين
تحميل الهياكل المتنبأ بها للبروتينات التي لا تحتوي على بيانات تجريبية للتحليل المقارن.
تحليل مواقع الارتباط
استرجاع هياكل البروتين المستهدفة وتقييم مقاييس الثقة لدراسات الفحص الافتراضي.
بناء خطوط تحليل
دمج استدعاءات AlphaFold API في سير العمل الآلي لمعالجة البروتيوم على نطاق واسع.
이 프롬프트를 사용해 보세요
Get the AlphaFold structure for UniProt ID P00520. Download the mmCIF file and summarize the protein.
Compare pLDDT confidence scores between proteins P12931 and P04637. Which has more high-confidence regions?
Find all human proteins in AlphaFold DB with very high confidence (pLDDT greater than 90) using BigQuery. List the top 10 by sequence length.
Download the PAE matrix for protein P00520 and explain the domain arrangement confidence based on the error values.
모범 사례
- تخزين ملفات الهياكل المحملة محلياً لتجنب طلبات API المتكررة
- استخدام Google Cloud Storage لتحميل البروتيوم الشامل بدلاً من استدعاءات REST API الفردية
- التحقق من صحة ثقة التنبؤ (pLDDT > 70) قبل التحليل الهيكلي اللاحق
피하기
- استخدام REST API للتحميلات الشاملة (غير فعال، قد يصل إلى حدود المعدل)
- افتراض أن جميع التنبؤات موثوقة بنفس القدر (تحقق دائماً من درجات الثقة)
- تجاهل قيم PAE عند تحليل ترتيبات البروتين متعدد النطاقات