packmol
بناء أنظمة جزيئية باستخدام Packmol
يتطلب تحضير البنى الابتدائية للديناميكيات الجزيئية صياغة دقيقة لبنية Packmol واختيارات هندسية مناسبة. تساعد هذه المهارة في إنشاء المدخلات وإعدادات الإذابة والواجهات وخطوات التحقق لسير عمل Packmol.
التثبيت باستخدام Agent لدي
انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.
Review the Skillstore skill "packmol" from https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/chenghao-wu-packmol/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.
موارد مهيّأة لـ Agents
استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.
اختبرها
جارٍ استخدام "packmol". يطلب المستخدم صندوق محاكاة يحتوي على 1000 جزيء ماء.
النتيجة المتوقعة:
خطة إعداد Packmol تتضمن التفاوت وأبعاد الصندوق وعدد البنى واسم المخرج وفحوص التحقق.
جارٍ استخدام "packmol". يطلب المستخدم إذابة بروتين مشحون.
النتيجة المتوقعة:
سير عمل لإذابة البروتين يتضمن حجم الغلاف والأيونات المقدرة وإرشادات الصندوق الدوري وفحوص النجاح.
جارٍ استخدام "packmol". يبلغ المستخدم عن تشغيل تعبئة واجهة فاشل.
النتيجة المتوقعة:
ملخص استكشاف أخطاء يغطي تعارضات القيود وأعداد الجزيئات والتفاوت والاختبار التدريجي.
التدقيق الأمني
آمنMost static findings are false positives from Markdown code fences, relative documentation links, scientific terms, and reference URLs. The helper scripts write explicit output files and optionally run a fixed packmol command without shell interpolation. No prompt injection, data exfiltration intent, or hidden malicious behavior was found.
عوامل الخطر
📁 الوصول إلى نظام الملفات (21)
⚙️ الأوامر الخارجية (77)
🌐 الوصول إلى الشبكة (5)
شارك واستشهد بهذا التقرير
شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.
نسخ رابط التقرير
https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_reportشارة Markdown
[](https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol?utm_source=security_passport_badge)شارة HTML
<a href="https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/chenghao-wu-packmol/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>بطاقة قابلة للتضمين
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/chenghao-wu-packmol.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)
اقتباس APA
Chenghao-Wu. (2026). packmol security audit report (audit version 8) [Author version 1.0.0]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8اقتباس BibTeX
@techreport{chenghao-wu-chenghao-wu-packmol-2026,
author = {Chenghao-Wu},
title = {packmol security audit report (audit version 8)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {8},
url = {https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8},
note = {Author version 1.0.0}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "packmol security audit report (audit version 8)"
version: "1.0.0"
type: report
authors:
- name: "Chenghao-Wu"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:chenghao-wu-packmol:audit:8"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
تقييم Skillstore
سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفعما الذي يمكنك بناؤه
تحضير صندوق مذيب
إنشاء خطة Packmol واضحة لصناديق مكونة من مذيب واحد أو من مذيبات مختلطة.
إذابة جزيء حيوي
إعداد الماء والأيونات وأبعاد الصندوق وفحوص التحقق لنظام بروتيني.
بناء أنظمة واجهات
تصميم واجهات سائل-سائل أو سائل-بخار باستخدام قيود المستوى وفحوص الكثافة.
جرّب هذه الموجّهات
أنشئ مدخلا لـ Packmol يحتوي على 500 جزيء ماء داخل صندوق مكعب بطول 30 أنغستروم. أدرج خطوات التحقق.
ابن خطة Packmol لخليط ماء وإيثانول بنسبة 80:20 داخل صندوق بطول 40 أنغستروم.
ساعدني في إذابة protein.pdb باستخدام غلاف بطول 15 أنغستروم، وأيونات تعادل الشحنة، وملح بتركيز 0.15 M.
راجع قيود Packmol الخاصة بي واشرح لماذا قد لا تتقارب عملية التعبئة. اقترح تغييرات آمنة للمعلمات.
أفضل الممارسات
- ابدأ بأعداد صغيرة من الجزيئات قبل التوسع إلى أنظمة إنتاج كبيرة.
- اضبط بذرة قابلة لإعادة الإنتاج عند مقارنة نتائج التعبئة.
- تحقق من هندسة المخرجات باستخدام فحوص التداخل والكثافة قبل إعداد MD.
تجنب
- لا تفترض أن مخرجات Packmol متوازنة فيزيائيا.
- لا تستخدم ملفات جزيئات غير متوافقة دون فحص أسماء الذرات والتنسيقات.
- لا تزد عدد الجزيئات قبل حل تعارضات القيود.
الأسئلة المتكررة
ماذا تساعد هذه المهارة في إنشائه؟
هل يمكنها تشغيل Packmol نيابة عني؟
هل تنشئ ملفات مجال القوة؟
هل يمكنها المساعدة عند فشل التقارب؟
ما تنسيقات الملفات المشمولة؟
هل لا يزال التحقق العلمي مطلوبا؟
تفاصيل المطور
المؤلف
Chenghao-Wuالترخيص
MIT
إصدار المؤلف
v1.0.0
مراجعة Skillstore
r1
مرجع
02f077c174c5335e2f5d02ca15e77b70d9543e58
حداثة الصيانة
١٨/٧/٢٠٢٦
الاستخدام
10 تنزيلات · 281 مشاهدات