المهارات pubchem-database
🧪

pubchem-database

آمن 🌐 الوصول إلى الشبكة📁 الوصول إلى نظام الملفات

استعلام قاعدة بيانات بابكيم الكيميائية

متاح أيضًا من: davila7

يحتاج الباحثون إلى وصول سريع إلى الخصائص الجزيئية والهياكل الكيميائية. تتصل هذه الأداة بقاعدة بيانات بابكيم التي تضم أكثر من 110 مليون مركب للاستعلامات الكيميائية الحيوية الفورية.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
🥉 74 برونزي
1

تنزيل ZIP المهارة

2

رفع في Claude

اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

فعّل وابدأ الاستخدام

اختبرها

استخدام "pubchem-database". ابحث عن الكافيين واعرض خصائصه الرئيسية

النتيجة المتوقعة:

  • المركب: الكافيين (CID: 2519)
  • الصيغة الجزيئية: C8H10N4O2
  • الوزن الجزيئي: 194.19 جم/مول
  • SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
  • LogP: -0.07
  • TPSA: 58.44 Ų

استخدام "pubchem-database". اعثر على مركبات مشابهة للأسبرين

النتيجة المتوقعة:

  • تم العثور على 12 مركب مشابه بعتبة 85%:
  • • CID 2244: الأسبرين (مرجع)
  • • CID 3312: حمض الساليسيليك (MW: 138.12، 89% تشابه)
  • • CID 3037: حمض أسيتيل الساليسيليك (91% تشابه)
  • • CID 1983: حمض 4-أمينوساليسيليك (87% تشابه)

استخدام "pubchem-database". احصل على بيانات النشاط البيولوجي للأسبرين

النتيجة المتوقعة:

  • ملخص النشاط البيولوجي لـ CID 2244:
  • إجمالي الفحوصات: 1567
  • نشط: 234 مركب إيجابي
  • غير نشط: 1189 مركب سلبي
  • غير حاسم: 144 نتائج معلقة

التدقيق الأمني

آمن
v4 • 1/17/2026

This is a legitimate scientific tool for querying the PubChem chemical database. Static analysis findings are false positives: the 'external commands' are Python code examples in markdown documentation, 'network' calls go to official NIH/NCBI servers, and 'weak cryptographic algorithm' detections are keyword false positives in a non-cryptographic context. No actual cryptographic code, command injection risks, or malicious behavior exists.

5
الملفات التي تم فحصها
1,926
الأسطر التي تم تحليلها
2
النتائج
4
إجمالي عمليات التدقيق

عوامل الخطر

🌐 الوصول إلى الشبكة (2)
scripts/bioactivity_query.py:21-22 scripts/bioactivity_query.py:28-50
📁 الوصول إلى نظام الملفات (1)
SKILL.md:203-204
تم تدقيقه بواسطة: claude عرض سجل التدقيق →

درجة الجودة

64
الهندسة المعمارية
100
قابلية الصيانة
85
المحتوى
21
المجتمع
100
الأمان
78
الامتثال للمواصفات

ماذا يمكنك بناءه

فحص المرشحين للأدوية

فحص المركبات بحثاً عن خصائص شبيهة بالأدوية باستخدام قاعدة ليبينسكي الخمسة

تحليل العلاقة بين البنية والنشاط

العثور على مركبات متشابهة هيكلياً ومقارنة أنشطتها البيولوجية

تحويل المعرفات الكيميائية

التحويل بين SMILES و InChI وأسماء المركبات للنشر

جرّب هذه الموجهات

بحث أساسي عن مركب 
ابحث في بابكيم عن الأسبرين واعرض صيغته الجزيئية ووزنه و SMILES
مقارنة الخصائص 
احصل على الخصائص الجزيئية للأسبرين والإيبوبروفين والنابروكسين. قارن قيم LogP الخاصة بها
بحث بالتشابه 
ابحث عن مركبات مشابهة للإيماتينيب بعتبة تشابه 85%، ثم قم بتصفية MW 200-600
فحص البنية الفرعية 
اعثر على جميع المركبات التي تحتوي على حلقة البنزين واحسب متوسط وزنها الجزيئي

أفضل الممارسات

  • استخدم CID بدلاً من الأسماء للاستعلامات المتكررة لتحسين الأداء
  • قم بتنفيذ تأخير من 0.2 إلى 0.3 ثانية بين الطلبات لاحترام حدود المعدل
  • قم بتخزين النتائج مؤقتاً محلياً للمركبات التي يتم الوصول إليها بشكل متكرر

تجنب

  • لا تقدم أكثر من 5 طلبات في الثانية لتجنب حدود المعدل
  • تجنب البحث بالأسماء الشائعة دون التحقق من المرادفات أولاً
  • لا تتجاهل معالجة الأخطاء للمركبات التي قد لا توجد

الأسئلة المتكررة

ما هو بابكيم؟
بابكيم هي أكبر قاعدة بيانات كيميائية متاحة مجاناً في العالم مع أكثر من 110 مليون مركب، والتي تتم صيانتها بواسطة NCBI/NIH.
كيف أبحث بالبنية الكيميائية؟
استخدم سلاسل SMILES أو تدوين InChI. مثال: 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O' للأسبرين.
ما الخصائص التي يمكنني استرجاعها؟
الوزن الجزيئي، LogP، TPSA، عدد الروابط الهيدروجينية، وأكثر من 50 مؤشراً جزيئياً آخر.
لماذا أحصل على أخطاء انتهاء المهلة؟
عمليات البحث بالتشابه والبنية الفرعية غير متزامنة وقد تستغرق من 15 إلى 30 ثانية. قم بتقليل MaxRecords إذا لزم الأمر.
هل يمكنني تحميل الهياكل الجزيئية؟
نعم، يمكنك التحميل كصور PNG أو ملفات SDF أو تنسيق JSON باستخدام وظائف التحميل.
هل هناك حد للمعدل؟
نعم، حد أقصى 5 طلبات في الثانية و 400 طلب في الدقيقة لضمان الاستخدام العادل.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

MIT

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pubchem-database

مرجع

main

بنية الملفات

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 bioactivity_query.py

📄 compound_search.py

📄 SKILL.md