zinc-database
البحث في قاعدة بيانات ZINC عن المركبات
Également disponible depuis: davila7
تحتوي قاعدة بيانات ZINC على أكثر من 230 مليون مركب كيميائي متاح للشراء لأبحاث اكتشاف الأدوية. توفر هذه المهارة وصولاً برمجياً للبحث حسب معرف ZINC أو SMILES أو رمز المورد، واسترجاع البنى ثلاثية الأبعاد، وإجراء بحث التشابه للفحص الافتراضي ودراسات ربط الجزيئات.
Télécharger le ZIP du skill
Importer dans Claude
Allez dans Paramètres → Capacités → Skills → Importer un skill
Activez et commencez à utiliser
Tester
Utilisation de "zinc-database". ابحث عن ZINC000000000001 واعثر على مركبات مشابهة بمسافة 3
Résultat attendu:
- معرف ZINC: ZINC000000000001
- SMILES: [الهيكل المعروض]
- متاح من: [الكتالوجات]
- تم العثور على مركبات مشابهة: 142
- أفضل التطابقات: ZINC000000000002, ZINC000000000003, ...
Utilisation de "zinc-database". احصل على 100 مركب عشوائي من النوع الرائد بوزن جزيئي 250-350
Résultat attendu:
- تم استرجاع 100 مركب من ZINC22
- نطاق الخصائص: MW 250-350، مجموعة فرعية من النوع الرائد
- رموز الشرائح: تنسيق H##P###M###
- يتضمن كل إدخال معرف ZINC وSMILES ومعلومات المورد
Audit de sécurité
SûrAll 389 static findings are false positives. The skill is legitimate scientific documentation for accessing the public ZINC database maintained by UCSF. subprocess.run calls use array syntax with hardcoded ZINC API endpoints. C2 keyword flags are common programming terms (command, control, execute) used in legitimate documentation context. The scanner misinterpreted cheminformatics terminology (MD5/SHA checksums) and DOCK database format files (.db2) as security concerns. No malicious behavior patterns detected.
Facteurs de risque
🌐 Accès réseau (2)
⚙️ Commandes externes (1)
Score de qualité
Ce que vous pouvez construire
بناء مكتبات الربط
استعلم من ZINC للحصول على المركبات الشبيهة بالعقاقير، وتنزيل البنى ثلاثية الأبعاد، وإعداد المكتبات للفحص باستخدام DOCK6 أو AutoDock Vina.
العثور على مركبات مماثلة
البحث بالتشابه SMILES لاكتشاف نظائر المركبات النشطة المعروفة المتاح شراؤها لدراسات العلاقة بين البنية والنشاط.
إعداد الفحص الافتراضي
توليد مجموعات عشوائية من المركبات مصفاة حسب الوزن الجزيئي أو LogP أو مانحات رابطة الهيدروجين لحملات الفحص الافتراضي الأولية.
Essayez ces prompts
ابحث في قاعدة بيانات ZINC عن المركب ZINC000000000001 واعرض رموز SMILES الخاصة به ورموز الموردين والكتالوجات.
ابحث عن مركبات مشابهة للإيبوبروفين (CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O) باستخدام مسافة Tanimoto قدرها 3. أعد معرفات ZINC وSMILES والكتالوجات المتاحة.
أنتج قائمة من 1000 مركب عشوائي شبيه بالعقاقير من ZINC22 بوزن جزيئي 350-500. اعرض معرفات ZINC وSMILES ورموز الشرائح.
اعثر على 50 نظيراً من النوع الرائد (MW 250-350) لمركب ضارب برمز SMILES CCCc1ccc(cc1)C(C)N. أعد الخيارات المتاحة للشراء مع رموز الموردين.
Bonnes pratiques
- استخدم التطابقات الدقيقة مع SMILES أولاً، ثموسّع إلى بحث التشابه مع معلمات المسافة
- حدّ مخرجات الحقول على البيانات المطلوبة فقط لتقليل حجم الاستجابة وتحسين الأداء
- احتفظ ببيانات المركبات التي يتم الوصول إليها بشكل متكرر مؤقتاً محلياً لتقليل استدعاءات واجهة برمجة التطبيقات المتكررة
Éviter
- إجراء طلبات متتالية سريعة بدون تأخيرات - احترم حدود معدل الخادم
- طلب جميع حقول المخرجات عندما لا تكون سوى قليلة منها مطلوبة
- تجاوز تحليل خصائص الشرائح - هذه تشفر MW وLogP وعدد مانحات رابطة الهيدروجين المفيدة للتصفية
Foire aux questions
ما هي قاعدة بيانات ZINC؟
هل أحتاج إلى مفتاح API؟
ما التنسيقات المتاحة للملفات؟
كيف يمكنني تنزيل البنى ثلاثية الأبعاد؟
ما هي الشريحة؟
هل يمكنني استخدام هذا للبحث التجاري؟
Détails du développeur
Auteur
K-Dense-AILicence
MIT
Dépôt
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/zinc-databaseRéf
main
Structure de fichiers