技能 pubchem-database
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pubchem-database

安全 🌐 網路存取📁 檔案系統存取

查詢 PubChem 化學資料庫

也可從以下取得: davila7

研究人員需要快速存取分子性質與化學結構。此技能可連線到 PubChem 的 1.1 億+ 化合物資料庫，以即時進行化學資訊學查詢。

支援: Claude Codex Code(CC)
🥉 74 青銅
1

下載技能 ZIP

2

在 Claude 中上傳

前往 設定 → 功能 → 技能 → 上傳技能

3

開啟並開始使用

測試它

正在使用「pubchem-database」。 Search for caffeine and show its key properties

預期結果:

  • Compound: Caffeine (CID: 2519)
  • Molecular Formula: C8H10N4O2
  • Molecular Weight: 194.19 g/mol
  • SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
  • LogP: -0.07
  • TPSA: 58.44 Ų

正在使用「pubchem-database」。 Find compounds similar to aspirin

預期結果:

  • Found 12 similar compounds with 85% threshold:
  • • CID 2244: Aspirin (reference)
  • • CID 3312: Salicylic acid (MW: 138.12, 89% similar)
  • • CID 3037: Acetylsalicylic acid (91% similar)
  • • CID 1983: 4-Aminosalicylic acid (87% similar)

正在使用「pubchem-database」。 Get bioactivity data for aspirin

預期結果:

  • Bioactivity Summary for CID 2244:
  • Total assays: 1567
  • Active: 234 compounds tested positive
  • Inactive: 1189 compounds tested negative
  • Inconclusive: 144 results pending

安全審計

安全
v4 • 1/17/2026

This is a legitimate scientific tool for querying the PubChem chemical database. Static analysis findings are false positives: the 'external commands' are Python code examples in markdown documentation, 'network' calls go to official NIH/NCBI servers, and 'weak cryptographic algorithm' detections are keyword false positives in a non-cryptographic context. No actual cryptographic code, command injection risks, or malicious behavior exists.

5
已掃描檔案
1,926
分析行數
2
發現項
4
審計總數

風險因素

🌐 網路存取 (2)
scripts/bioactivity_query.py:21-22 scripts/bioactivity_query.py:28-50
📁 檔案系統存取 (1)
SKILL.md:203-204
審計者: claude 查看審計歷史 →

品質評分

64
架構
100
可維護性
85
內容
21
社群
100
安全
78
規範符合性

你能建構什麼

藥物候選篩選

使用 Lipinski 五大規則篩選具藥物樣性質的化合物

結構-活性分析

找出結構相似的化合物並比較其生物活性

化學識別碼轉換

在 SMILES、InChI 與化合物名稱之間轉換以用於出版

試試這些提示

基本化合物搜尋 
Search PubChem for aspirin and show its molecular formula, weight, and SMILES
性質比較 
Get molecular properties for aspirin, ibuprofen, and naproxen. Compare their LogP values
相似性搜尋 
Search for compounds similar to imatinib with 85% similarity threshold, then filter by MW 200-600
子結構篩選 
Find all compounds containing a benzene ring and calculate their average molecular weight

最佳實務

  • 重複查詢時使用 CID 而非名稱以提升效能
  • 在請求之間加入 0.2-0.3 秒延遲以遵守速率限制
  • 將常用化合物的結果快取於本機

避免

  • 不要每秒超過 5 次請求以避免速率限制
  • 避免在未先確認同義詞時以常見名稱搜尋
  • 不要忽略對可能不存在化合物的錯誤處理

常見問題

什麼是 PubChem？
PubChem 是全球最大的免費化學資料庫，包含超過 1.1 億個化合物，由 NCBI/NIH 維護。
如何用化學結構搜尋？
使用 SMILES 字串或 InChI 記法。例：aspirin 為 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O'。
我可以取得哪些性質？
分子量、LogP、TPSA、氫鍵數量，以及超過 50 種其他分子描述符。
為什麼我會遇到逾時錯誤？
相似性與子結構搜尋為非同步，可能需要 15-30 秒。如有需要可降低 MaxRecords。
我可以下載分子結構嗎？
可以，使用下載功能可下載為 PNG 圖片、SDF 檔案或 JSON 格式。
有速率限制嗎？
可以，為確保公平使用，限制為每秒最多 5 次請求、每分鐘 400 次請求。

開發者詳情

作者

K-Dense-AI

授權

MIT

儲存庫

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pubchem-database

引用

main

檔案結構

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 bioactivity_query.py

📄 compound_search.py

📄 SKILL.md