此技能提供對 OMERO（用於顯微鏡和高通量篩選的科學影像管理平台）的 Python API 存取。連線到 OMERO 伺服器、擷取影像、分析像素資料，以及以程式化方式管理註釋。
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測試它
正在使用「omero-integration」。 How do I connect to OMERO and list all my projects?
預期結果:
- - 使用 BlitzGateway 搭配內容管理員以自動清理
- - 呼叫 conn.connect() 建立連線
- - 使用 conn.listProjects() 擷取所有專案
- - 使用 project.getName() 存取專案名稱
正在使用「omero-integration」。 Create an image from NumPy array in OMERO
預期結果:
- - 使用 conn.createImageFromNumpySeq() 方法
- - 傳入產生器或 NumPy 陣列清單
- - 指定 size_z、size_c、size_t 維度
- - 可選地傳入資料集物件以連結至資料集
安全審計
低風險Documentation-only skill for OMERO scientific imaging platform. All 655 static findings are false positives. Scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, random number generation as weak crypto, and legitimate API calls as reconnaissance.
風險因素
⚙️ 外部命令
📁 檔案系統存取
🔑 環境變數
🌐 網路存取
品質評分
你能建構什麼
Manage large image datasets
Organize and retrieve thousands of microscopy images from OMERO repositories for analysis and reporting.
Automate image analysis pipelines
Extract pixel data from time-series images and store measurement results directly in OMERO.
High-content screening workflows
Process plate-based screening data and track results across experimental conditions.
試試這些提示
示範如何使用 BlitzGateway 連線到 OMERO 伺服器，並使用環境變數來管理憑證。
撰寫 Python 代碼以列出特定 OMERO 資料集中的所有影像，並取得它們的像素維度。
如何從 OMERO 影像存取原始像素資料作為 NumPy 陣列，並計算強度統計？
示範如何在影像上建立矩形 ROI、擷取這些區域內的像素強度，並將結果儲存至 OMERO 表格。
最佳實務
- 使用內容管理員（搭配 BlitzGateway）以自動清理連線
- 將憑證儲存於環境變數中，切勿直接寫入程式碼
- 對於加密的正式環境連線，使用 secure=True 參數
- 操作完成後關閉連線以釋放伺服器資源
避免
- 直接將憑證硬編碼至原始碼中
- 未使用內容管理員或明確 close() 而保持連線開啟
- 處理大型資料集時未使用分頁或串流
常見問題
什麼是 OMERO？
我需要 OMERO 伺服器嗎？
使用什麼程式語言？
我可以處理大型影像資料集嗎？
如何處理憑證？
支援哪些影像格式？
開發者詳情
作者
K-Dense-AI授權
MIT
儲存庫
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/omero-integration引用
main
檔案結構