技能 cellxgene-census
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cellxgene-census

內容修訂 r2 安全 ⚙️ 外部命令

查詢 CELLxGENE Census 資料

單細胞研究人員需要可靠的模式來查詢大型 Census 資料集。此技能針對中繼資料篩選條件、表現量擷取與分析工作流程提供聚焦指引。

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測試它

正在使用「cellxgene-census」。 尋找肺部組織中的 B 細胞，並避免重複細胞。

預期結果:

此技能會建議篩選肺部中繼資料中的 B 細胞、加入 primary-data 約束，並只選擇需要的觀察欄位。

正在使用「cellxgene-census」。 分析疾病樣本中 T 細胞的 marker genes。

預期結果:

此技能會指引基因中繼資料查找、聚焦的表現量擷取，以及精簡的 AnnData 分析路徑。

正在使用「cellxgene-census」。 處理一個因資料量過大而無法放入記憶體的查詢。

預期結果:

此技能會建議先估算細胞數量、縮小篩選條件，或使用分塊的 TileDB-SOMA 處理。

安全審計

安全
v9 • 2026/7/23 開啟版本化報告

All 86 static findings are false positives caused by Markdown code fences, inline code formatting, and CELLxGENE filter examples. No malicious commands, host reconnaissance, prompt injection, or hidden execution behavior was found.

3
已掃描檔案
1,041
分析行數
0
複核項目
0
已忽略的誤報

風險因素

⚙️ 外部命令 (50)
SKILL.md:33-35 SKILL.md:35-38 SKILL.md:38-40 SKILL.md:40-48 SKILL.md:48-58 SKILL.md:58-61 SKILL.md:61-62 SKILL.md:62-70 SKILL.md:70-80 SKILL.md:80-83 SKILL.md:83-96 SKILL.md:96-98 SKILL.md:98-102 SKILL.md:102-104 SKILL.md:104-121 SKILL.md:121-124 SKILL.md:124-125 SKILL.md:125-126 SKILL.md:126 SKILL.md:127 SKILL.md:128-131 SKILL.md:131-145 SKILL.md:145-149 SKILL.md:149-151 SKILL.md:151-173 SKILL.md:173-176 SKILL.md:176-188 SKILL.md:188-194 SKILL.md:194-223 SKILL.md:223-226 SKILL.md:226-242 SKILL.md:242-248 SKILL.md:248-270 SKILL.md:270-276 SKILL.md:276-299 SKILL.md:299-304 SKILL.md:304-305 SKILL.md:305-307 SKILL.md:307-311 SKILL.md:311-313 SKILL.md:313-317 SKILL.md:317-328 SKILL.md:328-331 SKILL.md:331 SKILL.md:332-338 SKILL.md:338-342 SKILL.md:342-344 SKILL.md:344-348 SKILL.md:348-354 SKILL.md:354-358
最近一次完成的靜態與語意稽核未偵測到已確認的安全發現。這並不能證明該 Skill 沒有副作用。
審計單位: codex 檢視審計紀錄 →
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學術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA 引用

davila7. (2026). cellxgene-census security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-cellxgene-census/audits/9

BibTeX 引用

@techreport{davila7-davila7-cellxgene-census-2026, author = {davila7}, title = {cellxgene-census security audit report (audit version 9)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {9}, url = {https://skillstore.io/skills/davila7-cellxgene-census/audits/9}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "cellxgene-census security audit report (audit version 9)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "davila7" date-released: "2026-07-23" url: "https://skillstore.io/skills/davila7-cellxgene-census/audits/9" identifiers: - type: other value: "skillstore:davila7-cellxgene-census:audit:9" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

比較變體

2 個可安裝變體

每位作者的技能都保留為獨立的可安裝項目。推薦變體依 Skillstore 證據排序。

為何此變體排名第一

Skillstore 評分最高
davila7 推薦 目前

davila7-cellxgene-census

Skillstore 評分 74
證據置信度 高
Skillstore 使用量 13
已更新

2026-09-09

K-Dense-AI

k-dense-ai-cellxgene-census

Skillstore 評分 72
證據置信度 高
Skillstore 使用量 15
已更新

2026-09-09

Skillstore 評分

評分依據 證據置信度: 高
41
架構
85
可維護性
87
內容
73
社群
78
規範符合度

你可以打造什麼

探索組織細胞類型

在載入表現量矩陣之前，找出可用的細胞類型、組織、疾病與資料集。

準備分析工作流程

建立聚焦的 Census 查詢，回傳 AnnData 物件以供後續 Scanpy 分析使用。

使用 Census 資料訓練模型

針對機器學習工作流程使用 PyTorch dataloaders 與批次處理模式。

試試這些提示

探索可用的中繼資料 
協助我探索人類肺部細胞的 CELLxGENE Census 中繼資料。顯示我應該先檢查哪些篩選條件與欄位。
建立聚焦查詢 
為 COVID-19 樣本中的 T 細胞建立 CELLxGENE Census 查詢計畫，marker genes 包含 CD4、CD8A 和 FOXP3。
規劃大型查詢 
設計一個 out-of-core CELLxGENE Census 工作流程，用於跨多個基因分析腦細胞，且不將所有資料載入記憶體。
設計 ML 工作流程 
規劃一個使用 CELLxGENE Census 資料的 PyTorch 訓練工作流程，以可重現的 train 和 test splits 來分類細胞類型。

最佳實務

  • 除非刻意進行重複細胞分析，否則應篩選 primary data。
  • 當可重現性很重要時，請指定 Census 版本。
  • 在載入表現量矩陣之前，先探索中繼資料。

避免

  • 在檢查查詢大小之前載入範圍過廣的表現量矩陣。
  • 在跨資料集分析中省略 primary-data 篩選條件。
  • 未檢查可用基因中繼資料就依賴 gene symbols。

常見問題

此技能涵蓋哪個資料來源？
它涵蓋用於標準化單細胞基因體資料的 CZ CELLxGENE Census 存取模式。
它可以撰寫分析程式碼嗎？
它提供以程式碼為導向的指引與範例，但使用者必須在本機執行並驗證程式碼。
它能處理非常大的資料集嗎？
它說明適用於資料量過大而無法放入記憶體的查詢之分塊與 out-of-core 模式。
它支援 Scanpy 工作流程嗎？
可以。它包含載入 AnnData 物件與使用常見 Scanpy 分析步驟的指引。
它支援機器學習工作流程嗎？
可以。它涵蓋實驗性的 PyTorch dataloaders 與 train-test split 模式。
它需要網路存取嗎？
使用 Census 資料通常需要使用者環境能存取 CELLxGENE Census 服務。

開發者詳細資訊

作者

davila7

授權

MIT

Skillstore 修訂

r2

版本提示

作者未聲明版本。

儲存庫

https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/cellxgene-census

引用

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

維護新鮮度

2026/7/26

使用量

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檔案結構

📁 references/

📄 census_schema.md

📄 common_patterns.md

📄 SKILL.md

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