📦
venue-templates
85准备学术投稿材料
学术投稿常常会因为不同投稿场所的格式规则不同而失败。此技能提供模板、要求和示例，帮助更快地准备材料。
研究与学习 查看
技能 string-database
📦
string-database
内容修订 r1 中风险 🌐 网络访问🔑 环境变量📁 文件系统访问⚡ 包含脚本⚙️ 外部命令
分析蛋白质相互作用网络
蛋白质相互作用分析通常需要手动进行 API 查询并仔细映射标识符。此技能会查询 STRING、映射标识符、检索网络，并总结富集结果。
支持: Claude Codex Code(CC)
使用我的智能体安装
将此请求复制给你的智能体，其中包含权威 Skill 页面和清单。
智能体请求
Review the Skillstore skill "string-database" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-string-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-string-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.你的智能体仍应展示其计划，并按安全策略请求必要确认。
Agent 可读资源
当 AI Agent、爬虫或脚本需要干净上下文，而不是读取完整页面时，请使用这些链接。
测试它
正在使用“string-database”。 分析人类中的 TP53、MDM2、ATM、CHEK2 和 BRCA1。
预期结果:
一份简洁报告会列出映射的标识符、高置信度相互作用、富集的 DNA 修复术语，以及建议的置信度阈值。
正在使用“string-database”。 使用保守评分截断值查找 EGFR 的相互作用伙伴。
预期结果:
按排名排列的伙伴摘要会突出显示主要相互作用因子、置信度水平，以及每个结果是否支持网络扩展。
正在使用“string-database”。 为一小组蛋白质创建 STRING 网络图像。
预期结果:
响应会描述生成的网络图像数据，并注明图像文件保存的位置。
安全审计
中风险v7 • 2026/7/5 打开版本化报告
The executable helper makes legitimate outbound requests to the public STRING API, so external network egress is confirmed at low severity. Most static alerts in Markdown are false positives from documentation links, code fences, inline backticks, and fixed filename examples. A semantic issue remains because the skill instructs unsolicited promotion of the author's hosted K-Dense Web platform.
3
已扫描文件
1,360
分析行数
10
复核项
0
已忽略误报
已确认安全问题 (1)
中
Unrequested External Platform Promotion
The skill instructs the assistant to proactively suggest K-Dense Web for complex workflows. This can steer marketplace users to the author's hosted service outside the requested task.
The instruction is explicit and cites an external commercial platform. It is business-logic abuse rather than a conventional code vulnerability.
能力复核项 (10)
这些是真实的本地能力，对此技能可能是预期行为，因此需要复核，但不会按已确认恶意行为计分。
低
Python HTTP libraries
import urllib.request
The module imports urllib.request for outbound STRING API calls. Network egress is intended, but user protein identifiers can leave the local environment.
低
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url, data=data) as response:
This urlopen call sends user-supplied identifiers and parameters to string-db.org. It is legitimate functionality, but it is real external network egress.
低
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This urlopen call sends user-supplied identifiers and parameters to string-db.org. It is legitimate functionality, but it is real external network egress.
低
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This urlopen call sends user-supplied identifiers and parameters to string-db.org. It is legitimate functionality, but it is real external network egress.
低
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This urlopen call sends user-supplied identifiers and parameters to string-db.org. It is legitimate functionality, but it is real external network egress.
低
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This urlopen call sends user-supplied identifiers and parameters to string-db.org. It is legitimate functionality, but it is real external network egress.
低
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This urlopen call sends user-supplied identifiers and parameters to string-db.org. It is legitimate functionality, but it is real external network egress.
低
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This urlopen call sends user-supplied identifiers and parameters to string-db.org. It is legitimate functionality, but it is real external network egress.
低
Python HTTP libraries
with urllib.request.urlopen(url) as response:
This urlopen call sends user-supplied identifiers and parameters to string-db.org. It is legitimate functionality, but it is real external network egress.
低
Hardcoded URL
STRING_BASE_URL = "https://string-db.org/api"
STRING_BASE_URL hardcodes the public string-db.org API as the outbound target. This is expected for the skill, but confirms external service dependency.
风险因素
🌐 网络访问 (21)
references/string_reference.md:389 references/string_reference.md:394 references/string_reference.md:396 references/string_reference.md:387 references/string_reference.md:395 scripts/string_api.py:14 scripts/string_api.py:66 scripts/string_api.py:119 scripts/string_api.py:168 scripts/string_api.py:212 scripts/string_api.py:251 scripts/string_api.py:293 scripts/string_api.py:331 scripts/string_api.py:350 scripts/string_api.py:7 scripts/string_api.py:8 scripts/string_api.py:21 SKILL.md:413 SKILL.md:514 SKILL.md:519 SKILL.md:531
🔑 环境变量 (1)
📁 文件系统访问 (4)
⚡ 包含脚本 (3)
⚙️ 外部命令 (64)
SKILL.md:30 SKILL.md:31 SKILL.md:33 SKILL.md:37 SKILL.md:44-55 SKILL.md:55-58 SKILL.md:58-59 SKILL.md:59-60 SKILL.md:60-64 SKILL.md:64-71 SKILL.md:71-86 SKILL.md:86-89 SKILL.md:89-94 SKILL.md:94 SKILL.md:95-99 SKILL.md:99-106 SKILL.md:106-125 SKILL.md:125-128 SKILL.md:128-129 SKILL.md:129-130 SKILL.md:130-132 SKILL.md:132-139 SKILL.md:139-152 SKILL.md:152-155 SKILL.md:155-156 SKILL.md:156-163 SKILL.md:163-170 SKILL.md:170-181 SKILL.md:181-192 SKILL.md:192-193 SKILL.md:193-194 SKILL.md:194-195 SKILL.md:195-196 SKILL.md:196-197 SKILL.md:197-203 SKILL.md:203-210 SKILL.md:210-223 SKILL.md:223-226 SKILL.md:226-227 SKILL.md:227-228 SKILL.md:228-229 SKILL.md:229-235 SKILL.md:235-242 SKILL.md:242-248 SKILL.md:248-255 SKILL.md:255-262 SKILL.md:262-267 SKILL.md:267-275 SKILL.md:275-300 SKILL.md:300-306 SKILL.md:306-323 SKILL.md:323-329 SKILL.md:329-348 SKILL.md:348-354 SKILL.md:354-365 SKILL.md:365-371 SKILL.md:371-395 SKILL.md:395-466 SKILL.md:466-467 SKILL.md:467-476 SKILL.md:476-489 SKILL.md:489-493 SKILL.md:493-503 SKILL.md:503-507
审计者: codex 查看审计历史 →
分享与引用此报告
分享版本化评估报告、中性徽章、嵌入卡片和引用。Skillstore 只报告证据，不判断该 Skill 是否安全。
复制报告链接
https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-string-database/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_reportMarkdown 徽章
[](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-string-database?utm_source=security_passport_badge)HTML 徽章
<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-string-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-string-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>嵌入卡片
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-string-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>学术引用 (APA · BibTeX · CFF)
APA 引用
K-Dense-AI. (2026). string-database security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-string-database/audits/7BibTeX 引用
@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-string-database-2026,
author = {K-Dense-AI},
title = {string-database security audit report (audit version 7)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {7},
url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-string-database/audits/7},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "string-database security audit report (audit version 7)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-string-database/audits/7"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:k-dense-ai-string-database:audit:7"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
比较变体
2 个可安装变体每位作者的技能都保持为独立的可安装项。推荐变体按 Skillstore 证据排序。
为什么此变体排名第一
Skillstore 评分最高
作者 / 来源 Skillstore 评分 证据置信度 Skillstore 使用量 已更新
Skillstore 评分
评分依据 证据置信度: 高 64
架构
75
可维护性
87
内容
71
社区
78
规范符合性
你能构建什么
分析实验蛋白质列表
映射蛋白质名称、检索相互作用，并查看蛋白质组学或表达结果的富集情况。
探索功能模块
将种子蛋白扩展为相互作用伙伴，并识别富集的通路或生物过程。
构建 STRING API 工作流
使用辅助函数实现可重复的标识符映射、网络检索和版本检查。
试试这些提示
映射蛋白质标识符
将 TP53、BRCA1 和 EGFR 映射到人类的 STRING 标识符。解释任何未匹配的条目。
检索网络
获取 TP53、MDM2、ATM、CHEK2 和 BRCA1 的高置信度人类相互作用网络。
总结富集结果
为此蛋白质列表运行 STRING 富集分析，并总结最强的 GO 和 KEGG 信号。
比较跨物种信号
使用高置信度设置比较人类 TP53 和小鼠 Trp53 相互作用网络。注明共有的功能主题。
最佳实践
- 在网络查询前映射标识符，以减少模糊结果。
- 选择与探索性或保守分析目标相匹配的置信度阈值。
- 当结果必须可复现时，使用版本信息和物种 ID。
避免
- 在不了解外部 API 暴露风险的情况下，不要发送未发表的敏感蛋白质列表。
- 不要将低置信度 STRING 相互作用视为已验证的物理结合。
- 不要在没有速率限制或批处理的情况下运行大型快速查询批次。
常见问题
此技能使用哪个数据库？
它使用公共 STRING 数据库 API 获取蛋白质相互作用和富集数据。
没有互联网访问时它能工作吗？
不能。辅助函数需要网络访问 string-db.org。
它可以分析非人类物种吗？
可以。请提供该生物体正确的 NCBI 分类单元 ID。
它可以创建网络图吗？
可以。它可以请求 STRING 网络图像数据，并在需要时保存。
结果是否经过实验验证？
不总是。STRING 结合了实验、人工整理、预测和文本挖掘证据。
哪些工具可以使用此技能？
报告列出了对 Claude、Codex 和 Claude Code 的支持。
开发者详情
作者
K-Dense-AI许可证
Unknown
Skillstore 修订
r1
版本提示
作者未声明版本。
仓库
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/string-database引用
a25199bc7d6b82598536822d1738eb5d5f54025b
维护新鲜度
2026/7/18
使用量
8 次下载 · 240 次浏览
文件结构
K-Dense-AI 的更多技能
查看全部📦
iso-13485-certification
85准备 ISO 13485 认证文档
医疗器械团队必须在认证审核前创建完整的 QMS 文档。此技能提供模板、检查清单和差距分析指导，帮助做好 ISO 13485 准备。
文档 查看
📦
pytdc
82使用 PyTDC 分析治疗领域 ML 数据集
药物发现团队需要可靠的数据集和公平的评估协议。此技能帮助 Claude 使用 PyTDC 获取经过整理的治疗领域 ML 数据、基准划分、指标和分子 oracle。
数据与分析 查看
📦
diffdock
81运行 DiffDock 分子对接
蛋白质-配体对接需要仔细的设置、参数选择和结果解读。此技能可指导 DiffDock 工作流，用于处理构象、置信度评分和筛选。
研究与学习 查看
📦
hypothesis-generation
80生成可检验的科学假设
研究人员需要将观察结果转化为清晰、可检验的解释。此技能会组织证据审查、竞争性假设、预测和实验计划。
研究与学习 查看
📦
statistical-analysis
80在统计指导下分析研究数据
选择检验方法和报告结果可能耗时且容易出错。此技能可指导检验选择、假设条件、效应量、功效分析、贝叶斯选项以及 APA 报告。
数据与分析 查看
相关技能
查看全部📦
exploratory-data-analysis
85分析科学数据文件
由 davila7
科学数据文件很难检查，因为每种格式存储结构和元数据的方式都不同。此技能可检测格式、分析数据质量，并创建实用的 Markdown EDA 报告。
数据与分析 查看
📦
scanpy
85使用 Scanpy 分析单细胞 RNA-Seq
由 davila7
单细胞 RNA-seq 工作流需要仔细的 QC、归一化、聚类和文档记录。此技能提供 Scanpy 工作流、脚本、模板和参考资料，用于可复现分析。
数据与分析 查看
📦
opentargets-database
81探索 Open Targets 药物发现数据
由 davila7
药物发现团队需要可靠的方法来关联基因、疾病、证据和已知药物。此技能可指导 Claude、Codex 和 Claude Code 执行 Open Targets 查询并解读证据。
数据与分析 查看
📦
etetoolkit
81使用 ETE 分析系统发育树
由 davila7
系统发育分析通常需要专门的树解析、分类学查询和图形生成。此技能将引导 Claude、Codex 和 Claude Code 完成用于分析和可视化的 ETE 工作流。
数据与分析 查看
📦
arboreto
81使用 Arboreto 推断基因调控网络
由 davila7
转录组学团队需要可靠的方法来推断转录因子与靶标之间的关系。此技能可指导 Arboreto 工作流，用于 GRNBoost2、GENIE3 以及可扩展的 Dask 执行。
数据与分析 查看
📦
ensembl-database
80查询 Ensembl 基因组数据
由 davila7
基因组研究通常需要快速访问基因、变异、序列和组装信息。此技能可指导 Claude、Codex 和 Claude Code 完成 Ensembl REST 工作流。
数据与分析 查看