技能 flowio
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流式细胞术数据需要专门的文件处理方式。FlowIO解析FCS文件，将事件数据提取为NumPy数组，并支持转换为CSV格式以便进行下游分析流程。
支援: Claude Codex Code(CC)
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開啟並開始使用
測試它
正在使用「flowio」。 读取我的流式细胞术文件并显示通道信息
預期結果:
- 文件: sample.fcs (245 KB)
- FCS版本: 3.1
- 事件数: 10,234
- 通道数: 8
- 通道 [0] FSC-A | 前向散射 | scatter
- 通道 [1] SSC-A | 侧向散射 | scatter
- 通道 [2] FL1-A | FITC | fluoro
- 通道 [3] FL2-A | PE | fluoro
- 时间通道: 索引 7
正在使用「flowio」。 将此FCS文件转换为CSV格式
預期結果:
- 加载sample.fcs，包含15,000个事件和12个通道
- 将事件数据转换为Pandas DataFrame
- 导出到sample.csv (2.3 MB)
- 列: FSC-A, SSC-A, FL1-A, FL2-A, FL3-A, FL4-A, FL5-A, Time
安全審計
安全v4 • 1/17/2026
All 177 static findings are false positives. The scanner misidentified markdown documentation artifacts and legitimate scientific terminology as security issues. Shell command patterns are installation instructions in code blocks. 'Weak cryptographic algorithm' detections refer to 'PnE' (Parameter n Exponential), a legitimate flow cytometry data format term for amplification exponents. No actual executable code or malicious patterns exist in this skill.
3
已掃描檔案
1,962
分析行數
3
發現項
4
審計總數
風險因素
⚙️ 外部命令 (2)
🌐 網路存取 (1)
⚡ 包含腳本 (1)
審計者: claude 查看審計歷史 →
品質評分
41
架構
100
可維護性
87
內容
21
社群
100
安全
78
規範符合性
你能建構什麼
预处理细胞术数据
从FCS文件中提取事件数据，并为使用补偿和设门工具的分析流程准备数据。
检查实验文件
无需专用软件即可快速查看流式实验的通道数量、事件数量和元数据。
批量转换为CSV
处理目录中的FCS文件并导出为CSV格式以用于机器学习工作流程。
試試這些提示
基本文件读取
使用FlowIO读取experiment.fcs并显示版本、事件数量和通道名称。
提取事件数据
使用FlowIO加载sample.fcs并将事件数据提取为应用了预处理的NumPy数组。
创建FCS文件
从NumPy数组创建一个名为output.fcs的新FCS文件，包含1000个事件和5个通道，命名为FSC-A、SSC-A、FL1-A、FL2-A、Time。
批量转换
查找data/目录中的所有.fcs文件，读取每个文件，并将事件数据导出为与基名称相同的CSV文件。
最佳實務
- 当只需要元数据时使用only_text=True参数以节省内存
- 将文件操作包装在try-except块中以优雅地处理解析错误
- 对存在偏移量不一致的文件使用ignore_offset_discrepancy=True
避免
- 不要尝试直接修改FlowData对象中的事件数据
- 不要对多数据集文件使用FlowData构造函数 - 应使用read_multiple_data_sets()
- 不要假设预处理总是需要的 - 应明确设置preprocess参数
常見問題
支持哪些FCS版本？
FlowIO支持读取和写入FCS版本2.0、3.0和3.1。
如何仅提取元数据？
向FlowData构造函数传递only_text=True以跳过DATA段解析并节省内存。
可以修改事件数据吗？
FlowIO不支持直接修改。使用as_array()提取数据，修改数据，然后使用create_fcs()保存。
如何处理多数据集文件？
使用read_multiple_data_sets()函数而不是FlowData构造函数来获取所有数据集作为列表。
应用哪些预处理？
默认情况下，FlowIO应用增益缩放、使用PnE值的对数变换和时间缩放。
可以与其他工具集成吗？
是的，可以与FlowKit结合进行补偿/设门，或导出到Pandas DataFrame进行分析。