🧬

gene-database

Name: gene-database
Author: K-Dense-AI

Низкий риск 🌐 Доступ к сети⚙️ Внешние команды🔑 Переменные окружения📁 Доступ к файловой системе

Запрос к базе данных NCBI Gene

Также доступно от: davila7

Доступ к полным данным о генах из NCBI, включая последовательности, аннотации и функциональную информацию. Поиск по символу гена, идентификатору или биологическому контексту для получения RefSeq, Gene Ontology, хромосомных локаций и фенотипов для биоинформатических исследований.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)

🥉 73 Бронза

Скачать ZIP навыка

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «gene-database». Найдите информацию о BRCA1 у человека

Ожидаемый результат:

Gene ID: 672
Symbol: BRCA1
Description: BRCA1 DNA repair associated
Organism: Homo sapiens
Chromosome: 17
Location: 17q21.31

Использование «gene-database». Найдите гены, связанные с диабетом у человека

Ожидаемый результат:

Список Gene ID с символом, описанием и хромосомой для генов, связанных с диабетом
Поисковый запрос: diabetes[disease] AND human[organism]

Использование «gene-database». Получите пакетные данные генов для TP53, EGFR, KRAS

Ожидаемый результат:

Пакетные результаты с gene ID, символом, описанием, организмом, хромосомой и картографической локацией для каждого гена

Аудит безопасности

Низкий риск

v4 • 1/17/2026

This is a legitimate bioinformatics tool for querying NCBI Gene database. All 374 static findings are false positives: markdown backticks in documentation are code formatting (not shell execution), API keys are user-provided CLI arguments (not hardcoded secrets), hardcoded URLs are official NCBI API endpoints, and the network+credential+file pattern is standard API client behavior. No data exfiltration or malicious patterns detected.

Просканировано файлов

2,293

Проанализировано строк

находки

Всего аудитов

Факторы риска

🌐 Доступ к сети (4)

scripts/query_gene.py:19 scripts/fetch_gene_data.py:17 scripts/batch_gene_lookup.py:53 references/api_reference.md:20-22

⚙️ Внешние команды (3)

SKILL.md:34-175 references/api_reference.md:20-356 references/common_workflows.md:26-398

🔑 Переменные окружения (3)

scripts/query_gene.py:23-43 scripts/fetch_gene_data.py:56-71 scripts/batch_gene_lookup.py:41-48

📁 Доступ к файловой системе (1)

scripts/batch_gene_lookup.py:287

Проверено: claude Посмотреть историю аудитов →

Оценка качества

Архитектура

100

Сопровождаемость

Контент

Сообщество

Безопасность

Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Рабочие процессы аннотации генов

Получение полных данных о генах, включая последовательности, GO-термины и фенотипы для функционального анализа.

Пакетный сбор данных о генах

Эффективная обработка списков генов с ограничением скорости для крупномасштабных геномных исследований.

Поиск информации о генах

Запрос символов генов и получение подробной информации в образовательных целях.

Попробуйте эти промпты

Найти символ гена

Найдите информацию о гене {gene_symbol} в {organism}, включая его хромосомную локацию и функцию.

Получить данные последовательности

Получите номера доступа RefSeq и данные последовательности гена для {gene_id} в формате JSON.

Пакетный запрос генов

Найдите информацию о генах из списка для {organism}: {gene_list}. Верните результаты в формате JSON.

Поиск функции гена

Найдите гены, связанные с {biological_process} в {organism}, используя термины Gene Ontology.

Лучшие практики

Указывайте организм в запросе, чтобы избежать неоднозначных результатов от символов генов, которые существуют у нескольких видов
Используйте Gene ID вместо символов, когда требуется точность, поскольку символы генов могут меняться со временем
Включите ваш API-ключ NCBI для более быстрой пакетной обработки (до 10 запросов в секунду)

Избегать

Не делайте отдельные запросы в цикле без ограничения скорости, это вызовет срабатывание ограничений NCBI
Не полагайтесь только на символы генов для постоянного хранения, поскольку официальная номенклатура может измениться
Не предполагайте, что все символы генов уникальны в пределах организма, не проверив это

Часто задаваемые вопросы

Как получить API-ключ NCBI?

Зарегистрируйте бесплатный API-ключ на https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account для увеличения ограничения скорости с 3 до 10 запросов в секунду.

Какие форматы генов поддерживаются?

Вы можете искать по официальному символу гена (BRCA1), Gene ID (672) или использовать сложные запросы с GO-терминами и ключевыми словами заболеваний.

Могу ли я получить белковые последовательности?

Да, навык получает доступы RefSeq для транскриптов и белков, связанных с геном.

Сколько генов я могу запросить одновременно?

Пакетный скрипт поддерживает сотни генов с автоматическим ограничением скорости. ESummary принимает до 500 ID за один запрос.

Какие форматы вывода доступны?

Данные могут быть возвращены в формате JSON для программного использования, XML для подробных метаданных или текстовых сводок для чтения человеком.

Сохраняет ли этот навык какие-либо данные?

Нет, этот навык только запрашивает API NCBI в реальном времени. Все данные возвращаются напрямую пользователю или записываются в указанный пользователем файл вывода.