Навыки omero-integration
📦

omero-integration

Ревизия содержимого r2 Безопасно 📁 Доступ к файловой системе🔑 Переменные окружения⚙️ Внешние команды🌐 Доступ к сети

Управление рабочими процессами микроскопии OMERO

Командам, работающим с микроскопией, нужны надежные шаблоны для доступа к данным OMERO без необходимости заново создавать примеры с нуля. Этот навык предоставляет практические рабочие процессы на Python для изображений, метаданных, ROI, таблиц и пакетной обработки.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
🥉 77 Бронза

Установить с помощью моего Агента

Скопируйте этот запрос в своего Агента. Он содержит каноническую страницу Skill и манифест.

Запрос агента
Review the Skillstore skill "omero-integration" from https://skillstore.io/skills/davila7-omero-integration.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-omero-integration/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Ваш Агент по-прежнему должен показать план и запросить все подтверждения, требуемые политикой безопасности.

Ресурсы для AI-агентов

Используйте эти ссылки, когда AI-агенту, crawler или script нужен чистый контекст вместо полной страницы.

Протестировать

Использование «omero-integration». List projects and datasets for the current OMERO user.

Ожидаемый результат:

Понятный рабочий процесс, который безопасно подключается, проходит по проектам, выводит списки наборов данных, печатает имена и ID и закрывает соединение.

Использование «omero-integration». Measure fluorescence values inside existing ROIs.

Ожидаемый результат:

Пошаговый план анализа, который получает формы ROI, считывает пиксельные данные, рассчитывает статистики интенсивности и сохраняет табличные результаты.

Использование «omero-integration». Attach analysis output files to an image.

Ожидаемый результат:

Рекомендации по созданию файловых аннотаций, связыванию их с объектами OMERO и использованию namespaces для последующего получения.

Аудит безопасности

Безопасно

Most findings are false positives caused by Markdown backticks, OMERO identifiers, documentation links, and safe configuration examples. Two filesystem examples have path traversal risks because server-provided filenames are joined directly to local download directories before writing. No prompt injection, concealed payload, data-exfiltration intent, or unauthorized command execution was found.

9
Просканировано файлов
4,968
Проанализировано строк
2
Пункты проверки
0
Ложные срабатывания проигнорированы
Пункты проверки возможностей (2)

Это реальные локальные возможности, которые могут ожидаться для этого навыка, поэтому они требуют проверки, но не считаются подтверждённым вредоносным поведением.

Средний
Python file write/append
with open(file_path, 'wb') as f:
The example joins server-provided orig_file.getName() to a local directory without validation before writing. A crafted filename could escape the intended download directory.
Средний
Python file write/append
with open(file_path, 'wb') as f:
The example writes a server-provided annotation filename after a direct os.path.join without sanitization. Path separators or traversal segments could overwrite files outside the download directory.
Поделиться и цитировать этот отчет

Делитесь версионным отчетом об оценке, нейтральным значком, встраиваемой карточкой и цитатами. Skillstore публикует доказательства, не решая, безопасен ли этот Skill.

Открыть версионный отчет
Оценка безопасности

Копировать ссылку на отчёт

https://skillstore.io/skills/davila7-omero-integration/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Значок Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-omero-integration/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-omero-integration?utm_source=security_passport_badge)

Значок HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-omero-integration?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-omero-integration/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Встраиваемая карточка

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-omero-integration.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
Академические ссылки (APA · BibTeX · CFF)

Цитата APA

davila7. (2026). omero-integration security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-omero-integration/audits/9

Цитата BibTeX

@techreport{davila7-davila7-omero-integration-2026, author = {davila7}, title = {omero-integration security audit report (audit version 9)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {9}, url = {https://skillstore.io/skills/davila7-omero-integration/audits/9}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "omero-integration security audit report (audit version 9)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "davila7" date-released: "2026-07-23" url: "https://skillstore.io/skills/davila7-omero-integration/audits/9" identifiers: - type: other value: "skillstore:davila7-omero-integration:audit:9" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Сравнить варианты

2 устанавливаемых вариантов

Навык каждого автора остаётся отдельным устанавливаемым вариантом. Рекомендуемый вариант ранжируется по данным Skillstore.

Почему этот вариант первый

Самая высокая оценка Skillstore
davila7 Рекомендуется Текущий

davila7-omero-integration

Оценка Skillstore 77
Достоверность доказательств Высокий
Использование в Skillstore 7
Обновлено

2026-09-09

k-dense-ai-omero-integration

Оценка Skillstore 38
Достоверность доказательств Средний
Использование в Skillstore 10
Обновлено

2026-09-09

Оценка Skillstore

Почему такая оценка Достоверность доказательств: Высокий
45
Архитектура
85
Сопровождаемость
87
Контент
75
Сообщество
91
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Анализ наборов данных микроскопии

Получайте плоскости изображений, рассчитывайте измерения и сохраняйте результаты в таблицах OMERO.

Управление исследовательскими метаданными

Создавайте теги, аннотации и файловые вложения для изображений, проектов и наборов данных.

Создание скриптов пакетной обработки

Создавайте скрипты OMERO, которые обрабатывают выбранные наборы данных и возвращают структурированные результаты.

Попробуйте эти промпты

Подключение к OMERO
Помогите мне подключиться к серверу OMERO с помощью BlitzGateway. Используйте переменные окружения для учетных данных и безопасно закрывайте сеанс.
Получение изображений набора данных
Покажите, как вывести список изображений в наборе данных OMERO и напечатать имя, ID и размеры каждого изображения.
Измерение интенсивностей ROI
Создайте рабочий процесс, который считывает существующие ROI на изображениях OMERO и сообщает среднюю интенсивность для каждой формы и канала.
Проектирование пакетного скрипта
Подготовьте черновик серверного скрипта OMERO, который принимает ID наборов данных, обрабатывает изображения и сохраняет измерения в таблице OMERO.

Лучшие практики

  • Используйте защищенные соединения и закрывайте сеансы с помощью context managers.
  • Проверяйте разрешения и групповой контекст перед чтением, записью или удалением объектов.
  • Проверяйте ID объектов, имена файлов и пути вывода перед запуском адаптированных примеров.

Избегать

  • Не прописывайте пароли OMERO напрямую в скриптах или notebooks.
  • Не запускайте примеры удаления или администрирования без явного разрешения.
  • Не загружайте большие объемы изображений в память без тайлинга или пакетной обработки.

Часто задаваемые вопросы

Что такое OMERO?
OMERO — это платформа для хранения, управления, просмотра и анализа микроскопических изображений и связанных метаданных.
Требует ли этот навык Python?
Да. Примеры сосредоточены на OMERO Python API и клиенте BlitzGateway.
Может ли он обрабатывать данные высокопроизводительного скрининга?
Да. Он включает шаблоны для скринов, планшетов, лунок и изображений образцов лунок.
Может ли он создавать или редактировать ROI?
Да. Он охватывает создание ROI, получение ROI, разбор форм, измерения и шаблоны удаления.
Включает ли он рекомендации по безопасности?
Он рекомендует защищенные соединения, переменные окружения, проверки разрешений и осторожную работу с административными операциями.
Это полноценный клиент OMERO?
Нет. Это справочный навык, который помогает генерировать и адаптировать рабочие процессы OMERO на Python.

Сведения для разработчиков

Автор

davila7

Лицензия

MIT

Ревизия Skillstore

r2

Примечание о версии

Автор не указал версию.

Ссылка

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

Актуальность поддержки

26.07.2026

Использование

4 загрузок · 532 просмотров

Структура файлов

Больше от davila7

Показать все
📦

content-creator

87

Создавайте маркетинговый контент, готовый для SEO

Маркетинговым командам нужен понятный контент, который соответствует голосу бренда и поисковым целям. Этот навык предоставляет шаблоны, скрипты анализа и рекомендации по платформам для повторяемого производства контента.

Письмо и контент Просмотр
📦

treatment-plans

86

Создание структурированных планов медицинского лечения

Клинические планы лечения часто оказываются непоследовательными, слишком объемными или сложными для проверки. Этот навык предоставляет специализированные шаблоны, измеримые цели, временные рамки и локальные средства контроля качества.

Документация Просмотр
📦

clinical-reports

86

Создание структурированных клинических отчетов

Клиническим командам нужны понятные отчеты, соответствующие медицинским и регуляторным стандартам. Этот навык предоставляет шаблоны, чек-листы и рекомендации по валидации для описаний клинических случаев, диагностических отчетов, исследований и заметок о пациентах.

Документация Просмотр
📦

exploratory-data-analysis

85

Анализ файлов научных данных

Файлы научных данных сложно исследовать, поскольку каждый формат по-разному хранит структуру и метаданные. Этот навык определяет форматы, оценивает качество данных и создает практические отчеты по разведочному анализу данных в формате markdown.

Данные и аналитика Просмотр
📦

diffdock

85

Запуск рабочих процессов молекулярного докинга DiffDock

Настройка молекулярного докинга часто завершается неудачей, поскольку сложно согласовать входные данные, параметры и оценки уверенности. Этот навык помогает выполнять рабочие процессы DiffDock от подготовки до анализа результатов.

Исследования и обучение Просмотр
Показать все
📦

azure-ai-vision-imageanalysis-py

79

Анализ изображений с Azure AI Vision Python

от sickn33

Рабочим процессам анализа изображений нужны подписи, OCR, обнаружение объектов и кадрирование без повторного создания примеров SDK. Этот навык проводит Claude, Codex и Claude Code через Azure AI Vision Image Analysis для Python.

Данные и аналитика Просмотр
📦

calculator

80

Быстро вычисляйте математические выражения

от Decalogue

Ручные проверки арифметики замедляют агентов, когда пользователям нужны быстрые числовые ответы. Этот навык вычисляет базовые математические выражения и возвращает краткие результаты.

Данные и аналитика Просмотр
📦

glm4v-analyze-image

79

Анализ изображений с GLM-4V

от CK991357

Проверка изображений часто требует структурированного визуального рассуждения, а не только короткой подписи. Этот навык помогает составлять промпты для GLM-4V для описаний, визуальных вопросов, OCR и извлечения деталей.

Данные и аналитика Просмотр
📦

python-async-patterns

85

Создавайте надежный async Python

от 0xDarkMatter

Код на async Python часто дает сбои из-за блокирующих вызовов, неограниченного количества задач и слабой очистки ресурсов. Этот навык предоставляет переиспользуемые шаблоны asyncio, примеры и справочные материалы для надежных конкурентных сервисов.

Кодинг и разработка Просмотр
📦

python-fastapi-patterns

85

Создание API на FastAPI с переиспользуемыми паттернами

от 0xDarkMatter

Проектам FastAPI нужны согласованные решения для валидации, зависимостей, middleware и фоновых задач. Этот skill дает Claude, Codex и Claude Code переиспользуемые паттерны для практической разработки API на Python.

Кодинг и разработка Просмотр