dnanexus-integration
Создание и развертывание геномных пайплайнов на DNAnexus
Также доступно от: K-Dense-AI
Управление геномными данными и создание аналитических пайплайнов на DNAnexus требует изучения сложных API и паттернов. Этот навык предоставляет полное руководство по разработке приложений, управлению данными и выполнению рабочих процессов на облачной платформе DNAnexus.
Скачать ZIP навыка
Загрузить в Claude
Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
Включите и начните использовать
Протестировать
Использование «dnanexus-integration». How do I upload a file to DNAnexus with metadata?
Ожидаемый результат:
- Use dxpy.upload_local_file() with project, folder, properties, and tags parameters
- Properties are key-value pairs for searchable metadata
- Tags are string labels for categorization
- File is automatically closed after upload completes
Использование «dnanexus-integration». What is the structure of a DNAnexus app?
Ожидаемый результат:
- dxapp.json defines metadata, inputs, outputs, and run specifications
- src/ directory contains the main executable script (Python or Bash)
- resources/ directory for bundled files and tools
- Entry point function decorated with @dxpy.entry_point('main')
Использование «dnanexus-integration». How do I monitor a running job?
Ожидаемый результат:
- Use job.describe() to get current state and progress
- Check job.get_state() for status: runnable, running, done, failed
- Access logs with dx watch command or job.wait_on_done() in Python
- Output references available after job completes successfully
Аудит безопасности
БезопасноThis skill contains only markdown documentation files teaching DNAnexus platform usage. All 454 static findings are false positives triggered by code examples in markdown fenced code blocks. The 'weak cryptographic algorithm' findings refer to MD5 checksums which DNAnexus legitimately uses for file integrity verification in genomics workflows. No executable code exists in this skill.
Факторы риска
⚙️ Внешние команды (343)
🔑 Переменные окружения (1)
🌐 Доступ к сети (4)
Оценка качества
Что вы можете построить
Создание пользовательского аналитического пайплайна
Создание приложений DNAnexus для вызова вариантов, выравнивания или рабочих процессов контроля качества данных секвенирования.
Автоматизация управления геномными данными
Написание Python-скриптов с использованием dxpy для систематической загрузки, организации и обработки геномных данных крупного масштаба.
Запуск пакетных анализов образцов
Выполнение параллельных анализов на множестве образцов и сбор результатов с использованием возможностей рабочих процессов DNAnexus.
Попробуйте эти промпты
Помогите мне создать приложение DNAnexus, которое принимает файл FASTQ на вход и выполняет фильтрацию по качеству. Покажите dxapp.json и точку входа Python.
Напишите Python-скрипт с использованием dxpy для загрузки всех файлов FASTQ из локальной директории в проект DNAnexus с тегами метаданных.
Как запустить один и тот же апплет DNAnexus параллельно на 50 разных файлах BAM и дождаться завершения всех задач?
Покажите, как настроить dxapp.json для установки samtools, bwa и пользовательских Python-пакетов как зависимостей моего приложения DNAnexus.
Лучшие практики
- Всегда закрывайте объекты данных после записи, чтобы сделать их доступными для анализа
- Используйте понятные структуры папок и свойства метаданных для организации данных
- Тестируйте приложения на небольших наборах данных перед запуском на полномасштабных геномных данных
Избегать
- Избегайте жесткого кодирования идентификаторов проектов или файлов в рабочих скриптах
- Не пропускайте обработку ошибок при выполнении пакетных задач на множестве образцов
- Никогда не храните токены API напрямую в исходном коде или файлах dxapp.json