Навыки dnanexus-integration
🧬

dnanexus-integration

Безопасно ⚙️ Внешние команды🔑 Переменные окружения🌐 Доступ к сети

Создание и развертывание геномных пайплайнов на DNAnexus

Также доступно от: K-Dense-AI

Управление геномными данными и создание аналитических пайплайнов на DNAnexus требует изучения сложных API и паттернов. Этот навык предоставляет полное руководство по разработке приложений, управлению данными и выполнению рабочих процессов на облачной платформе DNAnexus.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)
📊 71 Адекватно
1

Скачать ZIP навыка

2

Загрузить в Claude

Перейдите в Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

Включите и начните использовать

Протестировать

Использование «dnanexus-integration». How do I upload a file to DNAnexus with metadata?

Ожидаемый результат:

  • Use dxpy.upload_local_file() with project, folder, properties, and tags parameters
  • Properties are key-value pairs for searchable metadata
  • Tags are string labels for categorization
  • File is automatically closed after upload completes

Использование «dnanexus-integration». What is the structure of a DNAnexus app?

Ожидаемый результат:

  • dxapp.json defines metadata, inputs, outputs, and run specifications
  • src/ directory contains the main executable script (Python or Bash)
  • resources/ directory for bundled files and tools
  • Entry point function decorated with @dxpy.entry_point('main')

Использование «dnanexus-integration». How do I monitor a running job?

Ожидаемый результат:

  • Use job.describe() to get current state and progress
  • Check job.get_state() for status: runnable, running, done, failed
  • Access logs with dx watch command or job.wait_on_done() in Python
  • Output references available after job completes successfully

Аудит безопасности

Безопасно
v5 • 1/17/2026

This skill contains only markdown documentation files teaching DNAnexus platform usage. All 454 static findings are false positives triggered by code examples in markdown fenced code blocks. The 'weak cryptographic algorithm' findings refer to MD5 checksums which DNAnexus legitimately uses for file integrity verification in genomics workflows. No executable code exists in this skill.

7
Просканировано файлов
2,883
Проанализировано строк
3
находки
5
Всего аудитов

Факторы риска

⚙️ Внешние команды (343)
references/app-development.md:20-22 references/app-development.md:22-25 references/app-development.md:25-26 references/app-development.md:26-27 references/app-development.md:27-28 references/app-development.md:28-33 references/app-development.md:33-35 references/app-development.md:35-38 references/app-development.md:38-40 references/app-development.md:40-50 references/app-development.md:50-61 references/app-development.md:61-67 references/app-development.md:67-69 references/app-development.md:69-82 references/app-development.md:82-88 references/app-development.md:88-98 references/app-development.md:98-102 references/app-development.md:102-109 references/app-development.md:109-115 references/app-development.md:115-132 references/app-development.md:132-140 references/app-development.md:140-150 references/app-development.md:150-154 references/app-development.md:154-161 references/app-development.md:161-167 references/app-development.md:167-179 references/app-development.md:179-186 references/app-development.md:186-196 references/app-development.md:196-199 references/app-development.md:199-205 references/app-development.md:205-207 references/app-development.md:207-211 references/app-development.md:211-213 references/app-development.md:213-217 references/app-development.md:217-219 references/app-development.md:219-235 references/app-development.md:235-238 references/app-development.md:127 references/app-development.md:115-132 references/app-development.md:116 references/configuration.md:9 references/configuration.md:13-29 references/configuration.md:29-35 references/configuration.md:35-42 references/configuration.md:42-46 references/configuration.md:46-64 references/configuration.md:64-70 references/configuration.md:70-104 references/configuration.md:104-108 references/configuration.md:108-109 references/configuration.md:109-110 references/configuration.md:110-111 references/configuration.md:111-112 references/configuration.md:112-113 references/configuration.md:113-114 references/configuration.md:114-115 references/configuration.md:115-116 references/configuration.md:116-120 references/configuration.md:120-121 references/configuration.md:121-122 references/configuration.md:122-123 references/configuration.md:123-124 references/configuration.md:124-125 references/configuration.md:125-126 references/configuration.md:126-127 references/configuration.md:127-128 references/configuration.md:128-129 references/configuration.md:129-135 references/configuration.md:135-153 references/configuration.md:153-159 references/configuration.md:159-186 references/configuration.md:186-192 references/configuration.md:192-203 references/configuration.md:203-206 references/configuration.md:206-207 references/configuration.md:207-208 references/configuration.md:208-209 references/configuration.md:209-210 references/configuration.md:210-211 references/configuration.md:211-217 references/configuration.md:217-231 references/configuration.md:231-237 references/configuration.md:237-255 references/configuration.md:255-263 references/configuration.md:263-274 references/configuration.md:274-276 references/configuration.md:276-282 references/configuration.md:282-290 references/configuration.md:290-293 references/configuration.md:293-296 references/configuration.md:296-300 references/configuration.md:300-301 references/configuration.md:301-305 references/configuration.md:305-308 references/configuration.md:308-310 references/configuration.md:310-317 references/configuration.md:317-327 references/configuration.md:327-330 references/configuration.md:330-339 references/configuration.md:339-347 references/configuration.md:347-358 references/configuration.md:358-361 references/configuration.md:361-365 references/configuration.md:365-370 references/configuration.md:370-376 references/configuration.md:376-379 references/configuration.md:379-381 references/configuration.md:381-387 references/configuration.md:387-404 references/configuration.md:404-407 references/configuration.md:407-420 references/configuration.md:420-426 references/configuration.md:426-438 references/configuration.md:438-444 references/configuration.md:444-453 references/configuration.md:453-456 references/configuration.md:456-457 references/configuration.md:457-461 references/configuration.md:461-473 references/configuration.md:473-477 references/configuration.md:477-577 references/configuration.md:577-598 references/configuration.md:598-611 references/configuration.md:611-615 references/configuration.md:615-627 references/configuration.md:627-631 references/configuration.md:631-646 references/data-operations.md:40-42 references/data-operations.md:42-45 references/data-operations.md:45-48 references/data-operations.md:48-51 references/data-operations.md:51-54 references/data-operations.md:54-61 references/data-operations.md:61-67 references/data-operations.md:67-70 references/data-operations.md:70-79 references/data-operations.md:79-82 references/data-operations.md:82-88 references/data-operations.md:88-93 references/data-operations.md:93-100 references/data-operations.md:100-103 references/data-operations.md:103-107 references/data-operations.md:107-110 references/data-operations.md:110-112 references/data-operations.md:112-117 references/data-operations.md:117-125 references/data-operations.md:125-128 references/data-operations.md:128-132 references/data-operations.md:132-140 references/data-operations.md:140-154 references/data-operations.md:154-158 references/data-operations.md:158-166 references/data-operations.md:166-170 references/data-operations.md:170-177 references/data-operations.md:177-184 references/data-operations.md:184-193 references/data-operations.md:193-196 references/data-operations.md:196-202 references/data-operations.md:202-205 references/data-operations.md:205-212 references/data-operations.md:212-215 references/data-operations.md:215-222 references/data-operations.md:222-226 references/data-operations.md:226-232 references/data-operations.md:232-238 references/data-operations.md:238-244 references/data-operations.md:244-248 references/data-operations.md:248-259 references/data-operations.md:259-265 references/data-operations.md:265-273 references/data-operations.md:273-277 references/data-operations.md:277-286 references/data-operations.md:286-290 references/data-operations.md:290-297 references/data-operations.md:297-303 references/data-operations.md:303-309 references/data-operations.md:309-313 references/data-operations.md:313-317 references/data-operations.md:317-321 references/data-operations.md:321-331 references/data-operations.md:331-339 references/data-operations.md:339-345 references/data-operations.md:345-349 references/data-operations.md:349-355 references/data-operations.md:355-361 references/data-operations.md:361-373 references/data-operations.md:373-377 references/data-operations.md:377-389 references/job-execution.md:23-33 references/job-execution.md:33-36 references/job-execution.md:36-38 references/job-execution.md:38-42 references/job-execution.md:42-48 references/job-execution.md:48-52 references/job-execution.md:52-63 references/job-execution.md:63-69 references/job-execution.md:69-75 references/job-execution.md:75-78 references/job-execution.md:78-80 references/job-execution.md:80-84 references/job-execution.md:84-94 references/job-execution.md:94-98 references/job-execution.md:98-110 references/job-execution.md:110-116 references/job-execution.md:116-124 references/job-execution.md:124-131 references/job-execution.md:131-133 references/job-execution.md:133-136 references/job-execution.md:136-145 references/job-execution.md:145-151 references/job-execution.md:151-177 references/job-execution.md:177-181 references/job-execution.md:181-198 references/job-execution.md:198-206 references/job-execution.md:206-231 references/job-execution.md:231-235 references/job-execution.md:235-246 references/job-execution.md:246-249 references/job-execution.md:249-251 references/job-execution.md:251-258 references/job-execution.md:258-259 references/job-execution.md:259-265 references/job-execution.md:265-269 references/job-execution.md:269-273 references/job-execution.md:273-275 references/job-execution.md:275-278 references/job-execution.md:278-279 references/job-execution.md:279-280 references/job-execution.md:280-281 references/job-execution.md:281-282 references/job-execution.md:282-283 references/job-execution.md:283-284 references/job-execution.md:284-290 references/job-execution.md:290-298 references/job-execution.md:298-302 references/job-execution.md:302-308 references/job-execution.md:308-312 references/job-execution.md:312-316 references/job-execution.md:316-319 references/job-execution.md:319-321 references/job-execution.md:321-329 references/job-execution.md:329-335 references/job-execution.md:335-338 references/job-execution.md:338-339 references/job-execution.md:339-340 references/job-execution.md:340-341 references/job-execution.md:341-347 references/job-execution.md:347-352 references/job-execution.md:352-358 references/job-execution.md:358-363 references/job-execution.md:363-367 references/job-execution.md:367-376 references/job-execution.md:376-380 references/job-execution.md:380-390 references/python-sdk.md:9-15 references/python-sdk.md:15-23 references/python-sdk.md:23-26 references/python-sdk.md:26-30 references/python-sdk.md:30-38 references/python-sdk.md:38-42 references/python-sdk.md:42-45 references/python-sdk.md:45-53 references/python-sdk.md:53-78 references/python-sdk.md:78-84 references/python-sdk.md:84-103 references/python-sdk.md:103-109 references/python-sdk.md:109-123 references/python-sdk.md:123-129 references/python-sdk.md:129-140 references/python-sdk.md:140-146 references/python-sdk.md:146-167 references/python-sdk.md:167-173 references/python-sdk.md:173-190 references/python-sdk.md:190-196 references/python-sdk.md:196-209 references/python-sdk.md:209-215 references/python-sdk.md:215-229 references/python-sdk.md:229-233 references/python-sdk.md:233-248 references/python-sdk.md:248-252 references/python-sdk.md:252-282 references/python-sdk.md:282-286 references/python-sdk.md:286-296 references/python-sdk.md:296-304 references/python-sdk.md:304-322 references/python-sdk.md:322-326 references/python-sdk.md:326-338 references/python-sdk.md:338-344 references/python-sdk.md:344-360 references/python-sdk.md:360-364 references/python-sdk.md:364-378 references/python-sdk.md:378-384 references/python-sdk.md:384-396 references/python-sdk.md:396-400 references/python-sdk.md:400-401 references/python-sdk.md:401-402 references/python-sdk.md:402-403 references/python-sdk.md:403-404 references/python-sdk.md:404-410 references/python-sdk.md:410-417 references/python-sdk.md:417-421 references/python-sdk.md:421-428 references/python-sdk.md:428-434 references/python-sdk.md:434-440 references/python-sdk.md:440-444 references/python-sdk.md:444-447 references/python-sdk.md:447-451 references/python-sdk.md:451-460 references/python-sdk.md:460-466 references/python-sdk.md:466-479 references/python-sdk.md:479-483 references/python-sdk.md:483-503 references/python-sdk.md:503-507 references/python-sdk.md:507-523 SKILL.md:32 SKILL.md:35 SKILL.md:35 SKILL.md:44 SKILL.md:56 SKILL.md:56 SKILL.md:69 SKILL.md:81 SKILL.md:81 SKILL.md:94 SKILL.md:119 SKILL.md:145 SKILL.md:156-173 SKILL.md:173-177 SKILL.md:177-193 SKILL.md:193-197 SKILL.md:197-223 SKILL.md:223-254 SKILL.md:254-256 SKILL.md:256-260 SKILL.md:260-262 SKILL.md:262-268 SKILL.md:268-271 SKILL.md:271-279 SKILL.md:279-298 SKILL.md:298-304 SKILL.md:304-317 SKILL.md:317-323 SKILL.md:323-342
🔑 Переменные окружения (1)
🌐 Доступ к сети (4)

Оценка качества

45
Архитектура
100
Сопровождаемость
87
Контент
22
Сообщество
100
Безопасность
83
Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Создание пользовательского аналитического пайплайна

Создание приложений DNAnexus для вызова вариантов, выравнивания или рабочих процессов контроля качества данных секвенирования.

Автоматизация управления геномными данными

Написание Python-скриптов с использованием dxpy для систематической загрузки, организации и обработки геномных данных крупного масштаба.

Запуск пакетных анализов образцов

Выполнение параллельных анализов на множестве образцов и сбор результатов с использованием возможностей рабочих процессов DNAnexus.

Попробуйте эти промпты

Создание базового приложения
Помогите мне создать приложение DNAnexus, которое принимает файл FASTQ на вход и выполняет фильтрацию по качеству. Покажите dxapp.json и точку входа Python.
Загрузка и организация данных
Напишите Python-скрипт с использованием dxpy для загрузки всех файлов FASTQ из локальной директории в проект DNAnexus с тегами метаданных.
Запуск параллельного анализа
Как запустить один и тот же апплет DNAnexus параллельно на 50 разных файлах BAM и дождаться завершения всех задач?
Настройка зависимостей приложения
Покажите, как настроить dxapp.json для установки samtools, bwa и пользовательских Python-пакетов как зависимостей моего приложения DNAnexus.

Лучшие практики

  • Всегда закрывайте объекты данных после записи, чтобы сделать их доступными для анализа
  • Используйте понятные структуры папок и свойства метаданных для организации данных
  • Тестируйте приложения на небольших наборах данных перед запуском на полномасштабных геномных данных

Избегать

  • Избегайте жесткого кодирования идентификаторов проектов или файлов в рабочих скриптах
  • Не пропускайте обработку ошибок при выполнении пакетных задач на множестве образцов
  • Никогда не храните токены API напрямую в исходном коде или файлах dxapp.json

Часто задаваемые вопросы

В чем разница между приложением и апплетом?
Апплеты - это выполняемые файлы, привязанные к проекту. Приложения - это опубликованные версии, которыми можно делиться между проектами и пользователями с контролем версий.
Как выполнить аутентификацию с DNAnexus?
Запустите 'dx login' для интерактивной аутентификации или установите переменную окружения DX_SECURITY_CONTEXT с вашим токеном API для скриптов.
Какие форматы файлов поддерживает DNAnexus?
DNAnexus поддерживает любые форматы файлов. Распространенные геномные форматы включают FASTQ, BAM, VCF, BED и GFF. Файлы хранятся как бинарные объекты данных.
Как обрабатывать загрузку больших файлов?
Используйте dxpy.upload_local_file(), который автоматически обрабатывает загрузку по частям. Для очень больших файлов рассмотрите использование команды dx upload с параллелизацией.
Можно ли использовать Docker-контейнеры в приложениях DNAnexus?
Да. Укажите Docker-образ в runSpec dxapp.json. Платформа загружает и запускает ваш контейнер с указанными ресурсами и подключенными данными.
Как передать выходные данные одной задачи другой?
Используйте job.get_output_ref('output_name') для создания ссылки, которая разрешается после завершения задачи. Передайте эту ссылку как входные данные для зависимых задач.

Сведения для разработчиков

Структура файлов