dnanexus-integration
Интеграция рабочих процессов геномной платформы DNAnexus
Également disponible depuis: davila7
DNAnexus предоставляет облачный геномный анализ, но требует специфических знаний платформы. Этот навык предлагает полную документацию для создания приложений, управления данными и запуска биоинформатических рабочих процессов.
Télécharger le ZIP du skill
Importer dans Claude
Allez dans Paramètres → Capacités → Skills → Importer un skill
Activez et commencez à utiliser
Tester
Utilisation de "dnanexus-integration". How do I upload a FASTQ file and run quality control?
Résultat attendu:
- 1. First authenticate: dx login
- 2. Upload your file: dx upload sample.fastq --project project-xxxx
- 3. Find a QC applet: dx find_applets --name '*qc*'
- 4. Run analysis: dx run applet-xxxx -i reads=file-yyyy
- 5. Monitor progress: dx watch job-zzzz
- 6. Download results when complete
Utilisation de "dnanexus-integration". Create a simple app that filters reads by quality
Résultat attendu:
- Define dxapp.json with inputSpec for reads file and outputSpec for filtered reads
- Use @dxpy.entry_point('main') decorator for the main function
- Download input with dxpy.download_dxfile()
- Process with subprocess.call() to external tool
- Upload output with dxpy.upload_local_file()
- Return result using dxpy.dxlink()
Audit de sécurité
SûrAll 455 static findings are false positives. The skill is documentation for DNAnexus cloud genomics platform. The flagged 'external_commands' are legitimate DNAnexus CLI commands (dx, dxpy) in documentation code blocks. The 'weak cryptographic algorithm' findings incorrectly identified API version fields like 'dxapi: 1.0.0' as cryptographic code. The 'Windows SAM database' alert misidentified authentication documentation (DX_SECURITY_CONTEXT) as Windows system files. No malicious patterns exist.
Facteurs de risque
⚙️ Commandes externes (5)
🌐 Accès réseau (1)
Score de qualité
Ce que vous pouvez construire
Конвейер обработки секвенированных данных
Загрузите файлы FASTQ, запустите рабочие процессы выравнивания и вызова вариантов, загрузите результаты для исследовательского анализа
Создание пользовательских аналитических приложений
Создавайте приложения DNAnexus для специализированных геномных анализов с правильной обработкой входных и выходных данных
Организация геномных наборов данных
Ищите, категоризируйте и управляйте большими геномными наборами данных в нескольких проектах DNAnexus
Essayez ces prompts
Помогите мне загрузить файл FASTQ в DNAnexus и запустить базовый анализ контроля качества с использованием существующего апплета
Мне нужно создать приложение DNAnexus, которое принимает входные данные FASTQ и выводит выравнивание BAM с использованием BWA-MEM
Покажите мне, как найти все файлы FASTQ в проекте и запустить одинаковый анализ для каждого параллельно
Помогите мне настроить dxapp.json для приложения, которое требует samtools, bcftools и пользовательский Docker-образ с референсными геномами
Bonnes pratiques
- Всегда проверяйте входные файлы перед обработкой в приложениях DNAnexus
- Используйте соответствующие типы экземпляров DNAnexus для ресурсоемких вычислений
- Включайте комплексную обработку ошибок и ведение журнала в пользовательских приложениях
Éviter
- Жесткое кодирование идентификаторов проектов или путей к файлам в производственных приложениях
- Обработка больших файлов без проверки доступного дискового пространства
- Игнорирование состояний заданий и условий ошибок DNAnexus