📦

biopython

Name: biopython
Author: davila7

Ревизия содержимого r2 Средний риск 📁 Доступ к файловой системе🌐 Доступ к сети🔑 Переменные окружения⚙️ Внешние команды

Создание рабочих процессов Biopython для молекулярной биологии

Задачи биоинформатики часто требуют точного кода для последовательностей, баз данных, BLAST и структур. Этот навык помогает Claude, Codex и Claude Code работать с рабочими процессами Biopython.

Поддерживает: Claude Codex Code(CC)

📊 66 Адекватно

Установить с помощью моего Агента

Скопируйте этот запрос в своего Агента. Он содержит каноническую страницу Skill и манифест.

Запрос агента

Review the Skillstore skill "biopython" from https://skillstore.io/skills/davila7-biopython.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-biopython/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

Ваш Агент по-прежнему должен показать план и запросить все подтверждения, требуемые политикой безопасности.

Ресурсы для AI-агентов

Используйте эти ссылки, когда AI-агенту, crawler или script нужен чистый контекст вместо полной страницы.

Markdown-детали GET /skills/davila7-biopython.md Подписанный manifest GET /api/skills/davila7-biopython/manifest Подписанный lockfile GET /api/skills/davila7-biopython/lockfile

Протестировать

Использование «biopython». Кратко опиши, как разобрать файл FASTA и отфильтровать длинные последовательности.

Ожидаемый результат:

Краткий рабочий процесс, который читает записи с Bio.SeqIO, фильтрует по длине и рекомендует обработку на основе итераторов для больших файлов.

Использование «biopython». Спланируй поиск в PubMed для статей о семействе генов.

Ожидаемый результат:

Рабочий процесс для базы данных, охватывающий настройку Entrez email, проектирование запроса, получение результатов, ограничения скорости запросов и сводки записей.

Использование «biopython». Объясни, как сравнить две белковые структуры.

Ожидаемый результат:

Рабочий процесс для структур, охватывающий разбор PDB, выбор цепей, сопоставление атомов, суперпозицию, расчет RMSD и проверки валидации.

Аудит безопасности

Средний риск

v10 • 23.07.2026 Открыть версионный отчет

Most static findings are false positives caused by Markdown formatting, biological identifiers, and placeholder credentials. Fixed-path writes can overwrite files, package installation changes the environment, and online BLAST can disclose sequences to NCBI. No prompt injection or malicious intent was found.

Просканировано файлов

3,738

Проанализировано строк

Пункты проверки

Ложные срабатывания проигнорированы

Подтверждённые проблемы безопасности (1)

Средний

SKILL.md:145-149

Potential Disclosure of Sequence Data to NCBI

The example submits sequence content to the NCBI BLAST service. Proprietary or sensitive sequences could leave the local environment without clear user consent.

The example directly calls NCBIWWW.qblast with sequence content, and the surrounding section identifies NCBI web services as the destination.

Пункты проверки возможностей (4)

Это реальные локальные возможности, которые могут ожидаться для этого навыка, поэтому они требуют проверки, но не считаются подтверждённым вредоносным поведением.

Средний

references/advanced.md:85

Python file write/append

with open("output.jaspar", "w") as handle:

The example opens output.jaspar in write mode, which can replace an existing local file. This is legitimate output handling but creates a real filesystem side effect.

Средний

references/blast.md:28

Python file write/append

with open("blast_results.xml", "w") as out_file:

The example writes BLAST output to the fixed path blast_results.xml. Running it can replace an existing file with that name.

Средний

references/blast.md:403

Python file write/append

with open("batch_results.xml", "w") as out_file:

The batch example writes to the fixed path batch_results.xml. Running it can replace an existing local result file.

Средний

SKILL.md:45-47

Ruby/shell backtick execution

```python

The fenced example instructs users or agents to run uv pip install biopython. This fixed command downloads a package and modifies the active Python environment.

Факторы риска

📁 Доступ к файловой системе (6)

references/advanced.md:71 references/advanced.md:465 references/advanced.md:85 references/blast.md:28 references/blast.md:403 SKILL.md:340

🌐 Доступ к сети (6)

references/databases.md:35 references/databases.md:25 SKILL.md:406 SKILL.md:407 SKILL.md:408 SKILL.md:409

🔑 Переменные окружения (2)

references/databases.md:26 SKILL.md:56

⚙️ Внешние команды (50)

SKILL.md:45-47 SKILL.md:47-51 SKILL.md:51-57 SKILL.md:57-65 SKILL.md:65-76 SKILL.md:76-85 SKILL.md:85-89 SKILL.md:89-99 SKILL.md:99-107 SKILL.md:107-111 SKILL.md:111-121 SKILL.md:121-130 SKILL.md:130-134 SKILL.md:134-144 SKILL.md:144-154 SKILL.md:154-158 SKILL.md:158-169 SKILL.md:169-180 SKILL.md:180-184 SKILL.md:184-195 SKILL.md:195-205 SKILL.md:205-209 SKILL.md:209-220 SKILL.md:220-227 SKILL.md:227-241 SKILL.md:241-250 SKILL.md:250-257 SKILL.md:257-260 SKILL.md:260-263 SKILL.md:263-265 SKILL.md:265-268 SKILL.md:268-270 SKILL.md:270-273 SKILL.md:273-276 SKILL.md:276-279 SKILL.md:279-282 SKILL.md:282-285 SKILL.md:285-290 SKILL.md:290-296 SKILL.md:296-308 SKILL.md:308-312 SKILL.md:312-325 SKILL.md:325-329 SKILL.md:329-348 SKILL.md:348-352 SKILL.md:352-369 SKILL.md:369-402 SKILL.md:402-416 SKILL.md:416-425 SKILL.md:425-432

Аудитор:: codex Посмотреть историю аудитов →

Поделиться и цитировать этот отчет

Делитесь версионным отчетом об оценке, нейтральным значком, встраиваемой карточкой и цитатами. Skillstore публикует доказательства, не решая, безопасен ли этот Skill.

Открыть версионный отчет

Копировать ссылку на отчёт

https://skillstore.io/skills/davila7-biopython/audits/10?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Значок Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-biopython/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-biopython?utm_source=security_passport_badge)

Значок HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-biopython?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-biopython/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Встраиваемая карточка

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-biopython.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

Академические ссылки (APA · BibTeX · CFF)

Цитата APA

davila7. (2026). biopython security audit report (audit version 10) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-biopython/audits/10

Цитата BibTeX

@techreport{davila7-davila7-biopython-2026,
  author = {davila7},
  title = {biopython security audit report (audit version 10)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {10},
  url = {https://skillstore.io/skills/davila7-biopython/audits/10},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "biopython security audit report (audit version 10)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-biopython/audits/10"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:davila7-biopython:audit:10"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Сравнить варианты

2 устанавливаемых вариантов

Навык каждого автора остаётся отдельным устанавливаемым вариантом. Рекомендуемый вариант ранжируется по данным Skillstore.

Почему этот вариант первый

Самая высокая оценка Skillstore

Автор / источник Оценка Skillstore Достоверность доказательств Использование в Skillstore Обновлено

K-Dense-AI Рекомендуется

k-dense-ai-biopython

Оценка Skillstore 74

Достоверность доказательств Высокий

Использование в Skillstore 7

Обновлено

2026-09-09

davila7 Текущий

davila7-biopython

Оценка Skillstore 66

Достоверность доказательств Высокий

Использование в Skillstore 7

Обновлено

2026-09-09

Оценка Skillstore

Почему такая оценка Достоверность доказательств: Высокий

Архитектура

Сопровождаемость

Контент

Сообщество

Соответствие спецификации

Что вы можете построить

Преобразование файлов последовательностей

Преобразование файлов FASTA, GenBank и FASTQ с сохранением ID, описаний и аннотаций.

Получение записей NCBI

Поиск в PubMed или GenBank, получение записей и планирование рабочих процессов баз данных с учетом ограничений скорости запросов.

Исследование белковых структур

Разбор файлов PDB, навигация по цепям и остаткам, а также сводка структурных измерений.

Попробуйте эти промпты

Разбор файлов последовательностей

Используй навык Biopython, чтобы прочитать файл FASTA, сообщить ID и длины последовательностей и объяснить каждый шаг.

Поиск в NCBI Entrez

Используй навык Biopython, чтобы выполнить поиск в PubMed по теме, получить верхние записи и кратко описать соображения по ограничениям скорости запросов.

Анализ результатов BLAST

Используй навык Biopython, чтобы разобрать BLAST XML, отфильтровать совпадения по e-value и идентичности и описать самые сильные совпадения.

Создание интегрированного конвейера

Используй навык Biopython, чтобы спроектировать рабочий процесс, который получает последовательности, выравнивает их, строит дерево и записывает параметры.

Лучшие практики

Установите Entrez.email и задокументируйте использование API перед вызовом сервисов NCBI.
Используйте итераторы и небольшие тестовые файлы перед обработкой больших наборов данных последовательностей.
Проверяйте форматы файлов, ID записей и биологические предположения перед интерпретацией результатов.

Избегать

Не вставляйте реальные API keys в общие промпты или закоммиченные примеры.
Не запускайте большие задания BLAST против NCBI без проверки ограничений скорости запросов и рекомендаций по пакетной обработке.
Не предполагайте, что каждый файл последовательности, записи или структуры содержит полные аннотации.

Часто задаваемые вопросы

С чем помогает этот навык?

Он помогает с задачами Biopython для последовательностей, баз данных, BLAST, структур, филогенетики и продвинутых рабочих процессов молекулярной биологии.

Выполняет ли он анализ автоматически?

Нет. Он предоставляет справочные рекомендации и шаблоны кода. Вам все равно нужна среда Python с установленным Biopython.

Требуется ли ему сетевой доступ?

Только для NCBI Entrez, онлайн-BLAST и ссылок на документацию. Разбор локальных файлов и многие виды анализа работают офлайн.

Могу ли я использовать его с Claude Code и Codex?

Да. В нем указана поддержка Claude, Codex и Claude Code.

Как следует обращаться с API keys?

Используйте переменные окружения или защищенное хранилище секретов. Не коммитьте реальные NCBI API keys.

Какие файлы охвачены?

Навык охватывает FASTA, GenBank, FASTQ, PDB, mmCIF, Newick, NEXUS, phyloXML и связанные форматы.