Habilidades reactome-database
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reactome-database

Seguro ⚡ Contém scripts🌐 Acesso à rede

Consultar banco de dados de vias do Reactome

Também disponível em: davila7

Analise vias biológicas e listas de genes usando o banco de dados Reactome. Realize análise de enriquecimento de vias, mapeie genes para vias e explore interações moleculares para pesquisa em biologia de sistemas.

Suporta: Claude Codex Code(CC)
🥉 76 Bronze
1

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3

Ative e comece a usar

Testar

A utilizar "reactome-database". Analyze genes for pathway enrichment: TP53, BRCA1, EGFR

Resultado esperado:

  • Resultados da análise:
  • • 3 genes enviados
  • • Token: XXXXXX (válido por 7 dias)
  • • Principal via: Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
  • • p-value: 0.000023, FDR: 0.00156
  • • Ver no navegador: https://reactome.org/PathwayBrowser/...

A utilizar "reactome-database". Query pathway R-HSA-69278

Resultado esperado:

  • Via: Cell Cycle, Mitotic
  • • ID: R-HSA-69278
  • • Tipo: Pathway
  • • Espécie: Homo sapiens
  • • Descrição: Ciclo de divisão celular consistindo de interfase e fases mitóticas...

A utilizar "reactome-database". Search for apoptosis pathways

Resultado esperado:

  • Resultados da busca por 'apoptosis':
  • • R-HSA-109606: Extrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-111885: Intrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-1234154: Regulation of Apoptosis
  • • R-HSA-1388673: Apoptotic Nuclear Fragmentation

Auditoria de Segurança

Seguro
v4 • 1/17/2026

Legitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.

4
Arquivos analisados
1,257
Linhas analisadas
2
achados
4
Total de auditorias

Fatores de risco

⚡ Contém scripts (1)
scripts/reactome_query.py:1-287
🌐 Acesso à rede (1)
scripts/reactome_query.py:31-32
Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →

Pontuação de qualidade

64
Arquitetura
100
Manutenibilidade
85
Conteúdo
30
Comunidade
100
Segurança
83
Conformidade com especificações

O Que Você Pode Construir

Análise de enriquecimento de conjunto de genes

Envie listas de genes de RNA-seq ou proteômica para identificar vias biológicas enriquecidas

Mapeamento de vias entre espécies

Mapeie genes de camundongos ou outros organismos modelo para vias humanas para análise comparativa

Exploração de vias

Consulte vias específicas para entender mecanismos moleculares e associações com doenças

Tente Estes Prompts

Consulta básica de via 
Query the Reactome database for pathway R-HSA-69278 and show me the pathway name, species, and description
Enriquecimento de genes 
Analyze these genes for pathway enrichment: TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. Show significant pathways with FDR values
Busca de vias 
Search Reactome for pathways related to apoptosis and show me the top 10 results with their pathway IDs
Consulta de entidade 
List all participating proteins and molecules in the Cell Cycle pathway (R-HSA-69278)

Melhores Práticas

  • Armazene os tokens de análise para recuperar resultados depois sem reenviar genes
  • Filtre resultados pelo limiar de FDR (padrão 0.05) para focar em vias significativas
  • Use o endpoint de projeção para espécies não humanas para mapear genes para vias humanas

Evitar

  • Enviar genes um de cada vez em vez de envio em lote
  • Ignorar a validade de 7 dias do token para recuperação de resultados
  • Não verificar compatibilidade de espécies ao analisar dados entre espécies

Perguntas Frequentes

Quais formatos de identificadores o Reactome aceita?
Acessos UniProt, símbolos de genes, IDs Ensembl, IDs EntrezGene, ChEBI para pequenas moléculas.
Por quanto tempo os tokens de análise são válidos?
Tokens de análise são válidos por 7 dias. Armazene-os para recuperar resultados sem reenvio.
Posso analisar genes não humanos?
Sim, use o endpoint de projeção para mapear camundongo, rato ou outras espécies para vias humanas.
Qual é o formato de saída?
JSON com vias, p-values, FDR, contagens de entidades e tokens para visualização no navegador.
Esta skill funciona offline?
Não, esta skill requer acesso à internet para consultar a Reactome REST API.
Quantas vias existem no Reactome?
O Reactome contém 2.825+ vias humanas com 16.000+ reações e 11.000+ proteínas.

Detalhes do Desenvolvedor

Licença

MIT

Repositório

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-database

Referência

main

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 reactome_query.py

📄 SKILL.md