reactome-database
Consultar banco de dados de vias do Reactome
Auch verfügbar von: davila7
Analise vias biológicas e listas de genes usando o banco de dados Reactome. Realize análise de enriquecimento de vias, mapeie genes para vias e explore interações moleculares para pesquisa em biologia de sistemas.
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Einschalten und loslegen
Teste es
Verwendung von "reactome-database". Analyze genes for pathway enrichment: TP53, BRCA1, EGFR
Erwartetes Ergebnis:
- Resultados da análise:
- • 3 genes enviados
- • Token: XXXXXX (válido por 7 dias)
- • Principal via: Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
- • p-value: 0.000023, FDR: 0.00156
- • Ver no navegador: https://reactome.org/PathwayBrowser/...
Verwendung von "reactome-database". Query pathway R-HSA-69278
Erwartetes Ergebnis:
- Via: Cell Cycle, Mitotic
- • ID: R-HSA-69278
- • Tipo: Pathway
- • Espécie: Homo sapiens
- • Descrição: Ciclo de divisão celular consistindo de interfase e fases mitóticas...
Verwendung von "reactome-database". Search for apoptosis pathways
Erwartetes Ergebnis:
- Resultados da busca por 'apoptosis':
- • R-HSA-109606: Extrinsic Pathway of Apoptosis
- • R-HSA-111885: Intrinsic Pathway of Apoptosis
- • R-HSA-1234154: Regulation of Apoptosis
- • R-HSA-1388673: Apoptotic Nuclear Fragmentation
Sicherheitsaudit
SicherLegitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.
Risikofaktoren
⚡ Enthält Skripte (1)
🌐 Netzwerkzugriff (1)
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
Análise de enriquecimento de conjunto de genes
Envie listas de genes de RNA-seq ou proteômica para identificar vias biológicas enriquecidas
Mapeamento de vias entre espécies
Mapeie genes de camundongos ou outros organismos modelo para vias humanas para análise comparativa
Exploração de vias
Consulte vias específicas para entender mecanismos moleculares e associações com doenças
Probiere diese Prompts
Query the Reactome database for pathway R-HSA-69278 and show me the pathway name, species, and description
Analyze these genes for pathway enrichment: TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. Show significant pathways with FDR values
Search Reactome for pathways related to apoptosis and show me the top 10 results with their pathway IDs
List all participating proteins and molecules in the Cell Cycle pathway (R-HSA-69278)
Bewährte Verfahren
- Armazene os tokens de análise para recuperar resultados depois sem reenviar genes
- Filtre resultados pelo limiar de FDR (padrão 0.05) para focar em vias significativas
- Use o endpoint de projeção para espécies não humanas para mapear genes para vias humanas
Vermeiden
- Enviar genes um de cada vez em vez de envio em lote
- Ignorar a validade de 7 dias do token para recuperação de resultados
- Não verificar compatibilidade de espécies ao analisar dados entre espécies
Häufig gestellte Fragen
Quais formatos de identificadores o Reactome aceita?
Por quanto tempo os tokens de análise são válidos?
Posso analisar genes não humanos?
Qual é o formato de saída?
Esta skill funciona offline?
Quantas vias existem no Reactome?
Entwicklerdetails
Autor
K-Dense-AILizenz
MIT
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-databaseRef
main
Dateistruktur