Habilidades pubchem-database
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pubchem-database

Seguro 🌐 Acesso à rede📁 Acesso ao sistema de arquivos

Consultar Banco de Dados Químico PubChem

Também disponível em: davila7

Pesquisadores precisam de acesso rápido a propriedades moleculares e estruturas químicas. Esta skill conecta-se ao banco de dados de mais de 110 milhões de compostos do PubChem para consultas de quimioinformática instantâneas.

Suporta: Claude Codex Code(CC)
🥉 74 Bronze
1

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2

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Vá em Configurações → Capacidades → Skills → Upload skill

3

Ative e comece a usar

Testar

A utilizar "pubchem-database". Buscar cafeína e mostrar suas propriedades principais

Resultado esperado:

  • Composto: Cafeína (CID: 2519)
  • Fórmula Molecular: C8H10N4O2
  • Massa Molecular: 194.19 g/mol
  • SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
  • LogP: -0.07
  • TPSA: 58.44 Ų

A utilizar "pubchem-database". Encontrar compostos semelhantes à aspirina

Resultado esperado:

  • Encontrados 12 compostos semelhantes com limite de 85%:
  • • CID 2244: Aspirina (referência)
  • • CID 3312: Ácido salicílico (MW: 138.12, 89% semelhante)
  • • CID 3037: Ácido acetilsalicílico (91% semelhante)
  • • CID 1983: Ácido 4-aminossalicílico (87% semelhante)

A utilizar "pubchem-database". Obter dados de bioatividade para aspirina

Resultado esperado:

  • Resumo de Bioatividade para CID 2244:
  • Total de ensaios: 1567
  • Ativo: 234 compostos testados positivos
  • Inativo: 1189 compostos testados negativos
  • Inconclusivo: 144 resultados pendentes

Auditoria de Segurança

Seguro
v4 • 1/17/2026

This is a legitimate scientific tool for querying the PubChem chemical database. Static analysis findings are false positives: the 'external commands' are Python code examples in markdown documentation, 'network' calls go to official NIH/NCBI servers, and 'weak cryptographic algorithm' detections are keyword false positives in a non-cryptographic context. No actual cryptographic code, command injection risks, or malicious behavior exists.

5
Arquivos analisados
1,926
Linhas analisadas
2
achados
4
Total de auditorias

Fatores de risco

🌐 Acesso à rede (2)
scripts/bioactivity_query.py:21-22 scripts/bioactivity_query.py:28-50
📁 Acesso ao sistema de arquivos (1)
SKILL.md:203-204
Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →

Pontuação de qualidade

64
Arquitetura
100
Manutenibilidade
85
Conteúdo
21
Comunidade
100
Segurança
78
Conformidade com especificações

O Que Você Pode Construir

Triagem de candidatos a medicamentos

Triagem de compostos para propriedades semelhantes a medicamentos usando a Regra dos Cinco de Lipinski

Análise estrutura-atividade

Encontrar compostos estruturalmente semelhantes e comparar suas bioatividades

Conversão de identificadores químicos

Converter entre SMILES, InChI e nomes de compostos para publicações

Tente Estes Prompts

Busca básica de composto 
Buscar aspirina no PubChem e mostrar sua fórmula molecular, peso e SMILES
Comparação de propriedades 
Obter propriedades moleculares de aspirina, ibuprofeno e naproxeno. Comparar seus valores de LogP
Pesquisa de similaridade 
Buscar compostos semelhantes ao imatinib com limite de similaridade de 85%, depois filtrar por MW 200-600
Triagem de subestrutura 
Encontrar todos os compostos contendo um anel benzênico e calcular sua massa molecular média

Melhores Práticas

  • Use CIDs em vez de nomes para consultas repetidas para melhorar o desempenho
  • Implemente atrasos de 0,2-0,3 segundos entre solicitações para respeitar os limites de taxa
  • Armene em cache os resultados localmente para compostos acessados com frequência

Evitar

  • Não faça mais de 5 solicitações por segundo para evitar limites de taxa
  • Evite pesquisar por nomes comuns sem verificar os sinônimos primeiro
  • Não ignore o tratamento de erros para compostos que podem não existir

Perguntas Frequentes

O que é PubChem?
O PubChem é o maior banco de dados químico disponível gratuitamente do mundo com mais de 110 milhões de compostos, mantido pelo NCBI/NIH.
Como pesquisar por estrutura química?
Use strings SMILES ou notação InChI. Exemplo: 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O' para aspirina.
Quais propriedades posso recuperar?
Massa molecular, LogP, TPSA, contagem de ligações de hidrogênio e mais de 50 outros descritores moleculares.
Por que estou recebendo erros de tempo limite?
Pesquisas de similaridade e subestrutura são assíncronas e podem levar 15-30 segundos. Reduza MaxRecords se necessário.
Posso baixar estruturas moleculares?
Sim, você pode baixar como imagens PNG, arquivos SDF ou formato JSON usando as funções de download.
Há um limite de taxa?
Sim, máximo de 5 solicitações por segundo e 400 solicitações por minuto para garantir uso justo.

Detalhes do Desenvolvedor

Licença

MIT

Repositório

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pubchem-database

Referência

main

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 bioactivity_query.py

📄 compound_search.py

📄 SKILL.md