Fähigkeiten pubchem-database
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pubchem-database

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Consultar Banco de Dados Químico PubChem

Auch verfügbar von: davila7

Pesquisadores precisam de acesso rápido a propriedades moleculares e estruturas químicas. Esta skill conecta-se ao banco de dados de mais de 110 milhões de compostos do PubChem para consultas de quimioinformática instantâneas.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 74 Bronze
1

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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "pubchem-database". Buscar cafeína e mostrar suas propriedades principais

Erwartetes Ergebnis:

  • Composto: Cafeína (CID: 2519)
  • Fórmula Molecular: C8H10N4O2
  • Massa Molecular: 194.19 g/mol
  • SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
  • LogP: -0.07
  • TPSA: 58.44 Ų

Verwendung von "pubchem-database". Encontrar compostos semelhantes à aspirina

Erwartetes Ergebnis:

  • Encontrados 12 compostos semelhantes com limite de 85%:
  • • CID 2244: Aspirina (referência)
  • • CID 3312: Ácido salicílico (MW: 138.12, 89% semelhante)
  • • CID 3037: Ácido acetilsalicílico (91% semelhante)
  • • CID 1983: Ácido 4-aminossalicílico (87% semelhante)

Verwendung von "pubchem-database". Obter dados de bioatividade para aspirina

Erwartetes Ergebnis:

  • Resumo de Bioatividade para CID 2244:
  • Total de ensaios: 1567
  • Ativo: 234 compostos testados positivos
  • Inativo: 1189 compostos testados negativos
  • Inconclusivo: 144 resultados pendentes

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

This is a legitimate scientific tool for querying the PubChem chemical database. Static analysis findings are false positives: the 'external commands' are Python code examples in markdown documentation, 'network' calls go to official NIH/NCBI servers, and 'weak cryptographic algorithm' detections are keyword false positives in a non-cryptographic context. No actual cryptographic code, command injection risks, or malicious behavior exists.

5
Gescannte Dateien
1,926
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (2)
scripts/bioactivity_query.py:21-22 scripts/bioactivity_query.py:28-50
📁 Dateisystemzugriff (1)
SKILL.md:203-204
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
85
Inhalt
21
Community
100
Sicherheit
78
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Triagem de candidatos a medicamentos

Triagem de compostos para propriedades semelhantes a medicamentos usando a Regra dos Cinco de Lipinski

Análise estrutura-atividade

Encontrar compostos estruturalmente semelhantes e comparar suas bioatividades

Conversão de identificadores químicos

Converter entre SMILES, InChI e nomes de compostos para publicações

Probiere diese Prompts

Busca básica de composto 
Buscar aspirina no PubChem e mostrar sua fórmula molecular, peso e SMILES
Comparação de propriedades 
Obter propriedades moleculares de aspirina, ibuprofeno e naproxeno. Comparar seus valores de LogP
Pesquisa de similaridade 
Buscar compostos semelhantes ao imatinib com limite de similaridade de 85%, depois filtrar por MW 200-600
Triagem de subestrutura 
Encontrar todos os compostos contendo um anel benzênico e calcular sua massa molecular média

Bewährte Verfahren

  • Use CIDs em vez de nomes para consultas repetidas para melhorar o desempenho
  • Implemente atrasos de 0,2-0,3 segundos entre solicitações para respeitar os limites de taxa
  • Armene em cache os resultados localmente para compostos acessados com frequência

Vermeiden

  • Não faça mais de 5 solicitações por segundo para evitar limites de taxa
  • Evite pesquisar por nomes comuns sem verificar os sinônimos primeiro
  • Não ignore o tratamento de erros para compostos que podem não existir

Häufig gestellte Fragen

O que é PubChem?
O PubChem é o maior banco de dados químico disponível gratuitamente do mundo com mais de 110 milhões de compostos, mantido pelo NCBI/NIH.
Como pesquisar por estrutura química?
Use strings SMILES ou notação InChI. Exemplo: 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O' para aspirina.
Quais propriedades posso recuperar?
Massa molecular, LogP, TPSA, contagem de ligações de hidrogênio e mais de 50 outros descritores moleculares.
Por que estou recebendo erros de tempo limite?
Pesquisas de similaridade e subestrutura são assíncronas e podem levar 15-30 segundos. Reduza MaxRecords se necessário.
Posso baixar estruturas moleculares?
Sim, você pode baixar como imagens PNG, arquivos SDF ou formato JSON usando as funções de download.
Há um limite de taxa?
Sim, máximo de 5 solicitações por segundo e 400 solicitações por minuto para garantir uso justo.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pubchem-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 bioactivity_query.py

📄 compound_search.py

📄 SKILL.md