Habilidades gget
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gget

Seguro 🌐 Acesso à rede📁 Acesso ao sistema de arquivos

Consultar bancos de dados genômicos para informações e sequências de genes

Também disponível em: davila7

O gget oferece acesso unificado a mais de 20 bancos de dados genômicos através de uma interface simples de CLI ou Python. Consulte informações de genes, recupere sequências, realize buscas BLAST e execute análise de enriquecimento sem gerenciar múltiplas conexões de API.

Suporta: Claude Codex Code(CC)
🥈 78 Prata
1

Baixar o ZIP da skill

2

Upload no Claude

Vá em Configurações → Capacidades → Skills → Upload skill

3

Ative e comece a usar

Testar

A utilizar "gget". Pesquisar gene BRCA1 em humano

Resultado esperado:

  • Found: ENSG00000012048 (BRCA1)
  • Description: BRCA1 DNA repair associated
  • UniProt ID: P38398
  • Chromosome: 17q21.31
  • Biotype: protein coding

A utilizar "gget". Obter expressão tecidual para ACE2

Resultado esperado:

  • Kidney: median expression 245.3
  • Testis: median expression 189.7
  • Small intestine: median expression 156.2
  • Bladder: median expression 98.4

Auditoria de Segurança

Seguro
v4 • 1/17/2026

This is legitimate bioinformatics software. All 614 static findings are false positives: markdown code fences were misidentified as Ruby shell execution, hardcoded URLs are public genomic databases (Ensembl, UniProt, NCBI), cryptographic patterns are data integrity checksums, and the critical heuristic is standard bioinformatics behavior (network queries to public APIs + local file operations for results).

9
Arquivos analisados
3,490
Linhas analisadas
2
achados
4
Total de auditorias

Fatores de risco

🌐 Acesso à rede (2)
references/database_info.md:22 SKILL.md:866-868
📁 Acesso ao sistema de arquivos (3)
scripts/gene_analysis.py:55-61 scripts/enrichment_pipeline.py:24-25 scripts/batch_sequence_analysis.py:97-98
Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →

Pontuação de qualidade

68
Arquitetura
100
Manutenibilidade
85
Conteúdo
30
Comunidade
100
Segurança
91
Conformidade com especificações

O Que Você Pode Construir

Consultas rápidas de genes

Recuperar rapidamente informações, sequências e anotações de genes do Ensembl, UniProt e NCBI durante a exploração de pesquisa.

Análise de enriquecimento

Executar enriquecimento de ontologia gênica e vias metabólicas em listas de genes para identificar padrões biológicos e associações funcionais.

Comparação de sequências

Executar buscas BLAST e recuperar estruturas proteicas para tarefas de análise e comparação de sequências.

Tente Estes Prompts

Pesquisa básica de genes 
Use gget para pesquisar o gene TP53 em humano e retorne seu ID Ensembl, descrição e ID UniProt.
Recuperação de sequências 
Recupere as sequências de nucleotídeos e proteínas do gene Ensembl ENSG00000139618 em formato FASTA usando gget.
Busca BLAST 
Execute uma busca BLAST usando gget para encontrar sequências similares a 'MSEQWKAVLFPLLLAAATSL...'. Use o banco de dados nr e retorne os 5 melhores resultados.
Análise de enriquecimento 
Execute gget enrichr na lista de genes ['TP53', 'BRCA1', 'MDM2', 'CDKN1A'] contra o banco de dados KEGG Pathways e mostre os 10 termos mais enriquecidos.

Melhores Práticas

  • Mantenha o gget atualizado para acompanhar as mudanças nas estruturas dos bancos de dados
  • Use a flag -csv para saída do CLI para simplificar a análise
  • Limite consultas grandes para evitar erros de timeout do servidor

Evitar

  • Executar milhares de consultas sem limitação de taxa
  • Usar versões não lançadas de bancos de dados em fluxos de trabalho reproduzíveis
  • Pular a validação de resultados quando a análise posterior depende da qualidade dos dados

Perguntas Frequentes

Quais bancos de dados o gget consulta?
O gget consulta mais de 20 bancos de dados incluindo Ensembl, UniProt, NCBI, PDB, KEGG, AlphaFold e ARCHS4.
O gget requer autenticação?
Não, o gget consulta bancos de dados genômicos públicos que não exigem chaves de API para uso padrão.
Posso usar gget em scripts Python?
Sim, o gget funciona tanto como ferramenta CLI quanto como pacote Python. Importe gget e chame gget.module() diretamente.
Como o gget lida com limites de taxa?
O gget inclui limitação de taxa integrada. Para consultas de alto volume, considere adicionar delays entre as requisições.
Quais espécies são suportadas?
O gget suporta todas as espécies do Ensembl, incluindo humano, mouse, ratazana, mosca, verme, levedura e muitas outras.
Quão precisos são os resultados de enriquecimento?
O Enrichr fornece enriquecimento estatístico usando teste hipergeométrico. Ajuste os limiares de valor-p conforme as necessidades da sua análise.

Detalhes do Desenvolvedor

Licença

BSD-2-Clause license

Repositório

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/gget

Referência

main

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 database_info.md

📄 module_reference.md

📄 workflows.md

📁 scripts/

📄 batch_sequence_analysis.py

📄 enrichment_pipeline.py

📄 gene_analysis.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md