gget
Consultar bancos de dados genômicos para informações e sequências de genes
Auch verfügbar von: davila7
O gget oferece acesso unificado a mais de 20 bancos de dados genômicos através de uma interface simples de CLI ou Python. Consulte informações de genes, recupere sequências, realize buscas BLAST e execute análise de enriquecimento sem gerenciar múltiplas conexões de API.
Die Skill-ZIP herunterladen
In Claude hochladen
Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen
Einschalten und loslegen
Teste es
Verwendung von "gget". Pesquisar gene BRCA1 em humano
Erwartetes Ergebnis:
- Found: ENSG00000012048 (BRCA1)
- Description: BRCA1 DNA repair associated
- UniProt ID: P38398
- Chromosome: 17q21.31
- Biotype: protein coding
Verwendung von "gget". Obter expressão tecidual para ACE2
Erwartetes Ergebnis:
- Kidney: median expression 245.3
- Testis: median expression 189.7
- Small intestine: median expression 156.2
- Bladder: median expression 98.4
Sicherheitsaudit
SicherThis is legitimate bioinformatics software. All 614 static findings are false positives: markdown code fences were misidentified as Ruby shell execution, hardcoded URLs are public genomic databases (Ensembl, UniProt, NCBI), cryptographic patterns are data integrity checksums, and the critical heuristic is standard bioinformatics behavior (network queries to public APIs + local file operations for results).
Risikofaktoren
🌐 Netzwerkzugriff (2)
📁 Dateisystemzugriff (3)
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
Consultas rápidas de genes
Recuperar rapidamente informações, sequências e anotações de genes do Ensembl, UniProt e NCBI durante a exploração de pesquisa.
Análise de enriquecimento
Executar enriquecimento de ontologia gênica e vias metabólicas em listas de genes para identificar padrões biológicos e associações funcionais.
Comparação de sequências
Executar buscas BLAST e recuperar estruturas proteicas para tarefas de análise e comparação de sequências.
Probiere diese Prompts
Use gget para pesquisar o gene TP53 em humano e retorne seu ID Ensembl, descrição e ID UniProt.
Recupere as sequências de nucleotídeos e proteínas do gene Ensembl ENSG00000139618 em formato FASTA usando gget.
Execute uma busca BLAST usando gget para encontrar sequências similares a 'MSEQWKAVLFPLLLAAATSL...'. Use o banco de dados nr e retorne os 5 melhores resultados.
Execute gget enrichr na lista de genes ['TP53', 'BRCA1', 'MDM2', 'CDKN1A'] contra o banco de dados KEGG Pathways e mostre os 10 termos mais enriquecidos.
Bewährte Verfahren
- Mantenha o gget atualizado para acompanhar as mudanças nas estruturas dos bancos de dados
- Use a flag -csv para saída do CLI para simplificar a análise
- Limite consultas grandes para evitar erros de timeout do servidor
Vermeiden
- Executar milhares de consultas sem limitação de taxa
- Usar versões não lançadas de bancos de dados em fluxos de trabalho reproduzíveis
- Pular a validação de resultados quando a análise posterior depende da qualidade dos dados