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Seguro 📁 Acesso ao sistema de arquivos⚙️ Comandos externos

Analisar árvores filogenéticas com toolkit ETE

Também disponível em: davila7

O toolkit ETE simplifica a análise filogenética para pesquisas em biologia evolutiva. Processe dados de árvores, detecte eventos evolutivos e crie visualizações prontas para publicação.

Suporta: Claude Codex Code(CC)
🥈 77 Prata
1

Baixar o ZIP da skill

2

Upload no Claude

Vá em Configurações → Capacidades → Skills → Upload skill

3

Ative e comece a usar

Testar

A utilizar "etetoolkit". Carregar árvore e mostrar estatísticas básicas

Resultado esperado:

  • Árvore carregada com sucesso de 'example.nw'
  • Estatísticas básicas:
  • - Número de folhas: 25
  • - Total de nós: 49
  • - Profundidade da árvore: 8
  • - Comprimento total do ramo: 2.45
  • - Raiz: Node001
  • A árvore parece ser bifucada com boa resolução

A utilizar "etetoolkit". Encontrar ortólogos para gene humano

Resultado esperado:

  • Ortólogos de human_gene1:
  • - Rato: mouse_gene1a, mouse_gene1b
  • - Chimpanzé: chimpanzee_gene1
  • - Gorila: gorilla_gene1
  • - Orangotango: orangutan_gene1
  • Eventos de duplicação detectados: 2
  • Eventos de especiação detectados: 4

A utilizar "etetoolkit". Criar visualização circular

Resultado esperado:

  • Visualização de árvore criada: 'phylogeny_circular.pdf'
  • Layout: Modo circular (360 graus)
  • Coloração de folhas: Por grupo taxonômico
  • Destaque de suporte: Valores >0.9 em verde
  • Tamanho da imagem: 1200x1200 pixels, 300 DPI

Auditoria de Segurança

Seguro
v4 • 1/17/2026

The skill is a legitimate scientific bioinformatics tool. All 434 static findings are false positives. The 'Ruby/shell backtick' detections are markdown code block delimiters, not command execution. 'External commands' flagged are documentation examples for package installation. 'Weak cryptographic' findings are misidentified scientific function names. The Python scripts (tree_operations.py, quick_visualize.py) contain standard tree manipulation utilities with no security risks.

7
Arquivos analisados
3,454
Linhas analisadas
2
achados
4
Total de auditorias

Fatores de risco

📁 Acesso ao sistema de arquivos (1)
SKILL.md:379
⚙️ Comandos externos (2)
SKILL.md:371 SKILL.md:54-68
Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →

Pontuação de qualidade

68
Arquitetura
100
Manutenibilidade
87
Conteúdo
29
Comunidade
100
Segurança
78
Conformidade com especificações

O Que Você Pode Construir

Identificar ortólogos a partir de árvores de genes

Analisar árvores de genes para encontrar genes ortólogos entre espécies para estudos de genômica comparativa.

Visualizar relações filogenéticas

Criar figuras prontas para publicação mostrando relações evolutivas com estilo personalizado e anotações.

Processar conjuntos de dados de árvores programaticamente

Processar em lote centenas de árvores filogenéticas para análises evolutivas em larga escala.

Tente Estes Prompts

Carregar e explorar árvore 
Carregue a árvore filogenética de 'tree.nw' e exiba estatísticas básicas, incluindo número de folhas, nós totais e profundidade da árvore.
Encontrar ortólogos 
Analise esta árvore de genes para identificar ortólogos de 'human_gene1' e crie uma tabela mostrando genes ortólogos em cada espécie.
Criar visualização 
Crie uma visualização de árvore circular com nomes de espécies coloridos por grupo de taxonomia e valores de bootstrap >0.9 destacados em verde.
Processar árvores em lote 
Processe todos os arquivos .nw no diretório: faça o enraizamento midpoint de cada árvore, remova ramos com suporte <0.5 e salve como 'processed_[filename].nw'

Melhores Práticas

  • Use a classe PhyloTree para análise de árvores de genes com detecção de eventos evolutivos
  • Preserve os comprimentos dos ramos ao podar árvores para manter a precisão filogenética
  • Use formatos vetoriais (PDF/SVG) para figuras de publicação para garantir escalabilidade

Evitar

  • Usar Tree em vez de PhyloTree para análise de famílias de genes e evolução
  • Renderizar imagens rasterizadas para publicação em vez de formatos vetoriais
  • Carregar árvores grandes inteiramente na memória quando iteradores podem reduzir o uso de memória

Perguntas Frequentes

Quais formatos de arquivo o ETE suporta?
ETE suporta os formatos Newick, NHX, PhyloXML e NeXML para operações de entrada e saída de árvores.
Como instalo as dependências de visualização?
Instale o PyQt5: sudo apt-get install python3-pyqt5 no Ubuntu, ou brew install qt@5 no macOS.
Por que o download da taxonomia NCBI está demorando tanto?
O primeiro download é aproximadamente 300MB. O banco de dados é armazenado em cache localmente e é baixado apenas uma vez.
Como manipulo árvores muito grandes?
Use métodos iteradores como iter_leaves() em vez de get_leaves() para reduzir significativamente o consumo de memória.
Qual é a diferença entre as classes Tree e PhyloTree?
PhyloTree estende Tree com métodos para análise evolutiva, mapeamento de gene/espécie e detecção de eventos.
Como colorir ramos de árvores por valores de suporte?
Use NodeStyle com coloração condicional baseada em valores de node.support em uma função de layout personalizada.

Detalhes do Desenvolvedor

Licença

GPL-3.0 license

Repositório

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/etetoolkit

Referência

main

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 visualization.md

📄 workflows.md

📁 scripts/

📄 quick_visualize.py

📄 tree_operations.py

📄 SKILL.md