Habilidades cobrapy
🧬

cobrapy

Seguro ⚡ Contém scripts⚙️ Comandos externos🌐 Acesso à rede

Analisar modelos metabólicos com COBRApy

Também disponível em: davila7

A modelagem metabólica requer conhecimento especializado em métodos de reconstrução e análise baseados em restrições. O COBRApy fornece uma interface Python abrangente para análise de balance de fluxo, estudos de knock-out de genes e cálculos de envelopes de produção para pesquisa em biologia de sistemas.

Suporta: Claude Codex Code(CC)
📊 69 Adequado
1

Baixar o ZIP da skill

2

Upload no Claude

Vá em Configurações → Capacidades → Skills → Upload skill

3

Ative e comece a usar

Testar

A utilizar "cobrapy". Carregue o modelo de E. coli e execute análise de balance de fluxo

Resultado esperado:

  • Modelo: iJO1366 (E. coli)
  • Reações: 2.583 | Metabólitos: 1.805 | Genes: 1.398
  • Taxa de Crescimento Máxima: 0,982 /h
  • Absorção Ativa de Glicose: -8,0 mmol/gDW/h
  • Fluxos Principais:
  • - GLCptspp: -8,0 (transporte de glicose)
  • - PFK: 7,5 (fosfofrutoquinase)
  • - ATPM: 2,0 (hidrólise de manutenção de ATP)
  • - BIOMASS_Ecoli_core: 0,92 (síntese de biomassa)

Auditoria de Segurança

Seguro
v4 • 1/17/2026

All 160 static findings are FALSE POSITIVES. The skill consists only of markdown documentation files containing Python code examples for the COBRApy metabolic modeling library. The scanner misidentified Python parenthesized imports as dynamic import() expressions, markdown backticks as shell command execution, metabolic modeling terminology (blocked reactions, essential genes) as system reconnaissance, and .get_by_id() method calls as credential access patterns. No executable code, network requests, credential handling, or malicious behavior present.

4
Arquivos analisados
2,560
Linhas analisadas
3
achados
4
Total de auditorias

Fatores de risco

⚡ Contém scripts (4)
references/api_quick_reference.md:185-190 references/api_quick_reference.md:310-314 references/workflows.md:290-294 SKILL.md:125-130
⚙️ Comandos externos (4)
references/api_quick_reference.md:9-22 references/api_quick_reference.md:636-653 SKILL.md:22-35 SKILL.md:455-458
🌐 Acesso à rede (2)
references/api_quick_reference.md:655 SKILL.md:460
Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →

Pontuação de qualidade

41
Arquitetura
100
Manutenibilidade
83
Conteúdo
20
Comunidade
100
Segurança
83
Conformidade com especificações

O Que Você Pode Construir

Predizer essencialidade de genes

Identificar genes essenciais em E. coli e outros organismos usando simulações de knock-out de genes simples e duplos

Projetar cepas de produção

Calcular envelopes de produção e identificar alvos de genes para otimização da produção bioquímica

Analisar viabilidade de modelos

Validar modelos metabólicos, encontrar reações bloqueadas e realizar exploração abrangente do espaço de fluxos

Tente Estes Prompts

Carregamento Básico de Modelos 
Carregue o modelo metabólico de E. coli usando cobrapy, execute análise de balance de fluxo e relate a taxa de crescimento máxima e os principais fluxos metabólicos
Estudo de Knock-out de Genes 
Execute análise de deleção de genes simples no modelo de E. coli, identifique todos os genes essenciais (crescimento < 0,01) e exporte os resultados para um arquivo CSV
Otimização de Meio de Cultura 
Calcule o meio de crescimento mínimo para o modelo de E. coli que atinge 90% do crescimento máximo. Mostre quais nutrientes são necessários e suas taxas de absorção
Análise de Envelope de Produção 
Calcule o envelope de produção para acetato em E. coli. Varie a absorção de glicose de 0 a 20 mmol/gDW/h e determine os rendimentos máximo e mínimo de acetato em cada condição

Melhores Práticas

  • Sempre verifique o status da solução após otimização - 'optimal' indica resolução bem-sucedida, 'infeasible' indica problemas no modelo
  • Use gerenciadores de contexto (with model:) para modificações temporárias para reverter alterações automaticamente
  • Valide amostras de fluxo usando sampler.validate() para garantir estabilidade numérica antes da análise

Evitar

  • Não pule a verificação de viabilidade do modelo com slim_optimize() antes de executar análises completas
  • Evite modificar limites diretamente nas reações - use o padrão de gerenciador de contexto em vez disso
  • Não assuma que todas as reações terão fluxo - use FVA para identificar reações com intervalos de fluxo variáveis

Perguntas Frequentes

Quais resolvedores o COBRApy suporta?
O COBRApy suporta resolvedores GLPK (código aberto), CPLEX e Gurobi comercial via interface optlang.
Como instalo modelos metabólicos?
Use model = load_model('ecoli') para modelos de teste integrados, ou read_sbml_model() para carregar arquivos SBML de bancos de dados como BiGG ou ModelSEED.
Qual é a diferença entre FBA e FVA?
O FBA encontra uma distribuição de fluxo ótima, enquanto o FVA calcula o intervalo de fluxos possíveis para cada reação no crescimento ótimo.
Como identifico genes essenciais?
Use single_gene_deletion(model) que retorna taxas de crescimento para todos os knock-outs de genes. Genes com crescimento < 0,01 são tipicamente essenciais.
O COBRApy pode lidar com grandes modelos em escala genômica?
Sim, o COBRApy lida com modelos com milhares de reações. Para modelos grandes, considere usar slim_optimize() para verificações rápidas e FVA paralela com múltiplos processos.
Como salvo meus resultados de análise?
Use solution.fluxes.to_csv() para resultados de fluxo, e funções cobra.io como save_json_model() ou write_sbml_model() para salvar modelos modificados.

Detalhes do Desenvolvedor

Licença

GPL-2.0 license

Repositório

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/cobrapy

Referência

main

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 api_quick_reference.md

📄 workflows.md

📄 SKILL.md