Analise modelos metabólicos com COBRApy
Equipes de biologia de sistemas precisam de orientação confiável para análises com COBRApy, desde o carregamento de modelos até estudos de fluxo. Esta skill fornece fluxos de trabalho focados e padrões de API para Claude, Codex e Claude Code.
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جارٍ استخدام "cobrapy". Preciso encontrar genes essenciais em um modelo de E. coli.
النتيجة المتوقعة:
Um fluxo de trabalho estruturado para carregar o modelo, executar crescimento de linha de base, aplicar deleção de gene único, filtrar resultados de crescimento e interpretar essencialidade.
جارٍ استخدام "cobrapy". Meu modelo é viável, mas vários fluxos têm intervalos amplos.
النتيجة المتوقعة:
Um plano diagnóstico usando FVA, FVA sem loops, amostragem de fluxo e gráficos específicos por reação para explicar incerteza e vias alternativas.
جارٍ استخدام "cobrapy". Quero melhorar a produção de acetato preservando o crescimento.
النتيجة المتوقعة:
Um plano de análise de produção que cobre configuração do objetivo-alvo, restrições de crescimento mínimo, envelopes de produção, knockouts candidatos e interpretação dos resultados.
The static analyzer flagged 71 patterns, but review showed they are documentation false positives in Markdown. Python import statements, COBRApy object identifiers, code fences, and a public documentation URL do not execute commands, access secrets, or perform network activity. No semantic prompt injection or data-exfiltration intent was found.
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https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-cobrapy/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report[](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-cobrapy?utm_source=security_passport_badge)<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-cobrapy?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-cobrapy/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a><iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-cobrapy.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>K-Dense-AI. (2026). cobrapy security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-cobrapy/audits/7@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-cobrapy-2026,
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message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
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authors:
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description: "Skillstore immutable audit report identifier"
تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.
سبب تصدر هذا المتغير
k-dense-ai-cobrapy
2026-09-09
davila7-cobrapy
2026-09-09
Carregue um modelo, verifique a viabilidade, execute FBA e interprete saídas de crescimento e fluxo.
Avalie knockouts de genes ou reações e compare os efeitos no crescimento ou na formação de produto.
Transforme APIs centrais do COBRApy em exemplos claros para estrutura de modelos, restrições e validação.
Use a skill cobrapy para explicar como carregar o modelo textbook, inspecionar reações, metabólitos e genes, e verificar a viabilidade de crescimento.
Use a skill cobrapy para planejar análise de balanço de fluxo e análise de variabilidade de fluxo para meu modelo SBML. Inclua etapas de validação e saídas esperadas.
Use a skill cobrapy para projetar uma triagem de knockout de genes que identifique genes essenciais, genes neutros e efeitos no crescimento. Inclua limiares práticos.
Use a skill cobrapy para comparar envelopes de produção, restrições de meio, FVA e combinações de knockout para um metabólito-alvo. Explique os tradeoffs.
المؤلف
K-Dense-AIالترخيص
GPL-2.0 license
مراجعة Skillstore
r1
تنبيه الإصدار
لم يعلن المؤلف عن إصدار.
مرجع
b8ca75d2c0a7e7102978993058777d82b8ab2610
حداثة الصيانة
٢٥/٧/٢٠٢٦
الاستخدام
11 تنزيلات · 241 مشاهدات
بنية الملفات
Preparar Submissões para Veículos Acadêmicos
Submissões acadêmicas frequentemente falham porque as regras de formatação variam conforme o periódico ou a conferência. Esta skill fornece modelos, requisitos e exemplos para uma preparação mais rápida.
Preparar Documentos de Certificação ISO 13485
Equipes de dispositivos médicos devem criar documentação completa do QMS antes das auditorias de certificação. Esta skill fornece modelos, listas de verificação e orientação de análise de lacunas para prontidão em ISO 13485.
Analise conjuntos de dados de ML terapêutico com PyTDC
Equipes de descoberta de fármacos precisam de conjuntos de dados confiáveis e protocolos de avaliação justos. Esta skill ajuda Claude a usar PyTDC para dados de ML terapêutico curados, divisões de benchmark, métricas e oráculos moleculares.
Executar Docking Molecular com DiffDock
O docking proteína-ligante exige configuração cuidadosa, escolhas de parâmetros e interpretação dos resultados. Esta skill orienta fluxos de trabalho do DiffDock para poses, pontuações de confiança e triagem.
Gerar Hipóteses Científicas Testáveis
Pesquisadores precisam transformar observações em explicações claras e testáveis. Esta skill estrutura a revisão de evidências, hipóteses concorrentes, previsões e planos de experimentos.
Analise Dados de Pesquisa com Orientação Estatística
Escolher testes e relatar resultados pode ser lento e propenso a erros. Esta skill orienta a seleção de testes, pressupostos, tamanhos de efeito, análise de poder, opções bayesianas e relatórios em estilo APA.
Analise Interações entre Proteínas com o STRING
بواسطة davila7
A pesquisa de interações entre proteínas requer várias operações da API do STRING e escolhas cuidadosas de parâmetros. Esta skill mapeia identificadores, recupera redes, executa análises de enriquecimento e gera imagens de redes.
Analisar Vias do Reactome
بواسطة davila7
A análise de vias exige endpoints exatos do Reactome e formatos de dados válidos. Esta skill orienta Claude, Codex e Claude Code em consultas, enriquecimento e interpretação de resultados.
Analisar Arquivos de Dados Científicos
بواسطة davila7
Arquivos de dados científicos são difíceis de inspecionar porque cada formato armazena estruturas e metadados de maneira diferente. Esta habilidade detecta formatos, traça o perfil da qualidade dos dados e cria relatórios práticos de EDA em markdown.
Analisar RNA-Seq de Célula Única com Scanpy
بواسطة davila7
Fluxos de trabalho de RNA-seq de célula única exigem QC, normalização, agrupamento e documentação cuidadosos. Esta skill fornece fluxos de trabalho, scripts, modelos e referências do Scanpy para análises reproduzíveis.
Crie figuras científicas prontas para publicação em periódicos
بواسطة davila7
Figuras científicas frequentemente não passam nas verificações dos periódicos quanto a tamanho, resolução, cores e rótulos. Esta skill orienta Claude, Codex e Claude Code na criação de figuras acessíveis e prontas para publicação.
Processar dados JSON, YAML e TOML
بواسطة 0xDarkMatter
Dados de configuração estruturados podem ser difíceis de inspecionar em arquivos JSON, YAML e TOML. Esta skill orienta consultas jq e yq para extração, filtragem, conversão e atualizações.