Analise Modelos Metabólicos com COBRApy
Fluxos de trabalho de modelagem metabólica podem ser difíceis de montar a partir de exemplos dispersos de COBRApy. Esta skill oferece a Claude, Codex e Claude Code orientação focada para análises comuns.
Copie esta solicitação para o seu Agente. Ela inclui a página canônica do Skill e o manifesto.
Review the Skillstore skill "cobrapy" from https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-cobrapy/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.Seu Agente ainda deve apresentar o plano e solicitar qualquer confirmação exigida pela política de segurança.
Use estes links quando um agente de IA, crawler ou script precisar de contexto limpo em vez de ler a página completa.
Usando "cobrapy". Um usuário pergunta como executar FBA em um modelo de E. coli.
Resultado esperado:
A resposta descreve o carregamento do modelo, a otimização, as verificações de status, a interpretação do valor objetivo e a revisão da tabela de fluxos.
Usando "cobrapy". Um usuário pede orientação para desenho de linhagem de produção.
Resultado esperado:
Usando "cobrapy". Um usuário tem um modelo inviável.
Resultado esperado:
A resposta lista verificações para composição do meio, limites de reação, reações de troca, balanço de massa e status do solver.
All 71 static findings are false positives caused by Python imports, Markdown code fences, COBRA model identifiers, and a documentation link. No command execution, dynamic loading, credential access, system reconnaissance, prompt injection, or malicious intent was found.
Compartilhe o relatório de avaliação versionado, o badge neutro, o cartão incorporável e as citações. A Skillstore apresenta evidências sem decidir se este Skill é seguro.
https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report[](https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy?utm_source=security_passport_badge)<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-cobrapy/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a><iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-cobrapy.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>davila7. (2026). cobrapy security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy/audits/9@techreport{davila7-davila7-cobrapy-2026,
author = {davila7},
title = {cobrapy security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "cobrapy security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:davila7-cobrapy:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Cada autor permanece como um skill instalável separado. A variante recomendada é classificada pelas evidências do Skillstore.
Por que esta variante está em primeiro
k-dense-ai-cobrapy
2026-09-09
davila7-cobrapy
2026-09-09
Carregue um modelo em escala genômica, execute FBA e inspecione vias ativas para uma condição-alvo.
Compare envelopes de produção, knockouts e alterações de meio para um metabólito desejado.
Use exemplos concisos para explicar a estrutura do modelo, restrições de fluxo e etapas de validação.
Ajude-me a carregar um modelo COBRApy a partir de SBML, executar FBA e explicar o resultado de crescimento passo a passo.
Guie-me pela FVA para reações selecionadas, incluindo escolhas de fraction_of_optimum e como interpretar intervalos amplos.
Planeje um estudo de deleção de gene único para meu modelo. Inclua interpretação dos resultados, limiares de genes essenciais e verificações comuns de validação.
Crie um fluxo de trabalho COBRApy avançado para produção de metabólito-alvo. Inclua restrições de meio, envelopes de produção, ranqueamento de knockouts e FVA sem loops.
Autor
davila7Licença
MIT
Revisão da Skillstore
r2
Aviso de versão
O autor não declarou uma versão.
Repositório
https://github.com/davila7/claude-code-templates/tree/main/cli-tool/components/skills/scientific/cobrapyReferência
c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f
Atualidade da manutenção
29/07/2026
Uso
5 downloads · 207 visualizações
Estrutura de arquivos
Criar Pôsteres de Pesquisa em LaTeX
Pôsteres de pesquisa são difíceis de formatar e revisar para impressão em LaTeX. Esta skill fornece modelos, orientações de layout e verificações de PDF para pôsteres prontos para conferências.
Crie Conteúdo de Marketing Pronto para SEO
Equipes de marketing precisam de conteúdo claro que corresponda à voz da marca e aos objetivos de busca. Esta skill fornece modelos, scripts de análise e orientações de plataforma para uma produção de conteúdo repetível.
Crie Planos Estruturados de Tratamento Médico
Os planos de tratamento clínico muitas vezes se tornam inconsistentes, extensos ou difíceis de revisar. Esta skill fornece modelos objetivos, metas mensuráveis, cronogramas e verificações locais de qualidade.
Criar relatórios clínicos estruturados
Equipes clínicas precisam de relatórios claros que sigam normas médicas e regulatórias. Esta skill fornece modelos, checklists e orientações de validação para relatos de caso, diagnósticos, ensaios e notas de pacientes.
Analisar Arquivos de Dados Científicos
Arquivos de dados científicos são difíceis de inspecionar porque cada formato armazena estruturas e metadados de maneira diferente. Esta habilidade detecta formatos, traça o perfil da qualidade dos dados e cria relatórios práticos de EDA em markdown.
Execute fluxos de trabalho de docking molecular com o DiffDock
A configuração do docking molecular costuma falhar porque é difícil alinhar as entradas, os parâmetros e os escores de confiança. Esta skill orienta os fluxos de trabalho do DiffDock desde a preparação até a análise dos resultados.
Analisar Vias do Reactome
por K-Dense-AI
Pesquisadores de vias precisam de acesso rápido aos dados do Reactome e aos resultados de enriquecimento. Esta skill orienta consultas de API, análise de genes e interpretação de resultados.
Processar dados JSON, YAML e TOML
por 0xDarkMatter
Dados de configuração estruturados podem ser difíceis de inspecionar em arquivos JSON, YAML e TOML. Esta skill orienta consultas jq e yq para extração, filtragem, conversão e atualizações.
Analise conjuntos de dados de ML terapêutico com PyTDC
por K-Dense-AI
Equipes de descoberta de fármacos precisam de conjuntos de dados confiáveis e protocolos de avaliação justos. Esta skill ajuda Claude a usar PyTDC para dados de ML terapêutico curados, divisões de benchmark, métricas e oráculos moleculares.
Elaborar Declarações de Disponibilidade de Dados da Nature
por Yuan1z0825
Autores de pesquisa muitas vezes precisam de uma redação precisa sobre disponibilidade de dados antes da submissão. Esta skill ajuda a elaborar declarações, mapear conjuntos de dados para rotas de acesso e verificar metadados FAIR.
Conceba Experiências de Email Fiáveis
por aaron-he-zhu
Os testes de email produzem frequentemente conclusões fracas porque os desenhos têm baixo poder estatístico ou alteram várias variáveis. Esta skill cria planos rigorosos e interpreta os resultados tendo em conta a incerteza.
Projetar Experimentos e Modelos de Ciência de Dados
por alirezarezvani
Projetos de ciência de dados frequentemente falham quando experimentos, atributos e modelos não têm uma estrutura estatística clara. Esta habilidade oferece ao Claude, Codex e Claude Code fluxos de trabalho guiados para experimentação, engenharia de atributos e revisão de modelos.