Habilidades biorxiv-database
🧬

biorxiv-database

Seguro 🌐 Acesso à rede📁 Acesso ao sistema de arquivos

Pesquisar preprints do bioRxiv por palavras-chave, autores e datas

Também disponível em: davila7

Pesquisadores perdem horas pesquisando manualmente o bioRxiv por preprints relevantes. Esta skill automatiza a descoberta de literatura com filtragem precisa por palavras-chave, autores, intervalos de datas e categorias científicas.

Suporta: Claude Codex Code(CC)
🥉 76 Bronze
1

Baixar o ZIP da skill

2

Upload no Claude

Vá em Configurações → Capacidades → Skills → Upload skill

3

Ative e comece a usar

Testar

A utilizar "biorxiv-database". Search for COVID-19 vaccine papers from 2021

Resultado esperado:

  • Encontrados 342 artigos correspondentes aos seus critérios
  • Principal resultado: 'mRNA vaccine efficacy against variants' por Smith et al.
  • DOI: 10.1101/2021.03.15.123456
  • Publicado: 15 de março de 2021
  • Resumo: Analisamos a eficácia das vacinas...
  • PDF disponível para download

A utilizar "biorxiv-database". Find neuroscience papers by author 'Yong' from 2024

Resultado esperado:

  • Encontrados 8 artigos
  • Recente: 'Neural circuit mapping in vivo' por Yong et al.
  • Data: 2024-08-20
  • Categoria: neurociência
  • PDF pronto para download

Auditoria de Segurança

Seguro
v4 • 1/17/2026

The static analyzer flagged 248 issues, but all are false positives. Markdown documentation backticks were misidentified as shell command execution. The Python script is a straightforward bioRxiv API client that makes legitimate requests to https://api.biorxiv.org, saves results to files, and optionally supports API key authentication. No malicious intent, data exfiltration, or suspicious behavior patterns found.

4
Arquivos analisados
1,425
Linhas analisadas
2
achados
4
Total de auditorias

Fatores de risco

🌐 Acesso à rede (1)
scripts/biorxiv_search.py:23
📁 Acesso ao sistema de arquivos (1)
scripts/biorxiv_search.py:255
Auditado por: claude Ver Histórico de Auditoria →

Pontuação de qualidade

64
Arquitetura
100
Manutenibilidade
87
Conteúdo
21
Comunidade
100
Segurança
91
Conformidade com especificações

O Que Você Pode Construir

Revisão de literatura para tese

Pesquise preprints recentes na sua área, baixe artigos relevantes e acompanhe citações para revisões de literatura abrangentes.

Monitorar pesquisa de concorrentes

Acompanhe publicações de autores ou laboratórios específicos para se manter atualizado sobre pesquisas concorrentes na sua área.

Análise de tendências em ciências da vida

Analise padrões de publicação ao longo do tempo para identificar tendências emergentes de pesquisa e áreas em destaque.

Tente Estes Prompts

Busca básica por palavras-chave 
Search bioRxiv for preprints about CRISPR gene editing published in the last 30 days and save results to crispr_recent.json
Acompanhamento de autores 
Find all preprints by author 'Zhang F' from 2023-2024 and download the PDFs
Filtragem por categoria 
Search for machine learning papers in the neuroscience category from the last 6 months, include abstracts
Revisão sistemática 
Search bioRxiv for papers matching keywords: 'single-cell RNA-seq', 'spatial transcriptomics', 'multi-omics' published between 2022-2024, filter by bioinformatics category, and export complete metadata

Melhores Práticas

  • Use filtros de categoria para restringir resultados e melhorar a precisão da busca
  • Implemente cache para evitar chamadas repetidas à API para as mesmas consultas
  • Respeite os limites de taxa adicionando atrasos entre operações em lote

Evitar

  • Evite buscar sem intervalos de datas - isso retorna resultados excessivos
  • Não faça requisições concorrentes - isso viola os limites de taxa do bioRxiv
  • Nunca codifique DOIs diretamente em scripts - use sempre os resultados de busca de forma dinâmica

Perguntas Frequentes

Isso pesquisa preprints do medRxiv também?
Não, esta skill só pesquisa o bioRxiv para preprints de ciências da vida. O medRxiv exige acesso separado à API.
Quantos artigos posso baixar de uma vez?
A API retorna até 100 artigos por busca. Baixe PDFs um por vez com atrasos de 0,5s entre as requisições.
Posso pesquisar o conteúdo em texto completo?
As buscas só analisam títulos, resumos e nomes de autores. A busca em texto completo exige baixar os PDFs separadamente.
Quais formatos de data são aceitos?
Use o formato YYYY-MM-DD (ex.: 2024-01-15). Você também pode usar --days-back para datas relativas.
Artigos publicados estão incluídos?
Os resultados incluem todos os preprints do bioRxiv independentemente do status de publicação. Verifique o campo 'published' para informações do periódico.
Como cito artigos encontrados por esta ferramenta?
Cada resultado inclui DOI, autores, título e data. Use o DOI para gerar citações adequadas no seu gerenciador de referências.

Detalhes do Desenvolvedor

Licença

MIT

Repositório

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/biorxiv-database

Referência

main

Estrutura de arquivos

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 biorxiv_search.py

📄 SKILL.md