zinc-database
ZINC 데이터베이스에서 화합물 검색
Également disponible depuis: davila7
ZINC 데이터베이스는 약물 발견 연구를 위한 230M+ 구매 가능한 화합물을 포함하고 있습니다. 이 기술은 ZINC ID, SMILES 또는 공급자 코드로 검색하고, 3D 구조를 검색하며, 가상 스크리닝 및 분자 도킹 연구를 위한 유사성 검색을 프로그래밍 방식으로 수행할 수 있습니다.
Télécharger le ZIP du skill
Importer dans Claude
Allez dans Paramètres → Capacités → Skills → Importer un skill
Activez et commencez à utiliser
Tester
Utilisation de "zinc-database". ZINC000000000001을 검색하고 거리 3의 유사 화합물을 찾아줘
Résultat attendu:
- ZINC ID: ZINC000000000001
- SMILES: [표시된 구조]
- 공급처: [카탈로그]
- 유사 화합물 발견: 142개
- 상위 매치: ZINC000000000002, ZINC000000000003, ...
Utilisation de "zinc-database". 분자량 250-350인 100개의 랜덤 리드 유사 화합물을 가져와줘
Résultat attendu:
- ZINC22에서 100개 화합물 검색됨
- 특성 범위: 분자량 250-350, 리드 유사 하위 집합
- 트랜치 코드: H##P###M### 형식
- 각 항목은 ZINC ID, SMILES, 공급자 정보를 포함함
Audit de sécurité
SûrAll 389 static findings are false positives. The skill is legitimate scientific documentation for accessing the public ZINC database maintained by UCSF. subprocess.run calls use array syntax with hardcoded ZINC API endpoints. C2 keyword flags are common programming terms (command, control, execute) used in legitimate documentation context. The scanner misinterpreted cheminformatics terminology (MD5/SHA checksums) and DOCK database format files (.db2) as security concerns. No malicious behavior patterns detected.
Facteurs de risque
🌐 Accès réseau (2)
⚙️ Commandes externes (1)
Score de qualité
Ce que vous pouvez construire
도킹 라이브러리 구축
ZINC에서 의약품 유사 화합물을 조회하고 3D 구조를 다운로드하여 DOCK6 또는 AutoDock Vina 스크리닝을 위한 라이브러리를 준비합니다.
유사 화합물 발견
SMILES 유사성으로 검색하여 구조-활성 관계 연구를 위한 알려진 활성 화합물의 구매 가능한 유사체를 발견합니다.
가상 스크리닝 설정
분자량, LogP 또는 수소결합 도너 수로 필터링된 초기 가상 스크리닝 캠페인을 위한 랜덤 화합물 세트를 생성합니다.
Essayez ces prompts
ZINC000000000001 화합물을 검색하고 SMILES, 공급자 코드, 카탈로그를 표시해줘.
이부프로펜(CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O)과 거리 3의 Tanimoto 유사성을 가진 화합물을 찾아줘. ZINC ID, SMILES, 사용 가능한 카탈로그를 반환해줘.
ZINC22에서 분자량 350-500인 1000개의 랜덤 의약품 유사 화합물 목록을 생성해줘. ZINC ID, SMILES, 트랜치 코드를 표시해줘.
SMILES CCCc1ccc(cc1)C(C)N을 가진 히트 화합물의 50개 리드 유사체(분자량 250-350)를 찾아줘. 공급자 코드가 포함된 구매 가능한 옵션을 반환해줘.
Bonnes pratiques
- 정확한 SMILES 일치 항목을 먼저 사용한 다음 거리 매개변수를 사용한 유사성 검색으로 확장
- 응답 크기를 줄이고 성능을 개선하기 위해 필요한 데이터만 출력 필드로 제한
- 반복적인 API 호출을 줄이기 위해 자주 접근하는 화합물 데이터를 로컬에 캐시
Éviter
- 지연 없이 빠른 연속 요청 - 서버 속도 제한을 존중해야 함
- 필요한 것보다 많은 출력 필드를 요청하는 경우
- 트랜치 속성 파싱 건너뛰기 - 분자량, LogP, 수소결합 도너 수는 필터링에 유용함
Foire aux questions
ZINC 데이터베이스란 무엇입니까?
API 키가 필요합니까?
어떤 파일 형식을 사용할 수 있습니까?
3D 구조를 어떻게 다운로드합니까?
트랜치란 무엇입니까?
상업적 연구에 사용할 수 있습니까?
Détails du développeur
Auteur
K-Dense-AILicence
MIT
Dépôt
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/zinc-databaseRéf
main
Structure de fichiers