Compétences uniprot-database
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uniprot-database

Sûr 🌐 Accès réseau📁 Accès au système de fichiers

REST API를 통해 UniProt 단백질 데이터베이스 검색

Également disponible depuis: davila7

단백질 데이터베이스를 검색하고, 서열을 검색하며, 생물학적 데이터베이스 간 식별자를 매핑합니다. 이 스킬은 포괄적인 단백질 서열 및 기능 정보 리소스인 UniProt에 대한 직접적인 액세스를 제공합니다.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)
🥈 77 Argent
1

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2

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3

Activez et commencez à utiliser

Tester

Utilisation de "uniprot-database". 인간 헤모글로빈 단백질 검색

Résultat attendu:

  • 검토된 인간 헤모글로빈 항목 3개 발견:
  • - P69905 - 헤모글로빈 서브유닛 알파 (HBA1) - 142 aa
  • - P68871 - 헤모글로빈 서브유닛 베타 (HBB) - 147 aa
  • - P02100 - 헤모글로빈 서브유닛 엡실론 (HBE1) - 147 aa

Utilisation de "uniprot-database". BRCA1 단백질 서열 얻기

Résultat attendu:

  • P38398 - 유방암 유형 1 감수성 단백질 (BRCA1)
  • 유기체: Homo sapiens (인간)
  • 길이: 1863 아미노산
  • 하류 분석을 위해 FASTA 형식으로 검색됨

Utilisation de "uniprot-database". UniProt를 RefSeq로 매핑

Résultat attendu:

  • UniProt 접근 번호 2개를 RefSeq 단백질 ID로 매핑:
  • P01308 -> NP_000198.1
  • P04637 -> NP_000537.3

Audit de sécurité

Sûr
v4 • 1/17/2026

Legitimate bioinformatics skill providing access to UniProt, the trusted public protein database. All 616 static findings are false positives. The scanner misinterpreted markdown code block delimiters as shell commands and flagged standard HTTP requests to rest.uniprot.org as network activity. No malicious patterns, data exfiltration, or security threats exist in the codebase.

8
Fichiers analysés
7,974
Lignes analysées
2
résultats
4
Total des audits

Facteurs de risque

🌐 Accès réseau (6)
scripts/uniprot_client.py:31 scripts/uniprot_client.py:61 scripts/uniprot_client.py:83 references/api_examples.md:12 references/api_examples.md:32 SKILL.md:54
📁 Accès au système de fichiers (2)
references/api_examples.md:105 references/api_examples.md:395
Audité par: claude Voir l’historique des audits →

Score de qualité

68
Architecture
100
Maintenabilité
85
Contenu
21
Communauté
100
Sécurité
91
Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

단백질 서열 검색

하류 분석을 위해 유전자 이름 또는 접근 번호로 단백질 서열 조회

데이터베이스 식별자 매핑

UniProt, PDB, RefSeq, Ensembl 형식 간에 단백질 식별자 변환

단백질 주석 탐색

교육을 위해 GO 용어, 기능 설명 및 도메인 정보에 접근

Essayez ces prompts

기본 단백질 검색 
UniProt에서 인간 인슐린 단백질을 찾아 접근 번호와 서열을 FASTA 형식으로 반환
유전자별 쿼리 
검토된 인간 BRCA1 단백질을 검색하고 유전자 이름, 유기체, 길이 표시
ID 매핑 
이 UniProt 접근 번호 P01308와 P04637을 해당 PDB 항목으로 매핑
복잡한 쿼리 
PDB 구조를 가진 키나제 활성도가 있는 모든 검토된 인간 막 단백질 찾기

Bonnes pratiques

  • 데이터 품질을 보장하려면 Swiss-Prot 항목에 reviewed:true 필터 사용
  • 대역폭과 처리 시간 줄이기 위해 필요한 필드만 요청
  • API 속도 제한을 존중하기 위해 배치 요청 사이에 지연 구현

Éviter

  • 대규모 쿼리에 모든 필드를 요청하지 마세요; 필요한 필드만 지정
  • 속도 제한을 무시하지 마세요; 배치 작업에 적절한 지연 구현
  • 큐레이션 차이를 이해하지 않고 Swiss-Prot와 TrEMBL을 혼합하지 마세요

Foire aux questions

UniProt란 무엇입니까?
UniProt는 유럽생물정보학연구소에서 유지 관리하는 주요 포괄적인 단백질 서열 및 기능 정보 데이터베이스입니다.
어떤 형식이 지원됨니까?
FASTA, JSON, TSV, XML, Excel, RDF, TXT, GFF 형식이 다양한 사용 사례에 따라 지원됩니다.
Swiss-Prot와 TrEMBL의 차이점은 무엇입니까?
Swiss-Prot 항목은 수동으로 큐레이션되고 검토됩니다; TrEMBL 항목은 계산적으로 예측된 주석입니다.
한 번에 얼마나 많은 단백질을 검색할 수 있습니까?
검색 쿼리는 요청당 최대 500개의 결과를 반환합니다; 더 큰 데이터 세트의 경우 스트리밍이나 페이지 매김을 사용하세요.
ID 매핑 결과는 얼마나 오래 제공됩니까?
ID 매핑 작업 결과는 7일 동안 저장된 후 자동으로 삭제됩니다.
API 키가 필요합니까?
기본 UniProt API 사용에는 API 키가 필요하지 않습니다; 이 서비스는 학술 및 상업적 사용에 무료입니다.

Détails du développeur

Auteur

K-Dense-AI

Licence

MIT

Dépôt

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/uniprot-database

Réf

main

Structure de fichiers

📁 references/

📄 api_examples.md

📄 api_fields.md

📄 id_mapping_databases.md

📄 query_syntax.md

📁 scripts/

📄 uniprot_client.py

📄 EVALUATION_OUTPUT.json

📄 SKILL.md