Fähigkeiten pyopenms
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pyopenms

Sicher ⚡ Enthält Skripte🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff🔑 Umgebungsvariablen⚙️ Externe Befehle

질량분석 데이터 분석

Auch verfügbar von: davila7

포괄적인 질량분석 도구로 단백질체학과 대사체학 데이터를 처리합니다. 이 스킬은 파일 형식 처리, 스펙트럼 처리, 피처 탐지, 펩타이드 식별 워크플로우를 위한 OpenMS 알고리즘에 대한 액세스를 제공합니다.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
📊 71 Angemessen
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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "pyopenms". mzML 파일을 로드하고 첫 번째 스펙트럼을 보여주세요

Erwartetes Ergebnis:

  • 데이터를 저장하기 위해 MSExperiment를 사용하고 로드하기 위해 MzMLFile 사용
  • 반복 또는 getSpectrum(index) 메서드를 통해 스펙트럼에 액세스
  • numpy 배열을 반환하는 get_peaks()로 m/z 및 강도 값 추출
  • getMSLevel() 및 getRT()로 MS 수준 및 유지 시간과 같은 메타데이터 가져오기

Verwendung von "pyopenms". 스펙트럼에 신호 처리를 적용하려면 어떻게 해야 합니까?

Erwartetes Ergebnis:

  • 스무딩을 위해 GaussFilter 또는 SavitzkyGolayFilter 사용
  • getParameters() 및 setValue()로 매개변수 설정
  • filterExperiment() 메서드로 적용
  • 처리 전에 LinearNormalizer로 정규화 고려

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

This skill contains only markdown documentation files with Python code examples. The static analyzer incorrectly flagged markdown syntax patterns as security threats. All 295 static findings are false positives. No executable code exists in this skill.

8
Gescannte Dateien
4,192
Analysierte Zeilen
5
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

⚡ Enthält Skripte
Keine spezifischen Standorte aufgezeichnet
🌐 Netzwerkzugriff (1)
SKILL.md:203-205
📁 Dateisystemzugriff
Keine spezifischen Standorte aufgezeichnet
🔑 Umgebungsvariablen
Keine spezifischen Standorte aufgezeichnet
⚙️ Externe Befehle (7)
SKILL.md:19-214 references/data_structures.md:13-497 references/feature_detection.md:22-410 references/file_io.md:39-349 references/identification.md:23-422 references/metabolomics.md:11-482 references/signal_processing.md:11-433
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

45
Architektur
100
Wartbarkeit
85
Inhalt
20
Community
100
Sicherheit
91
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

정량 단백질체학

여러 샘플에 걸쳐 단백질을 식별하고 정량화하기 위해 LC-MS/MS 데이터셋 처리

파이프라인 개발

Python으로 자동화된 질량분석 데이터 처리 파이프라인 구축

대사물 분석

비타겟 대사체학 전처리 및 피처 주석 수행

Probiere diese Prompts

기본 파일 로딩 
pyopenms를 사용하여 mzML 파일을 로드하고 스펙트럼과 크로마토그램에 액세스하려면 어떻게 해야 합니까?
피처 탐지 
pyopenms에서 FeatureFinder를 사용하여 중심화된 질량분석 데이터에서 피처를 탐지하는 방법을 보여주세요.
펩타이드 식별 
pyopenms에서 idXML 파일에서 식별 결과를 로드하고 FDR 필터링을 적용하려면 어떻게 해야 합니까?
고급 워크플로우 
mzML 데이터를 로드하고, 스펙트럼을 처리하고, 피처를 탐지하고, 결과를 pandas DataFrame으로 내보내는 완전한 pyopenms 워크플로우를 생성하세요.

Bewährte Verfahren

  • 대용량 파일의 경우 IndexedMzMLFileLoader를 사용하여 전체 데이터셋을 메모리에 로드하지 않음
  • 피처 탐지 전에 적절한 신호 처리(스무딩, 필터링) 적용
  • 데이터 로드 전 os.path.exists()로 파일 존재성 검증

Vermeiden

  • 스트리밍이나 인덱스된 액세스 없이 매우 큰 mzML 파일을 전체를 메모리에 로드
  • 다운스트림 분석 전에 품질 관리 단계 건너뛰기
  • 데이터 해석에 영향을 줄 수 있는 기기 메타데이터 무시

Häufig gestellte Fragen

pyopenms는 어떤 파일 형식을 지원합니까?
mzML, mzXML, mzData, idXML, mzIdentML, pepXML, protXML, featureXML, consensusXML, mzTab, FASTA 및 TraML.
pyopenms를 어떻게 설치합니까?
uv 사용: uv pip install pyopenms. Python 3.8 이상이 필요하며 C++ 종속성 요구사항이 있습니다.
OpenMS 없이 pyopenms를 실행할 수 있습니까?
아니요, pyopenms는 OpenMS C++ 라이브러리를 위한 Python 래퍼로, 시스템에서 사용 가능해야 합니다.
pyopenms에 검색 엔진이 포함되어 있습니까?
아니요, pyopenms는 검색 엔진과 통합되지만 별도로 설치해야 합니다 (Comet, Mascot, MSGFPlus 등).
데이터를 pandas로 내보내려면 어떻게 해야 합니까?
FeatureMap, ConsensusMap 또는 기타 데이터 컨테이너에서 get_df() 메서드를 사용하여 DataFrame으로 직접 내보내세요.
pyopenms와 matchms의 차이점은 무엇입니까?
pyopenms는 단백질체학 워크플로우에 포괄적입니다. 간단한 스펙트럼 비교 및 대사물 식별을 위해 matchms를 사용하세요.

Entwicklerdetails

Lizenz

3 clause BSD license

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pyopenms

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 data_structures.md

📄 feature_detection.md

📄 file_io.md

📄 identification.md

📄 metabolomics.md

📄 signal_processing.md

📄 SKILL.md