omero-integration
Python으로 OMERO 현미경 데이터 접근하기
또한 다음에서 사용할 수 있습니다: davila7
이 스킬은 OMERO(현미경 및 고콘텐츠 스크리닝을 위한 과학적 이미지 관리 플랫폼)에 Python API 접근을 제공합니다. OMERO 서버에 연결하고, 이미지를 검색하며, 픽셀 데이터를 분석하고, 프로그래밍 방식으로 주석을 관리할 수 있습니다.
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테스트해 보기
"omero-integration" 사용 중입니다. OMERO에 연결하고 모든 프로젝트를 나열하려면 어떻게 해야 합니까?
예상 결과:
- "- "BlitzGateway와 컨텍스트 매니저를 사용하여 자동 정리
- - conn.connect()를 호출하여 연결 수립
- - conn.listProjects()를 사용하여 모든 프로젝트 검색
- - project.getName()으로 프로젝트 이름 접근
"omero-integration" 사용 중입니다. OMERO에서 NumPy 배열로 이미지 생성
예상 결과:
- - conn.createImageFromNumpySeq() 메서드 사용
- - NumPy 배열의 생성자 또는 목록 전달
- - size_z, size_c, size_t 차원 지정
- - 선택적으로 데이터셋 객체를 전달하여 데이터셋에 연결
보안 감사
낮은 위험Documentation-only skill for OMERO scientific imaging platform. All 655 static findings are false positives. Scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, random number generation as weak crypto, and legitimate API calls as reconnaissance.
위험 요인
⚙️ 외부 명령어
📁 파일 시스템 액세스
🔑 환경 변수
🌐 네트워크 접근
품질 점수
만들 수 있는 것
대규모 이미지 데이터셋 관리
분석 및 보고를 위해 OMERO 리포지토리에서 수천 개의 현미경 이미지를 조직화하고 검색합니다.
자동화된 이미지 분석 파이프라인
시간 계열 이미지에서 픽셀 데이터를 추출하고 측정 결과를 OMERO에 직접 저장합니다.
고콘텐츠 스크리닝 워크플로우
플레이트 기반 스크리닝 데이터를 처리하고 실험 조건에 걸친 결과를 추적합니다.
이 프롬프트를 사용해 보세요
자격 증명에 환경 변수를 사용하여 BlitzGateway로 OMERO 서버에 연결하는 방법을 보여주세요.
특정 OMERO 데이터셋의 모든 이미지를 나열하고 픽셀 크기를 가져오는 Python 코드를 작성하세요.
OMERO 이미지의 원시 픽셀 데이터를 NumPy 배열로 접근하고 강도 통계를 계산하는 방법은 무엇입니까?
이미지에 직사각형 ROI를 생성하고, 해당 영역 내의 픽셀 강도를 추출하며, 결과를 OMERO 테이블에 저장하는 방법을 보여주세요.
모범 사례
- 자동 연결 정리를 위해 컨텍스트 매니저(BlitzGateway) 사용
- 자격 증명은 환경 변수에 저장하고 하드코딩하지 않음
- 암호화된 프로덕션 연결에 secure=True 파라미터 사용
- 완료 후 연결을 닫아 서버 리소스 확보
피하기
- 소스 코드에 자격 증명 직접 하드코딩
- 컨텍스트 매니저나 명시적 close() 없이 연결을 열어둠
- 페이지네이션이나 스트리밍 없이 대규모 데이터셋 처리
자주 묻는 질문
OMERO란 무엇입니까?
OMERO 서버가 필요합니까?
어떤 프로그래밍 언어가 사용됩니까?
대규모 이미지 데이터셋을 처리할 수 있습니까?
자격 증명은 어떻게 처리됩니까?
어떤 이미지 형식이 지원됩니까?
개발자 세부 정보
작성자
K-Dense-AI라이선스
MIT
리포지토리
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/omero-integration참조
main
파일 구조