Fähigkeiten flowio
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flowio

Sicher ⚙️ Externe Befehle🌐 Netzwerkzugriff⚡ Enthält Skripte

FCS 유세포 분석 파일 읽기 및 쓰기

Auch verfügbar von: davila7

유세포 분석 데이터는 전문적인 파일 처리가 필요합니다. FlowIO는 FCS 파일을 파싱하고 이벤트 데이터를 NumPy 배열로 추출하며, 후속 분석 파이프라인을 위해 CSV 형식으로 변환할 수 있게 합니다.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
📊 69 Angemessen
1

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2

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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "flowio". Read my flow cytometry file and show the channel information

Erwartetes Ergebnis:

  • File: sample.fcs (245 KB)
  • FCS Version: 3.1
  • Events: 10,234
  • Channels: 8
  • Channel [0] FSC-A | Forward Scatter | scatter
  • Channel [1] SSC-A | Side Scatter | scatter
  • Channel [2] FL1-A | FITC | fluoro
  • Channel [3] FL2-A | PE | fluoro
  • Time channel: Index 7

Verwendung von "flowio". Convert this FCS file to CSV format

Erwartetes Ergebnis:

  • Loaded sample.fcs with 15,000 events and 12 channels
  • Converted event data to Pandas DataFrame
  • Exported to sample.csv (2.3 MB)
  • Columns: FSC-A, SSC-A, FL1-A, FL2-A, FL3-A, FL4-A, FL5-A, Time

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 177 static findings are false positives. The scanner misidentified markdown documentation artifacts and legitimate scientific terminology as security issues. Shell command patterns are installation instructions in code blocks. 'Weak cryptographic algorithm' detections refer to 'PnE' (Parameter n Exponential), a legitimate flow cytometry data format term for amplification exponents. No actual executable code or malicious patterns exist in this skill.

3
Gescannte Dateien
1,962
Analysierte Zeilen
3
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

⚙️ Externe Befehle (2)
references/api_reference.md:9-11 SKILL.md:31-33
🌐 Netzwerkzugriff (1)
skill-report.json:6
⚡ Enthält Skripte (1)
SKILL.md:350-355
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

41
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
21
Community
100
Sicherheit
78
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

유세포 분석 데이터 전처리

FCS 파일에서 이벤트를 추출하고 보정 및 게이팅 도구를 사용하는 분석 파이프라인을 위한 데이터를 준비합니다.

실험 파일 검사

전문 소프트웨어 없이 유세포 분석 실험의 채널 수, 이벤트 수, 메타데이터를 빠르게 확인합니다.

CSV로 일괄 변환

FCS 파일 디렉터리를 처리하고 머신러닝 워크플로를 위해 CSV 형식으로 내보냅니다.

Probiere diese Prompts

기본 파일 읽기 
Use FlowIO to read experiment.fcs and show the version, event count, and channel names.
이벤트 데이터 추출 
Load sample.fcs using FlowIO and extract the event data as a NumPy array with preprocessing applied.
FCS 파일 생성 
Create a new FCS file named output.fcs from a NumPy array with 1000 events and 5 channels named FSC-A, SSC-A, FL1-A, FL2-A, Time.
일괄 변환 
Find all .fcs files in data/ directory, read each one, and export the event data to CSV files with the same basename.

Bewährte Verfahren

  • 메타데이터만 필요할 때 메모리를 절약하기 위해 only_text=True 파라미터를 사용하세요
  • 파싱 오류를 우아하게 처리하기 위해 파일 작업을 try-except 블록으로 감싸세요
  • 오프셋 불일치가 있는 파일에는 ignore_offset_discrepancy=True를 사용하세요

Vermeiden

  • FlowData 객체에서 이벤트 데이터를 직접 수정하려고 하지 마세요
  • 다중 데이터셋 파일에 FlowData 생성자를 사용하지 마세요 - read_multiple_data_sets()를 사용하세요
  • 전처리가 항상 필요한 것으로 가정하지 마세요 - preprocess 파라미터를 명시적으로 설정하세요

Häufig gestellte Fragen

지원되는 FCS 버전은 무엇인가요?
FlowIO는 읽기와 쓰기 모두에서 FCS 버전 2.0, 3.0, 3.1을 지원합니다.
메타데이터만 추출하려면 어떻게 하나요?
DATA 세그먼트 파싱을 건너뛰고 메모리를 절약하려면 FlowData 생성자에 only_text=True를 전달하세요.
이벤트 데이터를 수정할 수 있나요?
FlowIO는 직접 수정을 지원하지 않습니다. as_array()로 데이터를 추출해 수정한 뒤 create_fcs()로 저장하세요.
다중 데이터셋 파일은 어떻게 처리하나요?
모든 데이터셋을 리스트로 가져오려면 FlowData 생성자 대신 read_multiple_data_sets() 함수를 사용하세요.
어떤 전처리가 적용되나요?
기본적으로 FlowIO는 gain scaling, PnE 값을 사용한 로그 변환, 시간 스케일링을 적용합니다.
다른 도구와 통합할 수 있나요?
네, 보정/게이팅을 위해 FlowKit과 결합하거나 분석을 위해 Pandas DataFrame으로 내보낼 수 있습니다.

Entwicklerdetails

Lizenz

BSD-3-Clause license

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/flowio

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

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