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ETE 도구킷을 이용한 계통수 분석

Auch verfügbar von: davila7

ETE 도구킷은 진화생물학 연구를 위한 계통수 분석을 간소화합니다. 계통수 데이터를 처리하고, 진화적 이벤트를 탐지하며, 출판 준비가 완료된 시각화를 생성합니다.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

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2

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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "etetoolkit". 트리 로드 및 기본 통계 표시

Erwartetes Ergebnis:

  • 트리 로드 성공: 'example.nw'
  • 기본 통계:
  • - 리프 수: 25
  • - 전체 노드: 49
  • - 트리 깊이: 8
  • - 전체 분지 길이: 2.45
  • - 루트: Node001
  • 트리는 이분법적이며 좋은 분해능을 보입니다

Verwendung von "etetoolkit". 인간 유전자에 대한 직계존속 찾기

Erwartetes Ergebnis:

  • human_gene1의 직계존속(ortholog):
  • - 마우스: mouse_gene1a, mouse_gene1b
  • - 침팬지: chimpanzee_gene1
  • - 고릴라: gorilla_gene1
  • - 오랑우탄: orangutan_gene1
  • 복제 이벤트 탐지: 2
  • 종분화 이벤트 탐지: 4

Verwendung von "etetoolkit". 원형 시각화 생성

Erwartetes Ergebnis:

  • 트리 시각화 생성됨: 'phylogeny_circular.pdf'
  • 레이아웃: 원형 모드(360도)
  • 리프 색상: 분류군별
  • 지원 강조: 값 >0.9는 녹색
  • 이미지 크기: 1200x1200 픽셀, 300 DPI

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

The skill is a legitimate scientific bioinformatics tool. All 434 static findings are false positives. The 'Ruby/shell backtick' detections are markdown code block delimiters, not command execution. 'External commands' flagged are documentation examples for package installation. 'Weak cryptographic' findings are misidentified scientific function names. The Python scripts (tree_operations.py, quick_visualize.py) contain standard tree manipulation utilities with no security risks.

7
Gescannte Dateien
3,454
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

📁 Dateisystemzugriff (1)
SKILL.md:379
⚙️ Externe Befehle (2)
SKILL.md:371 SKILL.md:54-68
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

68
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
20
Community
100
Sicherheit
78
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

유전자 트리에서 직계존속(ortholog) 식별

유전자 트리를 분석하여 종 간 직계존속 유전자를 찾아 비교 유전체학 연구에 활용합니다.

계통적 관계 시각화

사용자 정의 스타일 및 주석이 포함된 진화적 관계를 보여주는 출판 준비가 완료된 그림을 생성합니다.

트리 데이터셋 프로그래밍 방식 처리

대규모 진화 분석을 위해 수백 개의 계통수를 일괄 처리합니다.

Probiere diese Prompts

트리 로드 및 탐색 
'tree.nw'에서 계통수를 로드하고 리프 수, 전체 노드 수, 트리 깊이를 포함한 기본 통계를 표시합니다.
직계존속(ortholog) 찾기 
이 유전자 트리를 분석하여 'human_gene1'의 직계존속을 식별하고 각 종에서 직계존속 유전자를 보여주는 테이블을 생성합니다.
시각화 생성 
종 이름이 분류군별로 색칠되고 부트스트랩 값 >0.9가 녹색으로 강조되는 원형 트리 시각화를 생성합니다.
트리 일괄 처리 
디렉토리의 모든 .nw 파일 처리: 각 트리의 중간점 루팅, 지원값 <0.9의 분지 제거, 'processed_[filename].nw'로 저장

Bewährte Verfahren

  • 진화적 이벤트 탐지가 포함된 유전자 트리 분석에는 PhyloTree 클래스 사용
  • 계통적 정확성을 유지하기 위해 트리 정리 시 분지 길이 보존
  • 확장성 확보를 위해 출판 그림에 벡터 형식(PDF/SVG) 사용

Vermeiden

  • 유전자 가족 및 진화 분석에 Tree 대신 PhyloTree 사용
  • 출판용 래스터 이미지 대신 벡터 형식 사용
  • 이터레이터로 메모리 사용량을 줄일 수 있을 때 전체 큰 트리를 메모리에 로드

Häufig gestellte Fragen

ETE는 어떤 파일 형식을 지원합니까?
ETE는 트리 입력 및 출력 작업에 Newick, NHX, PhyloXML, NeXML 형식을 지원합니다.
시각화 종속성은 어떻게 설치합니까?
PyQt5 설치: Ubuntu에서는 sudo apt-get install python3-pyqt5, macOS에서는 brew install qt@5입니다.
NCBI 분류 다운로드가 왜 오래 걸립니까?
최초 다운로드 크기는 약 300MB입니다. 데이터베이스가 로컬에 캐시되어 한 번만 다운로드됩니다.
매우 큰 트리는 어떻게 처리합니까?
메모리 사용량을 크게 줄이기 위해 iter_leaves()와 같은 이터레이터 메서드를 get_leaves() 대신 사용합니다.
Tree와 PhyloTree 클래스의 차이점은 무엇입니까?
PhyloTree는 진화적 분석, 유전자/종 매핑, 이벤트 탐지를 위한 메서드로 Tree를 확장합니다.
분지 값을 기준으로 트리 분지에 색상을 어떻게 입합니까?
사용자 정의 레이아웃 함수에서 node.support 값을 기반으로 조건부 색상 지정과 함께 NodeStyle을 사용합니다.

Entwicklerdetails

Lizenz

GPL-3.0 license

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/etetoolkit

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 visualization.md

📄 workflows.md

📁 scripts/

📄 quick_visualize.py

📄 tree_operations.py

📄 SKILL.md