ETE 도구킷은 진화생물학 연구를 위한 계통수 분석을 간소화합니다. 계통수 데이터를 처리하고, 진화적 이벤트를 탐지하며, 출판 준비가 완료된 시각화를 생성합니다.
스킬 ZIP 다운로드
Claude에서 업로드
설정 → 기능 → 스킬 → 스킬 업로드로 이동
토글을 켜고 사용 시작
테스트해 보기
"etetoolkit" 사용 중입니다. 트리 로드 및 기본 통계 표시
예상 결과:
- 트리 로드 성공: 'example.nw'
- 기본 통계:
- - 리프 수: 25
- - 전체 노드: 49
- - 트리 깊이: 8
- - 전체 분지 길이: 2.45
- - 루트: Node001
- 트리는 이분법적이며 좋은 분해능을 보입니다
"etetoolkit" 사용 중입니다. 인간 유전자에 대한 직계존속 찾기
예상 결과:
- human_gene1의 직계존속(ortholog):
- - 마우스: mouse_gene1a, mouse_gene1b
- - 침팬지: chimpanzee_gene1
- - 고릴라: gorilla_gene1
- - 오랑우탄: orangutan_gene1
- 복제 이벤트 탐지: 2
- 종분화 이벤트 탐지: 4
"etetoolkit" 사용 중입니다. 원형 시각화 생성
예상 결과:
- 트리 시각화 생성됨: 'phylogeny_circular.pdf'
- 레이아웃: 원형 모드(360도)
- 리프 색상: 분류군별
- 지원 강조: 값 >0.9는 녹색
- 이미지 크기: 1200x1200 픽셀, 300 DPI
보안 감사
안전The skill is a legitimate scientific bioinformatics tool. All 434 static findings are false positives. The 'Ruby/shell backtick' detections are markdown code block delimiters, not command execution. 'External commands' flagged are documentation examples for package installation. 'Weak cryptographic' findings are misidentified scientific function names. The Python scripts (tree_operations.py, quick_visualize.py) contain standard tree manipulation utilities with no security risks.
위험 요인
📁 파일 시스템 액세스 (1)
⚙️ 외부 명령어 (2)
품질 점수
만들 수 있는 것
유전자 트리에서 직계존속(ortholog) 식별
유전자 트리를 분석하여 종 간 직계존속 유전자를 찾아 비교 유전체학 연구에 활용합니다.
계통적 관계 시각화
사용자 정의 스타일 및 주석이 포함된 진화적 관계를 보여주는 출판 준비가 완료된 그림을 생성합니다.
트리 데이터셋 프로그래밍 방식 처리
대규모 진화 분석을 위해 수백 개의 계통수를 일괄 처리합니다.
이 프롬프트를 사용해 보세요
'tree.nw'에서 계통수를 로드하고 리프 수, 전체 노드 수, 트리 깊이를 포함한 기본 통계를 표시합니다.
이 유전자 트리를 분석하여 'human_gene1'의 직계존속을 식별하고 각 종에서 직계존속 유전자를 보여주는 테이블을 생성합니다.
종 이름이 분류군별로 색칠되고 부트스트랩 값 >0.9가 녹색으로 강조되는 원형 트리 시각화를 생성합니다.
디렉토리의 모든 .nw 파일 처리: 각 트리의 중간점 루팅, 지원값 <0.9의 분지 제거, 'processed_[filename].nw'로 저장
모범 사례
- 진화적 이벤트 탐지가 포함된 유전자 트리 분석에는 PhyloTree 클래스 사용
- 계통적 정확성을 유지하기 위해 트리 정리 시 분지 길이 보존
- 확장성 확보를 위해 출판 그림에 벡터 형식(PDF/SVG) 사용
피하기
- 유전자 가족 및 진화 분석에 Tree 대신 PhyloTree 사용
- 출판용 래스터 이미지 대신 벡터 형식 사용
- 이터레이터로 메모리 사용량을 줄일 수 있을 때 전체 큰 트리를 메모리에 로드