Fähigkeiten ensembl-database
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ensembl-database

Sicher 🌐 Netzwerkzugriff⚙️ Externe Befehle

Ensembl 게놈 데이터베이스 조회

Auch verfügbar von: davila7

Ensembl 게놈 데이터베이스 REST API를 통해 축적형 게놈 데이터를 조회합니다. 유전자 검색, 서열 확보, VEP를 사용한 변이 분석, 250종 이상의 종에 대한 비교 유전체학을 수행합니다.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

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2

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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "ensembl-database". 인간에서 BRCA2 유전자 조회

Erwartetes Ergebnis:

  • Ensembl ID: ENSG00000139618
  • 위치: 13q13.1 (chr13:32,315,479-32,400,586)
  • 설명: BRCA2 DNA 수리 연관
  • 전사체: 22개의 알려진 단백질 코딩 전사체
  • 종: Homo sapiens (인간)

Verwendung von "ensembl-database". VEP로 rs699 변이 분석

Erwartetes Ergebnis:

  • 변이: rs699 (C>T)
  • 위치: 염색체 16, 위치 213,641
  • 유전자: BLK (beta-1,3-갈락토실전사효소 5)
  • 결과: 비의미 변이
  • 단백질 변화: Val281Phe

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 177 static findings are false positives. The skill is a legitimate bioinformatics tool querying the Ensembl genome database (maintained by EMBL-EBI). Scanner misidentified GA4GH Beacon API endpoints as Cobalt Strike keywords, HTTP status codes as cryptographic algorithms, and markdown code fences as shell command execution. Network requests target public bioinformatics APIs with proper rate limiting.

5
Gescannte Dateien
2,174
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (3)
scripts/ensembl_query.py:22 scripts/ensembl_query.py:50-85 SKILL.md:63
⚙️ Externe Befehle (2)
SKILL.md:40-42 references/api_endpoints.md:5-7
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
85
Inhalt
20
Community
100
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

유전자 주석 파이프라인

유전자 조회, 전사체 확보, 단백질 서열 검색, 상동유전자 찾기, 분석을 위한 결과 내보내기.

변이 분석

rsID로 변이 조회, VEP로 기능적 결과 예측, 집단 빈도 확인, 표현형 연관성 확보.

비교 유전체학

종 간 상동유전자 찾기, 서열 확보, 유전자 구조 비교, 진화적 보존성 분석.

Probiere diese Prompts

기본 유전자 조회 
Ensembl을 사용하여 인간의 TP53 유전자를 조회하고 Ensembl ID, 염색체 위치 및 설명을 반환합니다.
서열 확보 
BRCA2 유전자(ENSG00000139618)의 DNA 서열을 FASTA 형식으로 검색합니다.
변이 분석 
rs699 변이를 VEP로 분석하고 예측된 결과 및 집단 빈도를 표시합니다.
종 간 비교 
인간 유전자 BRCA2에 대한 모든 마우스 상동유전자를 찾고 Ensembl ID 및 서열 유사성을 표시합니다.

Bewährte Verfahren

  • 익명 사용자를 위한 초당 15개 요청 속도 제한 준수
  • 여러 항목을 조회할 때 배치 엔드포인트를 사용하여 효율성 향상
  • 자주 접근하는 데이터를 캐싱하여 API 호출 감소

Vermeiden

  • 배치 엔드포인트를 사용하지 않고 순차적 단일 요청 수행
  • 속도 제한 응답(429 상태 코드) 무시
  • 좌표 조회에 대해 올바른 어셈블리(GRCh37 vs GRCh38) 지정하지 않음

Häufig gestellte Fragen

어떤 종이 지원되나요?
Ensembl은 인간, 마우스, 제브라피시, 초파리를 포함하여 250종 이상의 축적형을 지원합니다.
속도 제한을 어떻게 처리하나요?
Retry-After 헤더를 사용하여 재시도 로직을 구현하세요. 익명 사용자는 초당 최대 15개 요청입니다.
VEP란 무엇인가요?
변이 영향 예측기(VEP)는 유전적 변이를 분석하고 유전자 및 단백질에 대한 기능적 결과를 예측합니다.
이전 게놈 어셈블리를 어떻게 조회하나요?
GRCh37/hg19 조회를 위해서는 https://grch37.rest.ensembl.org를 사용하세요. 현재 어셈블리는 https://rest.ensembl.org를 사용합니다.
여러 쿼리를 배치할 수 있나요?
네, JSON 배열과 함께 POST 엔드포인트를 사용하여 단일 요청에서 여러 ID를 조회할 수 있습니다.
어떤 출력 형식이 지원되나요?
대부분의 엔드포인트는 JSON을 지원하며, 서열에는 FASTA를, 일부는 XML 또는 일반 텍스트를 지원합니다.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/ensembl-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_endpoints.md

📁 scripts/

📄 ensembl_query.py

📄 evaluation.json

📄 SKILL.md