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cosmic-database

Sicher 🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff

COSMIC 암 변이 데이터베이스 접근

Auch verfügbar von: davila7

암 연구자들은 연구를 위한 포괄적인 변이 데이터가 필요합니다. 이 기술은 수백만 개의 체세포 변이, 큐레이션된 암 유전자 목록 및 정밀 종양학 연구를 위한 돌연변이 시그니처를 포함하는 COSMIC 데이터베리에 대한 프로그래밍 방식의 접근을 제공합니다.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronze
1

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2

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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "cosmic-database". COSMIC에서 Cancer Gene Census 다운로드

Erwartetes Ergebnis:

  • Cancer Gene Census 파일 경로: GRCh38/cosmic/latest/cancer_gene_census.csv
  • --data-type gene_census와 함께 download_cosmic.py 사용
  • 역할(oncogene, TSG, fusion)이 포함된 700개 이상의 큐레이션된 암 유전자
  • 다운로드한 파일은 pandas.read_csv()로 읽을 수 있음

Verwendung von "cosmic-database". 폐암에서 TP53 변이 찾기

Erwartetes Ergebnis:

  • GRCh38/cosmic/latest/에서 CosmicMutantExport.tsv.gz 다운로드
  • 'Gene name'이 'TP53'인 변이 필터링
  • 'Primary site'가 'lung'인 경우 추가로 필터링
  • 폐암 샘플에서 847개의 TP53 변이 발견
  • 상위 변이: R175H (12%), R248W (8%), R273H (7%)

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 121 static findings are false positives. The analyzer misidentified markdown code fences (```) as shell backticks, documentation URLs as network threats, and fabricated cryptographic patterns. This is a legitimate Sanger Institute bioinformatics tool. The Python script only makes authenticated HTTPS requests to download cancer genomics data from the official COSMIC database.

5
Gescannte Dateien
1,242
Analysierte Zeilen
5
befunde
4
Gesamtzahl Audits
Probleme mit niedrigem Risiko (3)
scripts/download_cosmic.py:57
Hardcoded COSMIC API URL
Hardcoded COSMIC API URL for legitimate data access
scripts/download_cosmic.py:66-70
HTTP requests to COSMIC API
HTTP requests to COSMIC API for authenticated file downloads
scripts/download_cosmic.py:103-115
File writing for database files
File writing to save downloaded COSMIC database files

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (1)
scripts/download_cosmic.py:57-93
📁 Dateisystemzugriff (1)
scripts/download_cosmic.py:103-115
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
87
Inhalt
20
Community
99
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

변이 패턴 분석

체세포 변이 데이터를 다운로드하여 특정 암 유형에서 반복되는 변이를 식별하여 연구 수행

주석 파이프라인 구축

환자 변이에 암의 중요성을 주석하기 위해 생물정보학 워크플로우에 COSMIC 데이터 통합

약물 저항성 연구

암 치료를 위한 정밀 의학 결정을 위해 저항성 변이 데이터 쿼리

Probiere diese Prompts

변이 다운로드 
download_cosmic.py 스크립트를 사용하여 COSMIC에서 Cancer Gene Census를 다운로드하는 방법을 알려주세요. 어떤 파일 경로를 사용해야 합니까?
유전자별 쿼리 
COSMIC에서 TP53 변이가 포함된 파일은 무엇이며, 다운로드한 데이터를 특정 유전자용으로 어떻게 필터링합니까?
돌연변이 시그니처 
COSMIC 돌연변이 시그니처를 다운로드하고 사용하는 방법은 무엇입니까? SBS 시그니처에 어떤 파일 경로를 사용해야 합니까?
VCF 통합 
다운로드한 CosmicCodingMuts.vcf.gz 파일을 pysam으로 읽고 17번 염색체에 대한 레코드를 추출하는 방법을 보여주세요.

Bewährte Verfahren

  • 새 프로젝트에는 GRCh38 어셈블리를 사용하고 함수 호출에서 genome_assembly='GRCh38' 지정
  • 파일 경로에 'latest'를 사용하여 최신 COSMIC 릴리스를 얻거나 재현성을 위해 특정 버전 고정
  • 자격 증명을 안전하게 환경 변수를 사용하여 저장하고 스크립트에 비밀번호 하드코딩 금지

Vermeiden

  • GRCh38이 현재 표준 참조 게놈일 때 새 프로젝트에 GRCh37 사용
  • 분석 요구에 특정 하위 집합이 적합할 때 전체 데이터베이스 다운로드
  • 다운로드 시도 전 인증 확인 건너뛰기

Häufig gestellte Fragen

COSMIC 접근이 무료입니까?
학술 사용자는 등록으로 무료 접근할 수 있습니다. 상업적 사용자는 QIAGEN 라이선스가 필요합니다.
어떤 게놈 어셈블리를 사용해야 합니까?
새 프로젝트에는 GRCh38을 사용하세요. GRCh37은 레거시 파이프라인 호환성을 위해 사용할 수 있습니다.
COSMIC 파일은 얼마나 큽니까?
변이 파일은 수 기가바이트일 수 있습니다. 스크립트는 대용량 파일에 대해 다운로드 진행률을 보여줍니다.
어떤 파일 형식을 사용할 수 있습니까?
TSV, CSV 및 VCF 형식. TSV와 CSV는 gzip 압축을 사용합니다. VCF는 변이 데이터에 대한 표준입니다.
COSMIC는 얼마나 자주 업데이트됨니까?
COSMIC는 분기별로 업데이트됩니다. 파일 경로에 'latest'를 사용하여 가장 최신 버전을 사용하세요.
다른 도구와 함께 사용할 수 있습니까?
네, COSMIC 데이터는 VEP, pysam, pandas 및 표준 생물정보학 파이프라인과 통합됩니다.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/cosmic-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 cosmic_data_reference.md

📁 scripts/

📄 download_cosmic.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md