スキル pyopenms
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包括的な質量分析ツールでプロテオミクスとメタボロミクスのデータを処理します。このスキルは、ファイル形式の取り扱い、スペクトル処理、特徴検出、ペプチド同定ワークフローのためのOpenMSアルゴリズムへのアクセスを提供します。
対応: Claude Codex Code(CC)
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Claudeでアップロード
設定 → 機能 → スキル → スキルをアップロードへ移動
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オンにして利用開始
テストする
「pyopenms」を使用しています。 mzMLファイルを読み込み、最初のスペクトルを表示して
期待される結果:
- データ保持にはMSExperiment、読み込みにはMzMLFileを使用する
- 反復処理またはgetSpectrum(index)メソッドでスペクトルにアクセスする
- get_peaks()でm/zと強度の値を抽出する（numpy配列を返す）
- getMSLevel()とgetRT()でMSレベルや保持時間などのメタデータを取得する
「pyopenms」を使用しています。 スペクトルに信号処理を適用するにはどうすればいい？
期待される結果:
- 平滑化にはGaussFilterまたはSavitzkyGolayFilterを使用する
- getParameters()とsetValue()でパラメータを設定する
- filterExperiment()メソッドで適用する
- 処理前にLinearNormalizerで正規化を検討する
セキュリティ監査
安全v4 • 1/17/2026
This skill contains only markdown documentation files with Python code examples. The static analyzer incorrectly flagged markdown syntax patterns as security threats. All 295 static findings are false positives. No executable code exists in this skill.
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スキャンされたファイル
4,192
解析された行数
5
検出結果
4
総監査数
リスク要因
⚡ スクリプトを含む
特定の場所は記録されていません
🌐 ネットワークアクセス (1)
📁 ファイルシステムへのアクセス
特定の場所は記録されていません
🔑 環境変数
特定の場所は記録されていません
監査者: claude 監査履歴を表示 →
品質スコア
45
アーキテクチャ
100
保守性
85
コンテンツ
29
コミュニティ
100
セキュリティ
91
仕様準拠
作れるもの
定量プロテオミクス
LC-MS/MSデータセットを処理し、複数サンプル間のタンパク質を同定・定量する
パイプライン開発
Pythonで自動化された質量分析データ処理パイプラインを構築する
代謝物解析
ターゲットレスメタボロミクスの前処理と特徴注釈を実行する
これらのプロンプトを試す
基本的なファイル読み込み
pyopenmsを使ってmzMLファイルを読み込み、スペクトルとクロマトグラムにアクセスするにはどうすればよいですか？
特徴検出
pyopenmsのFeatureFinderを使って重心化した質量分析データの特徴を検出する方法を示してください。
ペプチド同定
idXMLファイルから同定結果を読み込み、pyopenmsで偽発見率フィルタリングを適用するにはどうすればよいですか？
高度なワークフロー
mzMLデータを読み込み、スペクトルを処理し、特徴を検出し、結果をpandas DataFrameにエクスポートする完全なpyopenmsワークフローを作成してください。
ベストプラクティス
- 大きなファイルではIndexedMzMLFileLoaderを使用し、データセット全体をメモリに読み込まないようにする
- 特徴検出の前に適切な信号処理（平滑化、フィルタリング）を適用する
- データ読み込み前にos.path.exists()でファイルの存在を検証する
回避
- ストリーミングやインデックス付きアクセスを使わずに非常に大きなmzMLファイルを全てメモリに読み込む
- 下流解析の前に品質管理手順を省略する
- データ解釈に影響する可能性のある装置メタデータを無視する
よくある質問
pyopenmsはどのファイル形式をサポートしていますか？
mzML、mzXML、mzData、idXML、mzIdentML、pepXML、protXML、featureXML、consensusXML、mzTab、FASTA、TraML。
pyopenmsをインストールするにはどうすればよいですか？
uv: uv pip install pyopenms を使用してください。Python 3.8+が必要で、C++依存関係の要件があります。
OpenMSをインストールしなくてもpyopenmsは動作しますか？
いいえ。pyopenmsはOpenMS C++ライブラリのPythonラッパーであり、システム上にOpenMSが利用可能である必要があります。
pyopenmsには検索エンジンが含まれていますか？
いいえ。pyopenmsは検索エンジンと統合しますが、別途インストールが必要です（Comet、Mascot、MSGFPlusなど）。
pandasにデータをエクスポートするにはどうすればよいですか？
FeatureMap、ConsensusMap、または他のデータコンテナでget_df()メソッドを使用してDataFramesに直接エクスポートします。
pyopenmsとmatchmsの違いは何ですか？
pyopenmsはプロテオミクスのワークフローに包括的です。簡単なスペクトル比較と代謝物同定にはmatchmsを使用してください。