hmdb-database
ヒューマンメタボロームデータベースの検索
Auch verfügbar von: davila7
このスキルは、220,000以上の代謝物エントリを含むヒューマンメタボロームデータベースへのアクセスを提供します。研究者は、化学名、構造、またはIDで検索することで、メタボローム研究のための特性、スペクトル、およびバイオマーカーデータを取得できます。
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Verwendung von "hmdb-database". カフェインについて、HMDB ID、分子量、およびそれが既知のバイオマーカーかどうかを含めて情報を検索してください。
Erwartetes Ergebnis:
- HMDB ID: HMDB0001854（カフェイン）
- 化学式: C8H10N4O2
- 分子量: 194.19 g/mol
- SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
- ステータス: 血液、尿、唾液で検出
- バイオマーカーステータス: いいえ - 現在疾患バイオマーカーとしてリストされていません
- 生物試料位置: 血液、尿、唾液、母乳
- 尿中濃度: 通常0.1-10 mg/L（カフェイン摂取量により変動）
Verwendung von "hmdb-database". 糖尿病のバイオマーカーである代謝物を検索し、血液中の正常値と異常値の濃度範囲を表示してください。
Erwartetes Ergebnis:
- いくつかのHMDB代謝物が糖尿病バイオマーカーステータスに関連しています:
- 1. グルコース（HMDB0000122）- 糖尿病状態で上昇
- 2. HbA1c（HMDB0000741）- 主要な糖尿病モニタリングバイオマーカー
- 3. フラクトサミン（HMDB0002044）- 短期的な血糖コントロール指標
- 典型的な血液濃度範囲は、年齢と状態を考慮して表示されます。
Verwendung von "hmdb-database". コレステリンを関与する代謝経路は何ですか？関連するSMPDBパスウェイIDは何ですか？
Erwartetes Ergebnis:
- コレステロール（HMDB0000067）は複数の経路に関与しています:
- 1. ステロイド生合成（SMP0000001）
- 2. 胆汁酸生合成（SMP0000012）
- 3. 脂質代謝（SMP0000035）
- 各経路は、関連する酵素、反応、およびKEGGへの相互参照を表示します。
Sicherheitsaudit
SicherThis is a pure documentation skill with no executable code. All 129 static findings are FALSE POSITIVES caused by markdown formatting patterns being misidentified as security issues. The backticks detected are markdown inline code spans (e.g., `accession`, `smiles`, `inchi`), not Ruby/shell command execution. The 'weak cryptographic algorithm' detections are chemical identifiers (InChI/InChIKey), not encryption. The hardcoded URLs are legitimate HMDB database endpoints essential to the skill's function. No code, network calls, file system access, or command execution exists.
Risikofaktoren
⚡ Enthält Skripte
🌐 Netzwerkzugriff
📁 Dateisystemzugriff
🔑 Umgebungsvariablen
⚙️ Externe Befehle
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
未知の代謝物の同定
実験的なMSまたはNMRスペクトルをHMDBの参照ライブラリーと照合して、サンプル中の未知の化合物を同定します。
バイオマーカー関連性の検索
特定の疾患に関連する代謝物を検索し、診断応用するための濃度範囲を確認します。
化学IDの相互参照
HMDBエントリをKEGG、PubChem、ChEBIなどの外部データベースにマッピングし、統合された経路分析を行います。
Probiere diese Prompts
{metabolite_name}についてHMDBで情報を検索してください。化学式、分子量、SMILES文字列を含めること。{disease_name}のバイオマーカーとして機能する代謝物をHMDBで検索してください。関連する生体液中の濃度範囲を列出してください。600MHzプロトンNMRに一致するNMRスペクトルを持つHMDB代謝物を検索してください。7-8ppm芳香族領域にピークを持つ化合物はどれですか？
{pathway_name}経路に含まれる代謝物のSMPDBパスウェイIDを検索してください。KEGGパスウェイ識別子との相互参照を行ってください。Bewährte Verfahren
- 出版物ではHMDBを引用する際には、ドキュメントで推奨される形式を使用してください
- 再現性のために、研究においてHMDBバージョン（現時点でv5.0）を記載してください
- 大規模な分析には、繰り返しWebクエリを行うのではなく、完全なデータセットをダウンロードしてください
Vermeiden
- HMDBに対してWebスクレイピングを試みないでください - 代わりにAPIアクセスを連絡してください
- すべての代謝物で全てのフィールドが入力されているとは想定しないでください（濃度データは稀疏です）
- 品質指標を確認せずに、予測スペクトルデータと実験データを混同しないでください
Häufig gestellte Fragen
プログラムでHMDBにアクセスするにはどうすればよいですか？
どのようなファイル形式をダウンロードできますか？
HMDBにはいくつの代謝物が含まれていますか？
商業目的でHMDBを使用できますか？
どのような識別子で検索できますか？
HMDBにはスペクトルデータが含まれていますか？
Entwicklerdetails
Autor
K-Dense-AILizenz
HMDB is offered to the public as a freely available resource. Use and re-distribution of the data, in whole or in part, for commercial purposes requires explicit permission of the authors and explicit acknowledgment of the source material (HMDB) and the original publication (see the HMDB citing page). We ask that users who download significant portions of the database cite the HMDB paper in any resulting publications.
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/hmdb-databaseRef
main
Dateistruktur