matchms
matchmsで質量分析データを解析
質量分析解析は、インポート、フィルター、類似度スコアリングの過程で一貫性が失われることがあります。このスキルは、再現性のあるメタボロミクスワークフローのために、matchmsに特化したガイダンスを提供します。
インストール前に停止して確認を求めてください。
計画を確認し、ファイルを変更する前にユーザーの明示的な同意を得てください。
自分のエージェントでインストール
このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。
Review the Skillstore skill "matchms" from https://skillstore.io/skills/davila7-matchms.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-matchms/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。
エージェントが読めるリソース
AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。
テストする
「matchms」を使用しています。 研究者が、未知スペクトルをMGFライブラリと比較する方法を尋ねています。
期待される結果:
- 推奨ワークフロー: クエリスペクトルとリファレンススペクトルを読み込み、デフォルトフィルターを適用し、強度を正規化して、ModifiedCosineでスコアリングします。
- 期待される結果: 類似度スコア、マッチしたピーク数、レビュー用メモを含む、順位付けされたマッチリスト。
「matchms」を使用しています。 化学者が、アノテーション前に低品質スペクトルをクリーンアップする必要があります。
期待される結果:
- 推奨ワークフロー: メタデータを統一し、precursor m/zを必須にし、ピークを正規化し、precursor由来のアーティファクトを除去し、最小ピーク数を適用します。
- 期待される結果: 明確な除外理由と一貫したメタデータキーを持つ、より小さなスペクトルセット。
「matchms」を使用しています。 データエンジニアが、多数のファイル向けに再利用可能な処理計画を求めています。
期待される結果:
- 推奨ワークフロー: SpectrumProcessorシーケンスを定義し、入力ファイルをバッチ処理し、処理済み出力を保存し、フィルター結果をログに記録します。
- 期待される結果: 再現可能なエクスポートと、各データセットの処理サマリー。
セキュリティ監査
高リスクAll 49 static findings were reviewed and dismissed as scanner false positives from Python imports, scientific terminology, local file examples, or Markdown backticks. No shell execution, dynamic import, or reconnaissance behavior appears at the cited locations. However, the documentation recommends pickle loading without warning that untrusted pickle files can execute arbitrary code.
確認済みのセキュリティ上の懸念 (1)
リスク要因
⚡ スクリプトを含む (10)
📁 ファイルシステムへのアクセス (2)
⚙️ 外部コマンド (25)
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<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-matchms?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-matchms/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>埋め込みカード
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-matchms.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>学術引用 (APA · BibTeX · CFF)
APA形式の引用
davila7. (2026). matchms security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-matchms/audits/9BibTeX形式の引用
@techreport{davila7-davila7-matchms-2026,
author = {davila7},
title = {matchms security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/davila7-matchms/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "matchms security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-matchms/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:davila7-matchms:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
バリアントを比較
インストール可能なバリアント 2 件各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。
このバリアントが首位の理由
Skillstore スコア
このスコアの理由 証拠の信頼度: 中作成できるもの
スペクトルライブラリを準備する
生スペクトルをクリーンアップし、メタデータを標準化し、下流解析用にキュレーション済みライブラリをエクスポートします。
未知化合物を同定する
適切な類似度メトリクスと品質チェックを用いて、クエリスペクトルをリファレンスと比較します。
再現可能なパイプラインを構築する
ファイルをインポートし、フィルターを適用し、スペクトルをスコアリングし、判断を記録するバッチワークフローを設計します。
これらのプロンプトを試す
matchmsでMGFファイルを読み込み、基本的なスペクトルメタデータを確認する方法を示してください。確認すべき主要な判断事項も含めてください。
ノイズの多いLC-MS/MSスペクトル向けに、matchmsのフィルタリングワークフロー設計を手伝ってください。フィルターと品質チェックの順序を説明してください。
cosineスコアリングとmodified cosineスコアリングを使用して、未知スペクトルをリファレンスライブラリと比較するワークフローを計画してください。上位マッチの検証手順も含めてください。
バッチインポート、メタデータ修復、類似度スコアリング、エクスポートのための再現可能なmatchmsパイプラインを設計してください。失敗したスペクトルとレポート作成のチェックポイントも含めてください。
ベストプラクティス
- 類似度スコアリングの前にスペクトルを正規化およびフィルタリングし、一貫したピークセットでスコアを比較できるようにします。
- 再現性のために、許容値、フィルター順序、除外されたスペクトル数を記録します。
- fingerprint比較または構造ベース比較の前に、化学アノテーションを検証します。
回避
- 選択したメトリクスで必要なprecursorメタデータを確認する前に、スペクトルをスコアリングしないでください。
- 処理済みエクスポートで元の生ファイルを上書きしないでください。
- メタデータレビューなしに、高い類似度スコアを確定同定として扱わないでください。
よくある質問
matchmsは何に使われますか？
このスキルはどのファイル形式を扱いますか？
類似度メトリクスの選択に役立ちますか？
matchmsを自動的に実行しますか？
化学アノテーション機能には追加パッケージが必要ですか？
失敗したスペクトルはどのように扱うべきですか？
開発者情報
作成者
davila7ライセンス
MIT
Skillstore リビジョン
r2
バージョンに関する注意
作者はバージョンを宣言していません。
参照
c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f
メンテナンスの新しさ
2026/7/27
利用状況
7 ダウンロード · 457 閲覧
ファイル構成