cobrapy
COBRApyで代謝モデルを解析する
代謝モデリングのワークフローは、散在するCOBRApyの例から組み立てるのが難しい場合があります。このスキルは、一般的な解析に向けた焦点の定まったガイダンスをClaude、Codex、Claude Codeに提供します。
自分のエージェントでインストール
このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。
Review the Skillstore skill "cobrapy" from https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-cobrapy/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。
エージェントが読めるリソース
AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。
テストする
「cobrapy」を使用しています。 ユーザーがE. coliモデルでFBAを実行する方法を尋ねています。
期待される結果:
回答では、モデルの読み込み、最適化、ステータス確認、目的関数値の解釈、フラックステーブルの確認を概説します。
「cobrapy」を使用しています。 ユーザーが生産株設計のガイダンスを求めています。
期待される結果:
- ワークフローでは、ベースライン増殖、目的代謝物の生産、ノックアウト候補、培地制約を比較します。
- 結果には、増殖制約、ソルバー性能、検証に関する注意点が含まれます。
「cobrapy」を使用しています。 ユーザーのモデルが実行不可能です。
期待される結果:
回答では、培地組成、反応境界、交換反応、物質収支、ソルバーステータスの確認項目を列挙します。
セキュリティ監査
安全All 71 static findings are false positives caused by Python imports, Markdown code fences, COBRA model identifiers, and a documentation link. No command execution, dynamic loading, credential access, system reconnaissance, prompt injection, or malicious intent was found.
リスク要因
⚡ スクリプトを含む (4)
⚙️ 外部コマンド (50)
🌐 ネットワークアクセス (1)
このレポートを共有・引用
バージョン付き評価レポート、中立的なバッジ、埋め込みカード、引用を共有できます。Skillstore は証拠を報告しますが、この Skill が安全かどうかは判断しません。
レポートリンクをコピー
https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_reportMarkdownバッジ
[](https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy?utm_source=security_passport_badge)HTMLバッジ
<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-cobrapy/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>埋め込みカード
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-cobrapy.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>学術引用 (APA · BibTeX · CFF)
APA形式の引用
davila7. (2026). cobrapy security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy/audits/9BibTeX形式の引用
@techreport{davila7-davila7-cobrapy-2026,
author = {davila7},
title = {cobrapy security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "cobrapy security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "davila7"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/davila7-cobrapy/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:davila7-cobrapy:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
バリアントを比較
インストール可能なバリアント 2 件各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。
このバリアントが首位の理由
Skillstore スコア
このスコアの理由 証拠の信頼度: 高作成できるもの
増殖シミュレーションを実行する
ゲノムスケールモデルを読み込み、FBAを実行し、対象条件で活性のある経路を調べます。
生産株を設計する
目的の代謝物について、生産エンベロープ、ノックアウト、培地変更を比較します。
COBRApyワークフローを教える
簡潔な例を使って、モデル構造、フラックス制約、検証手順を説明します。
これらのプロンプトを試す
SBMLからCOBRApyモデルを読み込み、FBAを実行し、増殖結果を段階的に説明するのを手伝ってください。
選択した反応についてFVAを実行する方法を案内してください。fraction_of_optimumの選択肢や、広い範囲の解釈方法も含めてください。
私のモデルで単一遺伝子削除研究を計画してください。結果の解釈、必須遺伝子のしきい値、一般的な検証チェックを含めてください。
目的代謝物の生産に向けた高度なCOBRApyワークフローを作成してください。培地制約、生産エンベロープ、ノックアウト順位付け、loopless FVAを含めてください。
ベストプラクティス
- 一時的な目的関数、境界、ノックアウトの変更にはコンテキストマネージャーを使用します。
- 目的関数値やフラックスを解釈する前に、最適化ステータスを確認します。
- 生物学的結論を導く前に、モデルとサンプルを検証します。
回避
- 実行可能解があるからといって、生物学的に正しいとは仮定しないでください。
- 完全な培地辞書を再代入せずに、モデルの培地を上書きしないでください。
- ソルバーとCPU使用量を計画せずに、大規模な削除ジョブやサンプリングジョブを実行しないでください。
よくある質問
このスキルはCOBRApyを自動的に実行しますか？
どのファイル形式が対象ですか？
遺伝子ノックアウト研究に役立ちますか？
代謝工学設計をサポートしていますか？
このスキルはどのツールで使用できますか？
外部ソルバーは必要ですか？
開発者情報
作成者
davila7ライセンス
MIT
Skillstore リビジョン
r2
バージョンに関する注意
作者はバージョンを宣言していません。
参照
c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f
メンテナンスの新しさ
2026/7/24
利用状況
5 ダウンロード · 207 閲覧
ファイル構成