Compétences zinc-database
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zinc-database

Sûr 🌐 Accès réseau⚙️ Commandes externes

Rechercher des composés dans la base de données ZINC

Également disponible depuis: davila7

La base de données ZINC contient plus de 230 millions de composés chimiques disponibles à l'achat pour la recherche en découverte de médicaments. Cette compétence permet d'accéder par programmation à la recherche par ID ZINC, SMILES ou code fournisseur, de récupérer des structures 3D et d'effectuer des recherches de similarité pour le criblage virtuel et les études d'amarrage moléculaire.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)
📊 69 Adéquat
1

Télécharger le ZIP du skill

2

Importer dans Claude

Allez dans Paramètres → Capacités → Skills → Importer un skill

3

Activez et commencez à utiliser

Tester

Utilisation de "zinc-database". Rechercher ZINC000000000001 et trouver des composés similaires avec une distance de 3

Résultat attendu:

  • ID ZINC : ZINC000000000001
  • SMILES : [structure affichée]
  • Disponible auprès de : [catalogues]
  • Composés similaires trouvés : 142
  • Meilleures correspondances : ZINC000000000002, ZINC000000000003, ...

Utilisation de "zinc-database". Obtenir 100 composés aléatoires de type précurseur avec un PM de 250-350

Résultat attendu:

  • 100 composés récupérés de ZINC22
  • Plage de propriétés : PM 250-350, sous-ensemble de type précurseur
  • Codes de tranche : format H##P###M###
  • Chaque entrée inclut l'ID ZINC, SMILES et les informations du fournisseur

Audit de sécurité

Sûr
v4 • 1/17/2026

All 389 static findings are false positives. The skill is legitimate scientific documentation for accessing the public ZINC database maintained by UCSF. subprocess.run calls use array syntax with hardcoded ZINC API endpoints. C2 keyword flags are common programming terms (command, control, execute) used in legitimate documentation context. The scanner misinterpreted cheminformatics terminology (MD5/SHA checksums) and DOCK database format files (.db2) as security concerns. No malicious behavior patterns detected.

4
Fichiers analysés
2,804
Lignes analysées
2
résultats
4
Total des audits

Facteurs de risque

🌐 Accès réseau (2)
SKILL.md:43-44 SKILL.md:385-389
⚙️ Commandes externes (1)
SKILL.md:280-294
Audité par: claude Voir l’historique des audits →

Score de qualité

41
Architecture
100
Maintenabilité
87
Contenu
21
Communauté
100
Sécurité
83
Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

Construire des bibliothèques d'amarrage

Interroger ZINC pour obtenir des composés de type médicament, télécharger des structures 3D et préparer des bibliothèques pour le criblage avec DOCK6 ou AutoDock Vina.

Trouver des composés analogues

Rechercher par similarité SMILES pour découvrir des analogues commercialisables de composés actifs connus pour les études de relations structure-activité.

Configuration du criblage virtuel

Générer des ensembles de composés aléatoires filtrés par poids moléculaire, LogP ou donneurs de liaisons hydrogène pour les campagnes initiales de criblage virtuel.

Essayez ces prompts

Recherche de composé simple 
Rechercher le composé ZINC000000000001 dans la base de données ZINC et afficher son SMILES, ses codes fournisseurs et ses catalogues.
Similarité SMILES 
Trouver des composés similaires à l'Ibuprofène (CC(C)Cc1ccc(cc1)C(C)C(=O)O) avec une distance de Tanimoto de 3. Renvoyer les ID ZINC, SMILES et les catalogues disponibles.
Préparation de bibliothèque d'amarrage 
Générer une liste de 1000 composés aléatoires de type médicament de ZINC22 avec un PM de 350-500. Afficher les ID ZINC, SMILES et les codes de tranche.
Découverte d'analogues 
Trouver 50 analogues de type précurseur (PM 250-350) d'un composé hit avec le SMILES CCCc1ccc(cc1)C(C)N. Renvoyer les options commercialisables avec les codes fournisseurs.

Bonnes pratiques

  • Utiliser d'abord les correspondances exactes SMILES, puis étendre aux recherches de similarité avec des paramètres de distance
  • Limiter les champs de sortie aux seules données nécessaires pour réduire la taille de la réponse et améliorer les performances
  • Mettre en cache localement les données de composés fréquemment accédées pour réduire les appels API répétés

Éviter

  • Faire des requêtes consécutives rapides sans délais - respecter les limites de taux du serveur
  • Demander tous les champs de sortie alors que seuls quelques-uns sont nécessaires
  • Sauter l'analyse des propriétés de tranches - celles-ci encodent le PM, LogP et les nombres de donneurs de liaisons hydrogène utiles pour le filtrage

Foire aux questions

Qu'est-ce que la base de données ZINC ?
ZINC est une base de données publique gratuite de plus de 230 millions de composés chimiques commercialisables, maintenue par l'UCSF pour la recherche en découverte de médicaments.
Ai-je besoin d'une clé API ?
Non, l'API ZINC est gratuite et ne nécessite aucune authentification. Utilisez simplement les points de terminaison documentés à cartblanche22.docking.org.
Quels formats de fichiers sont disponibles ?
ZINC fournit des formats MOL2, SDF et DOCK DB2 pour les structures 3D. Choisissez en fonction des exigences de votre logiciel d'amarrage.
Comment télécharger des structures 3D ?
Utilisez le dépôt de fichiers à files.docking.org/zinc22/ avec les codes de tranche, ou demandez des structures via l'API pour des lots plus petits.
Qu'est-ce qu'une tranche ?
Les tranches encodent les propriétés moléculaires : H## (donneurs de liaisons hydrogène), P### (LogP x10), M### (PM) et la phase (réactivité). Exemple : H05P035M400-0.
Puis-je utiliser ceci pour la recherche commerciale ?
Vérifiez les conditions de licence des fournisseurs. ZINC agrège des composés de nombreux vendeurs - vérifiez le statut de propriété intellectuelle avant toute utilisation commerciale.

Détails du développeur

Auteur

K-Dense-AI

Licence

MIT

Dépôt

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/zinc-database

Réf

main

Structure de fichiers

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 EVALUATION_OUTPUT.json

📄 SKILL.md