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gene-database

Name: gene-database
Author: K-Dense-AI

Risque faible 🌐 Accès réseau⚙️ Commandes externes🔑 Variables d’environnement📁 Accès au système de fichiers

Interroger la base de données NCBI Gene

Également disponible depuis: davila7

Accédez à des données génétiques complètes de NCBI, notamment des séquences, des annotations et des informations fonctionnelles. Recherchez par symbole de gène, ID ou contexte biologique pour récupérer des RefSeqs, Gene Ontology, localisations chromosomiques et phénotypes pour la recherche en bioinformatique.

Prend en charge: Claude Codex Code(CC)

🥉 73 Bronze

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Utilisation de "gene-database". Trouver des informations sur BRCA1 chez l'humain

Résultat attendu:

ID du gène : 672
Symbole : BRCA1
Description : BRCA1 DNA repair associated
Organisme : Homo sapiens
Chromosome : 17
Localisation : 17q21.31

Utilisation de "gene-database". Trouver les gènes associés au diabète chez l'humain

Résultat attendu:

Liste d'ID de gènes avec symbole, description et chromosome pour les gènes associés au diabète
Requête de recherche : diabetes[disease] AND human[organism]

Utilisation de "gene-database". Obtenir les données de gènes par lots pour TP53, EGFR, KRAS

Résultat attendu:

Résultats par lots avec ID de gène, symbole, description, organisme, chromosome et localisation cartographique pour chaque gène

Audit de sécurité

Risque faible

v4 • 1/17/2026

This is a legitimate bioinformatics tool for querying NCBI Gene database. All 374 static findings are false positives: markdown backticks in documentation are code formatting (not shell execution), API keys are user-provided CLI arguments (not hardcoded secrets), hardcoded URLs are official NCBI API endpoints, and the network+credential+file pattern is standard API client behavior. No data exfiltration or malicious patterns detected.

Fichiers analysés

2,293

Lignes analysées

résultats

Total des audits

Facteurs de risque

🌐 Accès réseau (4)

scripts/query_gene.py:19 scripts/fetch_gene_data.py:17 scripts/batch_gene_lookup.py:53 references/api_reference.md:20-22

⚙️ Commandes externes (3)

SKILL.md:34-175 references/api_reference.md:20-356 references/common_workflows.md:26-398

🔑 Variables d’environnement (3)

scripts/query_gene.py:23-43 scripts/fetch_gene_data.py:56-71 scripts/batch_gene_lookup.py:41-48

📁 Accès au système de fichiers (1)

scripts/batch_gene_lookup.py:287

Audité par: claude Voir l’historique des audits →

Score de qualité

Architecture

100

Maintenabilité

Contenu

Communauté

Sécurité

Conformité aux spécifications

Ce que vous pouvez construire

Flux de travail d'annotation de gènes

Récupérer des données génétiques complètes, notamment des séquences, termes GO et phénotypes pour l'analyse fonctionnelle.

Collecte de données génétiques par lots

Traiter efficacement des listes de gènes avec limitation de débit pour les études génomiques à grande échelle.

Recherche d'informations génétiques

Interroger des symboles de gènes et récupérer des informations détaillées à des fins éducatives.

Essayez ces prompts

Trouver un symbole de gène

Trouver des informations sur le gène {gene_symbol} chez {organism} incluant sa localisation chromosomique et sa fonction.

Obtenir des données de séquence

Récupérer les numéros d'accession RefSeq et les données de séquence du gène {gene_id} au format JSON.

Recherche de gènes par lots

Rechercher des informations sur les gènes suivants chez {organism} : {gene_list}. Renvoyer les résultats au format JSON.

Recherche de fonction génique

Trouver les gènes associés à {biological_process} chez {organism} en utilisant les termes Gene Ontology.

Bonnes pratiques

Incluez l'organisme dans votre requête pour éviter les résultats ambigus des symboles de gènes qui existent chez plusieurs espèces
Utilisez les ID de gènes au lieu des symboles lorsqu'une précision est requise, car les symboles de gènes peuvent changer au fil du temps
Incluez votre clé API NCBI pour un traitement par lots plus rapide (jusqu'à 10 requêtes par seconde)

Éviter

Ne faites pas de requêtes individuelles en boucle sans limitation de débit, car cela déclenchera les limites de débit de NCBI
Ne vous appuyez pas uniquement sur les symboles de gènes pour le stockage permanent, car la nomenclature officielle peut changer
Ne supposez pas que tous les symboles de gènes sont uniques au sein d'un organisme sans vérification

Foire aux questions

Comment obtenir une clé API NCBI ?

Inscrivez-vous pour une clé API gratuite sur https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account pour augmenter les limites de débit de 3 à 10 requêtes par seconde.

Quels formats de gènes sont pris en charge ?

Vous pouvez rechercher par symbole de gène officiel (BRCA1), ID de gène (672), ou utiliser des requêtes complexes avec les termes GO et les mots-clés de maladie.

Puis-je récupérer des séquences de protéines ?

Oui, la compétence récupère les accessions RefSeq pour les transcrits et les protéines associés au gène.

Combien de gènes puis-je interroger à la fois ?

Le script par lots prend en charge des centaines de gènes avec limitation de débit automatique. ESummary accepte jusqu'à 500 ID par requête.

Quels formats de sortie sont disponibles ?

Les données peuvent être renvoyées au format JSON pour une utilisation programmatique, XML pour des métadonnées détaillées, ou des résumés texte lisibles par l'homme.

Cette compétence stocke-t-elle des données ?

Non, cette compétence interroge uniquement les API NCBI en temps réel. Toutes les données sont renvoyées directement à l'utilisateur ou écrites dans un fichier de sortie spécifié par l'utilisateur.