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gene-database

Name: gene-database
Author: K-Dense-AI

Niedriges Risiko 🌐 Netzwerkzugriff⚙️ Externe Befehle🔑 Umgebungsvariablen📁 Dateisystemzugriff

Interroger la base de données NCBI Gene

Auch verfügbar von: davila7

Accédez à des données génétiques complètes de NCBI, notamment des séquences, des annotations et des informations fonctionnelles. Recherchez par symbole de gène, ID ou contexte biologique pour récupérer des RefSeqs, Gene Ontology, localisations chromosomiques et phénotypes pour la recherche en bioinformatique.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)

🥉 73 Bronze

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Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "gene-database". Trouver des informations sur BRCA1 chez l'humain

Erwartetes Ergebnis:

ID du gène : 672
Symbole : BRCA1
Description : BRCA1 DNA repair associated
Organisme : Homo sapiens
Chromosome : 17
Localisation : 17q21.31

Verwendung von "gene-database". Trouver les gènes associés au diabète chez l'humain

Erwartetes Ergebnis:

Liste d'ID de gènes avec symbole, description et chromosome pour les gènes associés au diabète
Requête de recherche : diabetes[disease] AND human[organism]

Verwendung von "gene-database". Obtenir les données de gènes par lots pour TP53, EGFR, KRAS

Erwartetes Ergebnis:

Résultats par lots avec ID de gène, symbole, description, organisme, chromosome et localisation cartographique pour chaque gène

Sicherheitsaudit

Niedriges Risiko

v4 • 1/17/2026

This is a legitimate bioinformatics tool for querying NCBI Gene database. All 374 static findings are false positives: markdown backticks in documentation are code formatting (not shell execution), API keys are user-provided CLI arguments (not hardcoded secrets), hardcoded URLs are official NCBI API endpoints, and the network+credential+file pattern is standard API client behavior. No data exfiltration or malicious patterns detected.

Gescannte Dateien

2,293

Analysierte Zeilen

befunde

Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (4)

scripts/query_gene.py:19 scripts/fetch_gene_data.py:17 scripts/batch_gene_lookup.py:53 references/api_reference.md:20-22

⚙️ Externe Befehle (3)

SKILL.md:34-175 references/api_reference.md:20-356 references/common_workflows.md:26-398

🔑 Umgebungsvariablen (3)

scripts/query_gene.py:23-43 scripts/fetch_gene_data.py:56-71 scripts/batch_gene_lookup.py:41-48

📁 Dateisystemzugriff (1)

scripts/batch_gene_lookup.py:287

Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

Architektur

100

Wartbarkeit

Inhalt

Community

Sicherheit

Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Flux de travail d'annotation de gènes

Récupérer des données génétiques complètes, notamment des séquences, termes GO et phénotypes pour l'analyse fonctionnelle.

Collecte de données génétiques par lots

Traiter efficacement des listes de gènes avec limitation de débit pour les études génomiques à grande échelle.

Recherche d'informations génétiques

Interroger des symboles de gènes et récupérer des informations détaillées à des fins éducatives.

Probiere diese Prompts

Trouver un symbole de gène

Trouver des informations sur le gène {gene_symbol} chez {organism} incluant sa localisation chromosomique et sa fonction.

Obtenir des données de séquence

Récupérer les numéros d'accession RefSeq et les données de séquence du gène {gene_id} au format JSON.

Recherche de gènes par lots

Rechercher des informations sur les gènes suivants chez {organism} : {gene_list}. Renvoyer les résultats au format JSON.

Recherche de fonction génique

Trouver les gènes associés à {biological_process} chez {organism} en utilisant les termes Gene Ontology.

Bewährte Verfahren

Incluez l'organisme dans votre requête pour éviter les résultats ambigus des symboles de gènes qui existent chez plusieurs espèces
Utilisez les ID de gènes au lieu des symboles lorsqu'une précision est requise, car les symboles de gènes peuvent changer au fil du temps
Incluez votre clé API NCBI pour un traitement par lots plus rapide (jusqu'à 10 requêtes par seconde)

Vermeiden

Ne faites pas de requêtes individuelles en boucle sans limitation de débit, car cela déclenchera les limites de débit de NCBI
Ne vous appuyez pas uniquement sur les symboles de gènes pour le stockage permanent, car la nomenclature officielle peut changer
Ne supposez pas que tous les symboles de gènes sont uniques au sein d'un organisme sans vérification

Häufig gestellte Fragen

Comment obtenir une clé API NCBI ?

Inscrivez-vous pour une clé API gratuite sur https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account pour augmenter les limites de débit de 3 à 10 requêtes par seconde.

Quels formats de gènes sont pris en charge ?

Vous pouvez rechercher par symbole de gène officiel (BRCA1), ID de gène (672), ou utiliser des requêtes complexes avec les termes GO et les mots-clés de maladie.

Puis-je récupérer des séquences de protéines ?

Oui, la compétence récupère les accessions RefSeq pour les transcrits et les protéines associés au gène.

Combien de gènes puis-je interroger à la fois ?

Le script par lots prend en charge des centaines de gènes avec limitation de débit automatique. ESummary accepte jusqu'à 500 ID par requête.

Quels formats de sortie sont disponibles ?

Les données peuvent être renvoyées au format JSON pour une utilisation programmatique, XML pour des métadonnées détaillées, ou des résumés texte lisibles par l'homme.

Cette compétence stocke-t-elle des données ?

Non, cette compétence interroge uniquement les API NCBI en temps réel. Toutes les données sont renvoyées directement à l'utilisateur ou écrites dans un fichier de sortie spécifié par l'utilisateur.