biopython
Analyser des données de biologie moléculaire avec Biopython
Le travail en bio-informatique nécessite souvent une analyse syntaxique précise, un accès aux bases de données et des étapes d’analyse reproductibles. Cette compétence guide Claude, Codex et Claude Code dans des workflows Biopython pratiques pour les données de biologie moléculaire.
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Review the Skillstore skill "biopython" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-biopython/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.Your Agent should still show its plan and request any confirmation required by the security policy.
Agent-readable resources
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Test it
Using "biopython". Résumer un fichier FASTA contenant de nombreux enregistrements.
Expected outcome:
- La réponse identifie l’analyseur SeqIO pertinent et le nom du format.
- Elle recommande de traiter les enregistrements un par un en flux pour les grands fichiers.
- Elle décrit un tableau récapitulatif concis avec les identifiants, longueurs et descriptions des séquences.
Using "biopython". Récupérer des enregistrements GenBank depuis NCBI pour une liste d’accessions.
Expected outcome:
- La réponse explique que l’adresse e-mail Entrez est requise avant les requêtes.
- Elle décrit les étapes de recherche ou de récupération, la fermeture des handles et les choix de format.
- Elle mentionne les limites de débit et recommande la mise en cache des enregistrements téléchargés.
Using "biopython". Analyser les distances dans une structure protéique PDB.
Expected outcome:
- La réponse choisit Bio.PDB comme module pertinent.
- Elle explique la hiérarchie structure, modèle, chaîne, résidu et atome.
- Elle décrit comment comparer les coordonnées atomiques et rapporter des distances interprétables.
Security Audit
SafeAll static findings were adjudicated as false positives after reviewing the referenced documentation context. The skill is a Markdown guidance package for Biopython workflows, and I found no prompt injection, credential exfiltration, hidden execution, or malicious network intent.
Risk Factors
🔑 Env variables (4)
📁 Filesystem access (6)
🌐 Network access (6)
⚙️ External commands (50)
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[](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython?utm_source=security_passport_badge)HTML badge
<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-biopython/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>Embed card
<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-biopython.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>Academic citations (APA · BibTeX · CFF)
APA citation
K-Dense-AI. (2026). biopython security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython/audits/7BibTeX citation
@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-biopython-2026,
author = {K-Dense-AI},
title = {biopython security audit report (audit version 7)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {7},
url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython/audits/7},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "biopython security audit report (audit version 7)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython/audits/7"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:k-dense-ai-biopython:audit:7"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Compare variants
2 installable variantsEach author remains a separate installable skill. The recommended variant is ranked by Skillstore evidence.
Why this variant is first
k-dense-ai-biopython
2026-09-09
davila7-biopython
2026-09-09
Skillstore Score
Why this score Evidence Confidence: HighWhat You Can Build
Traiter des jeux de données de séquences
Analyser des fichiers FASTA ou GenBank, calculer des propriétés de séquences, convertir des formats et traiter efficacement de grands jeux de données en flux.
Récupérer des enregistrements NCBI
Rechercher dans PubMed ou GenBank, récupérer des enregistrements, suivre les liens vers les bases de données associées et respecter les exigences d’utilisation de NCBI.
Inspecter des structures protéiques
Lire des fichiers PDB ou mmCIF, naviguer dans les chaînes et les résidus, calculer des distances et exporter des régions de structure sélectionnées.
Try These Prompts
Montre-moi comment lire un fichier FASTA avec Biopython et résumer l’identifiant, la longueur et la description de chaque séquence.
Aide-moi à rechercher un sujet de biologie dans NCBI PubMed, à récupérer les premiers résultats et à expliquer les paramètres Entrez requis.
Crée un workflow Biopython qui exécute une recherche BLAST, enregistre le résultat, analyse les meilleurs hits et les filtre par E-value.
Conçois un pipeline Biopython reproductible qui convertit des enregistrements GenBank en FASTA, aligne des séquences, construit un arbre et consigne les paramètres.
Best Practices
- Définir l’adresse e-mail Entrez et respecter les limites de débit NCBI avant d’utiliser les exemples de bases de données en ligne.
- Utiliser des itérateurs et des analyseurs en flux pour les grands fichiers biologiques.
- Consigner les formats de fichiers, les seuils, les noms de bases de données et les versions d’outils pour une analyse reproductible.
Avoid
- Ne pas coder en dur de vraies clés API ni des coordonnées personnelles dans des scripts partagés.
- Ne pas exécuter de grandes requêtes web BLAST ou Entrez répétées sans mettre les résultats en cache.
- Ne pas supposer que les noms de formats d’analyseurs correspondent aux fichiers sans vérifier le format d’entrée.
Frequently Asked Questions
À quoi sert cette compétence ?
Installe-t-elle Biopython automatiquement ?
Peut-elle accéder aux bases de données NCBI ?
Prend-elle en charge les workflows BLAST ?
Peut-elle analyser des structures protéiques ?
Convient-elle aux très grands jeux de données ?
Developer Details
Author
K-Dense-AILicense
Unknown
Skillstore revision
r1
Version notice
The author did not declare a version.
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/biopythonRef
a25199bc7d6b82598536822d1738eb5d5f54025b
Maintenance freshness
7/20/2026
Usage
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File structure