技能 uniprot-database
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uniprot-database

安全 ⚡ 包含腳本🌐 網路存取

Rechercher la base de données de protéines UniProt

也可從以下取得: K-Dense-AI

Besoin de trouver des séquences de protéines et des annotations à partir d'UniProt ? Interrogez les bases de données de protéines par nom, gène, numéro d'accession ou organisme. Récupérez des séquences, mappez des identifiants et accédez aux annotations fonctionnelles via l'API REST.

支援: Claude Codex Code(CC)
🥈 78 白銀
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開啟並開始使用

測試它

正在使用「uniprot-database」。 Rechercher des protéines d'hémoglobine humaines avec statut révisé

預期結果:

  • 3 protéines d'hémoglobine humaines révisées trouvées :
  • • P68871 - HBB (Hemoglobin subunit beta) - Longueur : 147 aa
  • • P69905 - HBA1 (Hemoglobin subunit alpha 1) - Longueur : 142 aa
  • • P69902 - HBA2 (Hemoglobin subunit alpha 2) - Longueur : 142 aa

正在使用「uniprot-database」。 Obtenir la séquence FASTA pour l'insuline humaine

預期結果:

  • Séquence récupérée pour P01308 (INS_HUMAN) :
  • >sp|P01308|INS_HUMAN Insulin precursor - Homo sapiens (Human)
  • MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT...

安全審計

安全
v5 • 1/17/2026

Legitimate bioinformatics tool providing read-only access to the authoritative UniProt protein database via HTTPS. All static analysis findings are false positives: markdown code fences were misidentified as shell commands, HTTPS URLs as weak crypto, and legitimate API calls as reconnaissance. The actual code contains no malicious patterns.

7
已掃描檔案
2,035
分析行數
2
發現項
5
審計總數

風險因素

審計者: claude 查看審計歷史 →

品質評分

68
架構
100
可維護性
87
內容
30
社群
100
安全
91
規範符合性

你能建構什麼

Rechercher la fonction des protéines

Trouvez des séquences de protéines, des annotations fonctionnelles, des termes GO et des références croisées pour des projets d'analyse génétique.

Récupérer des séquences par lots

Téléchargez de grands ensembles de données de protéines au format FASTA pour la phylogénétique, la prédiction de structure ou l'analyse comparative.

Mapper des identifiants de protéines

Convertissez des identifiants de protéines entre UniProt, PDB et d'autres bases de données pour intégrer des sources de données.

試試這些提示

Recherche de protéines de base
Search UniProt for insulin proteins in humans using the query: 'insulin AND organism_name:"Homo sapiens"' and return the results in JSON format.
Récupérer une séquence
Retrieve the protein sequence for UniProt accession P01308 in FASTA format.
Mapper des identifiants
Map the UniProt accessions P01308 and P04637 to their corresponding PDB IDs using the ID mapping service.
Recherche avancée
Search UniProt for reviewed human kinases that have PDB structures. Use the query: 'protein_name:kinase AND organism_id:9606 AND reviewed:true AND xref:pdb'. Return accession, gene names, and PDB cross-references in JSON format.

最佳實務

  • Utilisez reviewed:true dans les requêtes pour obtenir des entrées Swiss-Prot de haute qualité avec des annotations fiables
  • Demandez uniquement les champs nécessaires en utilisant le paramètre fields pour réduire la bande passante et améliorer le temps de réponse
  • Implémentez une gestion d'erreurs appropriée avec response.raise_for_status() pour détecter rapidement les échecs de l'API

避免

  • Ne faites pas d'appels API illimités sans limitation de débit ; UniProt applique des politiques d'utilisation
  • Ne supposez pas que toutes les entrées TrEMBL ont une validation expérimentale ; ce sont des prédictions computationnelles
  • N'ignorez pas les identifiants échoués dans les résultats de mappage d'identifiants ; vérifiez le champ failedIds pour les mappages incomplets

常見問題

Quels types d'entrées UniProt dois-je utiliser ?
Les entrées Swiss-Prot sont révisées manuellement et fiables. Les entrées TrEMBL sont prédites informatiquement. Utilisez reviewed:true pour la qualité.
Quels formats sont pris en charge ?
JSON, TSV, Excel, XML, FASTA, RDF, TXT. Choisissez selon votre flux de travail : FASTA pour les séquences, TSV pour les tableaux, JSON pour l'analyse syntaxique.
Combien de protéines puis-je récupérer en une fois ?
Le point de terminaison de recherche renvoie jusqu'à 500 résultats par requête. Utilisez la pagination ou le point de terminaison stream pour de grands ensembles de données sans limites.
Mes données sont-elles en sécurité ?
Ce skill lit uniquement les données publiques d'UniProt. Aucune donnée utilisateur n'est stockée ou transmise à des tiers au-delà de l'API officielle UniProt.
Pourquoi ma requête a-t-elle échoué ?
Vérifiez la syntaxe de votre requête, assurez-vous que les formats de numéros d'accession sont corrects et vérifiez que vous ne dépassez pas les limites de débit. Essayez des lots plus petits.
Comment cela se compare-t-il à bioservices ?
Ce skill fournit un accès direct à l'API REST UniProt. Utilisez bioservices pour un accès unifié à plus de 40 bases de données bioinformatiques en Python.