スキル uniprot-database
📦

uniprot-database

コンテンツリビジョン r2 低リスク ⚙️ 外部コマンド🌐 ネットワークアクセス📁 ファイルシステムへのアクセス

Interroger les données protéiques d’UniProt

La recherche sur les protéines nécessite souvent des recherches précises, des séquences, des annotations et des correspondances d’identifiants provenant d’UniProt. Cette compétence fournit des workflows REST directs et un client Python pour un accès reproductible aux données protéiques.

対応: Claude Codex Code(CC)
Maintain this Skill? Claim it 🥉 78 ブロンズ

自分のエージェントでインストール

このリクエストをエージェントにコピーしてください。正規の Skill ページとマニフェストが含まれています。

エージェントリクエスト
Review the Skillstore skill "uniprot-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-uniprot-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

エージェントは引き続き計画を提示し、セキュリティポリシーで必要な確認を求める必要があります。

エージェントが読めるリソース

AI エージェント、クローラー、スクリプトがページ全体ではなく整理されたコンテキストを必要とする場合は、これらのリンクを使ってください。

テストする

「uniprot-database」を使用しています。 Trouvez l’entrée validée de l’insuline humaine et résumez-la.

期待される結果:

  • Numéro d’accession principal : P01308
  • Protéine : précurseur de l’insuline
  • Organisme : Homo sapiens
  • Une séquence FASTA et les annotations sélectionnées sont incluses.

「uniprot-database」を使用しています。 Établissez la correspondance de P01308 et P04637 entre UniProtKB et PDB.

期待される結果:

  • Une tâche UniProt de correspondance d’identifiants a été soumise.
  • Les identifiants PDB correspondants sont regroupés par numéro d’accession source.
  • Les correspondances sans résultat et les relations un-à-plusieurs sont signalées séparément.

「uniprot-database」を使用しています。 Préparez le téléchargement FASTA de kinases humaines validées.

期待される結果:

Une requête de kinases humaines validées est préparée. Les résultats sont diffusés par blocs vers la destination sélectionnée avec des vérifications empêchant tout écrasement.

セキュリティ監査

低リスク

All 129 static alerts are false positives after contextual review. Backtick alerts are Markdown or JavaScript literals; network calls target documented UniProt endpoints, while file writes are explicit download examples. The Python ID-mapping helper has unbounded polling and lacks request timeouts, creating a low-severity availability risk.

6
スキャンされたファイル
1,765
解析済み行数
0
レビュー項目
0
誤検知を無視

確認済みのセキュリティ上の懸念 (1)

低
Unbounded ID-mapping polling
The ID-mapping loop has no maximum attempts, and requests omit timeouts. A stalled API can keep an agent process occupied indefinitely.
The loop condition is unconditional and has no deadline or attempt limit. The surrounding requests also omit timeout arguments.

リスク要因

⚙️ 外部コマンド (46)
🌐 ネットワークアクセス (50)
references/api_examples.md:253 references/api_examples.md:269 references/api_examples.md:294 references/api_examples.md:303 references/api_examples.md:315 references/api_examples.md:19 references/api_examples.md:34 references/api_examples.md:50 references/api_examples.md:68 references/api_examples.md:74 references/api_examples.md:82 references/api_examples.md:102 references/api_examples.md:130 references/api_examples.md:356 references/api_examples.md:392 references/api_examples.md:12 references/api_examples.md:32 references/api_examples.md:43 references/api_examples.md:61 references/api_examples.md:72 references/api_examples.md:81 references/api_examples.md:96 references/api_examples.md:117 references/api_examples.md:155 references/api_examples.md:161 references/api_examples.md:167 references/api_examples.md:173 references/api_examples.md:181 references/api_examples.md:187 references/api_examples.md:199 references/api_examples.md:220 references/api_examples.md:233 references/api_examples.md:251 references/api_examples.md:267 references/api_examples.md:287 references/api_examples.md:301 references/api_examples.md:314 references/api_examples.md:334 references/api_examples.md:386 references/api_fields.md:223 references/api_fields.md:9 references/api_fields.md:217 references/api_fields.md:223 references/id_mapping_databases.md:9 references/id_mapping_databases.md:9 references/id_mapping_databases.md:260 references/id_mapping_databases.md:265 references/id_mapping_databases.md:273 references/id_mapping_databases.md:278 scripts/uniprot_client.py:61
📁 ファイルシステムへのアクセス (2)
監査者: codex 監査履歴を表示 →
このレポートを共有・引用

バージョン付き評価レポート、中立的なバッジ、埋め込みカード、引用を共有できます。Skillstore は証拠を報告しますが、この Skill が安全かどうかは判断しません。

バージョン別レポートを開く
セキュリティ評価

レポートリンクをコピー

https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database/audits/9?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

Markdownバッジ

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/davila7-uniprot-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database?utm_source=security_passport_badge)

HTMLバッジ

<a href="https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/davila7-uniprot-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

埋め込みカード

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/davila7-uniprot-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
学術引用 (APA · BibTeX · CFF)

APA形式の引用

davila7. (2026). uniprot-database security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database/audits/9

BibTeX形式の引用

@techreport{davila7-davila7-uniprot-database-2026, author = {davila7}, title = {uniprot-database security audit report (audit version 9)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {9}, url = {https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database/audits/9}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "uniprot-database security audit report (audit version 9)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "davila7" date-released: "2026-07-23" url: "https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database/audits/9" identifiers: - type: other value: "skillstore:davila7-uniprot-database:audit:9" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

バリアントを比較

インストール可能なバリアント 2 件

各作者のスキルは個別のインストール項目として維持されます。推奨バリアントは Skillstore の証拠で順位付けされます。

このバリアントが首位の理由

Skillstore スコアが最高
davila7 推奨 現在

davila7-uniprot-database

Skillstore スコア 78
証拠の信頼度 高
Skillstore 利用状況 16
更新済み

2026-09-09

k-dense-ai-uniprot-database

Skillstore スコア 38
証拠の信頼度 中
Skillstore 利用状況 17
更新済み

2026-09-09

Skillstore スコア

このスコアの理由 証拠の信頼度: 高
68
アーキテクチャ
85
保守性
87
コンテンツ
70
コミュニティ
83
仕様準拠

作成できるもの

Trouver des enregistrements protéiques validés

Trouver des protéines validées selon le gène, la fonction, l’organisme, la taxonomie ou l’annotation, puis récupérer des champs ciblés à des fins d’analyse.

Créer des workflows bio-informatiques

Intégrer la récupération de séquences, la recherche par lots, la diffusion en continu et la correspondance d’identifiants dans des workflows Python ou des pipelines en ligne de commande.

Normaliser les identifiants biologiques

Convertir des ensembles de numéros d’accession entre UniProt, Ensembl, RefSeq, PDB, GO et d’autres systèmes d’identifiants pris en charge.

これらのプロンプトを試す

Récupérer une séquence protéique
Trouvez l’entrée UniProt validée correspondant à l’insuline humaine. Retournez le numéro d’accession principal, le nom de la protéine, la longueur de la séquence et la séquence FASTA.
Créer une recherche ciblée de protéines
Recherchez les protéines BRCA1 humaines validées. Retournez le numéro d’accession, les noms de gènes, le nom de la protéine, la longueur, la fonction, les commentaires relatifs aux maladies et les références croisées PDB dans un tableau concis.
Établir des correspondances d’identifiants entre plusieurs bases de données
Établissez la correspondance entre ces identifiants de protéines RefSeq et UniProtKB ainsi qu’Ensembl : {identifiers}. Indiquez les correspondances réussies, les identifiants sans correspondance et les relations un-à-plusieurs.
Concevoir un workflow de récupération évolutif
Créez un workflow avec limitation du débit pour cette requête UniProt : {query}. Sélectionnez les champs requis, gérez la pagination ou la diffusion en continu, ajoutez des délais d’expiration et empêchez l’écrasement accidentel de fichiers.

ベストプラクティス

  • Privilégiez reviewed:true lorsque des enregistrements Swiss-Prot validés manuellement sont requis.
  • Demandez uniquement les champs nécessaires et choisissez FASTA, TSV ou JSON selon l’utilisation en aval.
  • Définissez des délais d’expiration, des limites de débit, des échéances d’interrogation et des vérifications empêchant l’écrasement avant de lancer des téléchargements volumineux.

回避

  • Ne considérez pas les prédictions TrEMBL non validées comme des données probantes vérifiées manuellement.
  • Ne diffusez pas de vastes jeux de données sans estimer la taille des résultats et choisir une destination.
  • Ne transmettez pas de chemins de fichiers non validés et n’écrasez pas les résultats existants sans autorisation explicite.

よくある質問

Cette compétence nécessite-t-elle une clé API UniProt ?
Non. Les workflows inclus utilisent les endpoints REST publics d’UniProt sans authentification.
Peut-elle rechercher des entrées validées et non validées ?
Oui. Utilisez reviewed:true pour Swiss-Prot ou reviewed:false pour les entrées TrEMBL.
Quels formats de sortie sont pris en charge ?
Les références couvrent JSON, TSV, Excel, XML, FASTA, RDF, texte, GFF et les formats associés propres à chaque endpoint.
Peut-elle établir la correspondance d’identifiants provenant d’autres bases de données ?
Oui. Le workflow de correspondance d’identifiants prend en charge UniProt, Ensembl, RefSeq, PDB, GO et de nombreuses autres bases de données répertoriées.
Peut-elle gérer de grands ensembles de résultats ?
Oui. Elle prend en charge la pagination, le traitement par lots et la diffusion en continu, mais les appelants doivent ajouter des délais d’expiration, des limites de débit et une durée d’interrogation limitée.
Écrit-elle automatiquement des fichiers ?
Le client inclus affiche les résultats. Certains exemples de téléchargement de référence écrivent des fichiers et peuvent écraser les destinations existantes.

開発者情報

作成者

davila7

ライセンス

MIT

Skillstore リビジョン

r2

バージョンに関する注意

作者はバージョンを宣言していません。

参照

c43861a65bb95efcae259cd161c9d6f4dc7eec6f

メンテナンスの新しさ

2026/7/26

利用状況

8 ダウンロード · 194 閲覧

davila7 のその他のスキル

すべて表示
すべて表示