La recherche sur les protéines nécessite souvent des recherches précises, des séquences, des annotations et des correspondances d’identifiants provenant d’UniProt. Cette compétence fournit des workflows REST directs et un client Python pour un accès reproductible aux données protéiques.
Review the Skillstore skill "uniprot-database" from https://skillstore.io/skills/davila7-uniprot-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/davila7-uniprot-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.
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エージェントが読めるリソース
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「uniprot-database」を使用しています。 Trouvez l’entrée validée de l’insuline humaine et résumez-la.
期待される結果:
Numéro d’accession principal : P01308
Protéine : précurseur de l’insuline
Organisme : Homo sapiens
Une séquence FASTA et les annotations sélectionnées sont incluses.
「uniprot-database」を使用しています。 Établissez la correspondance de P01308 et P04637 entre UniProtKB et PDB.
期待される結果:
Une tâche UniProt de correspondance d’identifiants a été soumise.
Les identifiants PDB correspondants sont regroupés par numéro d’accession source.
Les correspondances sans résultat et les relations un-à-plusieurs sont signalées séparément.
「uniprot-database」を使用しています。 Préparez le téléchargement FASTA de kinases humaines validées.
期待される結果:
Une requête de kinases humaines validées est préparée. Les résultats sont diffusés par blocs vers la destination sélectionnée avec des vérifications empêchant tout écrasement.
All 129 static alerts are false positives after contextual review. Backtick alerts are Markdown or JavaScript literals; network calls target documented UniProt endpoints, while file writes are explicit download examples. The Python ID-mapping helper has unbounded polling and lacks request timeouts, creating a low-severity availability risk.
Trouver des protéines validées selon le gène, la fonction, l’organisme, la taxonomie ou l’annotation, puis récupérer des champs ciblés à des fins d’analyse.
Créer des workflows bio-informatiques
Intégrer la récupération de séquences, la recherche par lots, la diffusion en continu et la correspondance d’identifiants dans des workflows Python ou des pipelines en ligne de commande.
Normaliser les identifiants biologiques
Convertir des ensembles de numéros d’accession entre UniProt, Ensembl, RefSeq, PDB, GO et d’autres systèmes d’identifiants pris en charge.
これらのプロンプトを試す
Récupérer une séquence protéique
Trouvez l’entrée UniProt validée correspondant à l’insuline humaine. Retournez le numéro d’accession principal, le nom de la protéine, la longueur de la séquence et la séquence FASTA.
Créer une recherche ciblée de protéines
Recherchez les protéines BRCA1 humaines validées. Retournez le numéro d’accession, les noms de gènes, le nom de la protéine, la longueur, la fonction, les commentaires relatifs aux maladies et les références croisées PDB dans un tableau concis.
Établir des correspondances d’identifiants entre plusieurs bases de données
Établissez la correspondance entre ces identifiants de protéines RefSeq et UniProtKB ainsi qu’Ensembl : {identifiers}. Indiquez les correspondances réussies, les identifiants sans correspondance et les relations un-à-plusieurs.
Concevoir un workflow de récupération évolutif
Créez un workflow avec limitation du débit pour cette requête UniProt : {query}. Sélectionnez les champs requis, gérez la pagination ou la diffusion en continu, ajoutez des délais d’expiration et empêchez l’écrasement accidentel de fichiers.
ベストプラクティス
Privilégiez reviewed:true lorsque des enregistrements Swiss-Prot validés manuellement sont requis.
Demandez uniquement les champs nécessaires et choisissez FASTA, TSV ou JSON selon l’utilisation en aval.
Définissez des délais d’expiration, des limites de débit, des échéances d’interrogation et des vérifications empêchant l’écrasement avant de lancer des téléchargements volumineux.
回避
Ne considérez pas les prédictions TrEMBL non validées comme des données probantes vérifiées manuellement.
Ne diffusez pas de vastes jeux de données sans estimer la taille des résultats et choisir une destination.
Ne transmettez pas de chemins de fichiers non validés et n’écrasez pas les résultats existants sans autorisation explicite.
よくある質問
Cette compétence nécessite-t-elle une clé API UniProt ?
Non. Les workflows inclus utilisent les endpoints REST publics d’UniProt sans authentification.
Peut-elle rechercher des entrées validées et non validées ?
Oui. Utilisez reviewed:true pour Swiss-Prot ou reviewed:false pour les entrées TrEMBL.
Quels formats de sortie sont pris en charge ?
Les références couvrent JSON, TSV, Excel, XML, FASTA, RDF, texte, GFF et les formats associés propres à chaque endpoint.
Peut-elle établir la correspondance d’identifiants provenant d’autres bases de données ?
Oui. Le workflow de correspondance d’identifiants prend en charge UniProt, Ensembl, RefSeq, PDB, GO et de nombreuses autres bases de données répertoriées.
Peut-elle gérer de grands ensembles de résultats ?
Oui. Elle prend en charge la pagination, le traitement par lots et la diffusion en continu, mais les appelants doivent ajouter des délais d’expiration, des limites de débit et une durée d’interrogation limitée.
Écrit-elle automatiquement des fichiers ?
Le client inclus affiche les résultats. Certains exemples de téléchargement de référence écrivent des fichiers et peuvent écraser les destinations existantes.