string-database
Interroger la base de données d'interactions protéiques STRING
متاح أيضًا من: K-Dense-AI
Accédez aux réseaux d'interactions protéine-protéine de la base de données STRING couvrant 59 millions de protéines et 20 milliards d'interactions. Effectuez des analyses d'enrichissement fonctionnel, découvrez des partenaires d'interaction et générez des visualisations de réseaux pour la recherche en biologie des systèmes.
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فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "string-database". Get interaction partners for TP53
النتيجة المتوقعة:
- Principaux interacteurs de TP53 : MDM2 (score 999), MDM4 (score 995), ATM (score 957)
- MDM2 est l'interacteur le plus fort avec des preuves expérimentales
استخدام "string-database". Enrich BRCA1 gene list
النتيجة المتوقعة:
- Réparation de l'ADN (GO:0006281) FDR: 1.2e-15
- Cycle cellulaire (GO:0007049) FDR: 3.4e-12
- Recombinaison homologue (GO:0000724) FDR: 8.9e-10
استخدام "string-database". Create network image
النتيجة المتوقعة:
- Image de réseau générée montrant les connexions TP53, ATM, CHEK2, BRCA1
- Arêtes colorées par type de preuve, épaisseur selon le score de confiance
التدقيق الأمني
آمنAll static findings are false positives. External command detections are markdown code fences, network access is to legitimate STRING database API, filesystem operations save visualization images, and heuristic alerts are standard API client patterns. No malicious intent detected.
عوامل الخطر
🌐 الوصول إلى الشبكة (1)
📁 الوصول إلى نظام الملفات (1)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
Analyse d'interactions protéiques
Analyser les réseaux de protéines pour les listes de gènes issues d'expériences de protéomique ou RNA-seq
Enrichissement de voies métaboliques
Identifier les termes GO et les voies KEGG enrichis dans des ensembles de protéines
Découverte de partenaires d'interaction
Trouver et visualiser les protéines interagissant avec une protéine d'intérêt
جرّب هذه الموجهات
Use string-database to get the interaction network for TP53 and MDM2 at high confidence (score 700)
Perform GO and KEGG enrichment analysis on these proteins: TP53, BRCA1, ATM, CHEK2, MDM2
Create a confidence-colored network image for these cancer genes and save as png
Check if these proteins form a significantly connected module: BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51, ATM
أفضل الممارسات
- Convertir d'abord les noms de gènes en identifiants STRING pour des requêtes plus rapides
- Utiliser un seuil de score de confiance approprié pour vos objectifs d'analyse
- Attendre 1 seconde entre les appels API pour respecter les limites de débit
تجنب
- Ne pas utiliser de seuils de confiance faibles pour les figures de publication
- Ne pas omettre le paramètre d'espèce pour les grandes listes de protéines
- Ne pas négliger la vérification des erreurs lors de l'analyse des réponses API