gtars
Analyser les intervalles génomiques et les pistes de couverture
也可從以下取得: K-Dense-AI
L'analyse d'intervalles génomiques nécessite des outils spécialisés pour traiter les fichiers BED, détecter les chevauchements et générer des pistes de couverture. Gtars fournit des implémentations Rust hautes performances avec des liaisons Python pour les flux de travail en génomique computationnelle et apprentissage automatique.
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開啟並開始使用
測試它
正在使用「gtars」。 Find overlaps between chip_peaks.bed and promoters.bed using gtars
預期結果:
- 245 pics trouvés chevauchant les régions promotrices
- Pics chevauchants écrits dans peaks_in_promoters.bed
- Longueur moyenne de chevauchement : 432pb
- Chromosomes les plus chevauchants : chr1 (89), chr2 (52), chr3 (38)
正在使用「gtars」。 Generate BigWig coverage track from ATAC-seq fragments
預期結果:
- 1,2M fragments traités en 4,2 secondes
- Piste de couverture enregistrée dans atac_coverage.bw
- Pic d'accessibilité à chr1:780000-790000 (enrichissement 12,3x)
安全審計
安全This is a legitimate genomic interval analysis toolkit. All 187 static findings are false positives: bash command examples in documentation (misidentified as shell execution), standard cryptographic digests for the GA4GH refget protocol in bioinformatics, memory-mapped file access for efficient large file handling, and system info commands during installation. No malicious code patterns, network exfiltration, credential access, or obfuscation detected.
風險因素
⚡ 包含腳本 (2)
📁 檔案系統存取 (2)
⚙️ 外部命令 (2)
品質評分
你能建構什麼
Analyse de chevauchement de pics
Identifier les éléments régulateurs chevauchants entre les pics ChIP-seq et les annotations de gènes.
Prétraitement ML génomique
Convertir les coordonnées génomiques en tokens discrets pour les modèles de transformers et l'apprentissage profond.
Traitement de fragments
Diviser les fragments ATAC-seq par codes-barres cellulaires et effectuer une analyse basée sur les clusters.
試試這些提示
Use gtars to find overlaps between two BED files: chip_peaks.bed and promoters.bed. Show regions that overlap.
Generate a BigWig coverage track from atac_fragments.bed using gtars uniwig with 10bp resolution.
Create a TreeTokenizer from training_regions.bed and tokenize these genomic coordinates for a genomic transformer model.
Split fragments.tsv by clusters.txt and generate coverage tracks for each cluster using gtars.
最佳實務
- Construire les index IGD une fois et les réutiliser pour les requêtes répétées afin d'améliorer les performances
- Utiliser le format BigWig au lieu de WIG pour les grands ensembles de données afin de réduire la taille des fichiers et permettre un accès aléatoire efficace
- Activer le traitement parallèle pour les fichiers contenant plus de 100 000 régions
避免
- Traiter des fichiers BED non validés sans vérifier que les noms de chromosomes correspondent à votre référence
- Exécuter une analyse de couverture à résolution d'une base sur des données de génome entier sans considérations de mémoire
- Utiliser des tokenizers sans comprendre l'impact du paramètre de résolution sur les modèles ML en aval