Habilidades medchem
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medchem

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Filtrar moléculas por reglas de similitud a fármaco

También disponible en: davila7

El descubrimiento de fármacos requiere filtrar grandes bibliotecas de compuestos por propiedades tipo fármaco. Esta habilidad aplica reglas establecidas de química medicinal, incluyendo Rule of Five, Veber y filtros PAINS, para priorizar compuestos e identificar alertas estructurales de manera eficiente.

Soporta: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronce
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3

Activa y empieza a usar

Pruébalo

Usando "medchem". Filter this SMILES list for drug-likeness: CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O, c1ccccc1, CCN

Resultado esperado:

  • Aspirin: Pasa Rule of Five
  • Benzene: Pasa Ro5 pero falla requisitos de donadores/aceptores de H
  • Ethylamine: Pasa Rule of Five
  • Resumen: 2 de 3 moléculas pasan criterios de similitud a fármaco

Usando "medchem". Check for PAINS patterns in these molecules

Resultado esperado:

  • No se detectaron patrones PAINS en la primera molécula
  • La segunda molécula contiene subestructura rhodanine (alerta PAINS)
  • La tercera molécula marcada por patrón catechol

Auditoría de seguridad

Seguro
v4 • 1/17/2026

All 288 static findings are false positives. The static analyzer misidentified markdown code fences (backticks) as shell execution, Python file operations as Node.js fs, medicinal chemistry terminology (MD5, DES) as cryptographic weaknesses, and molecule validation as reconnaissance. This is a legitimate drug discovery library with no malicious code.

5
Archivos escaneados
3,480
Líneas analizadas
3
hallazgos
4
Auditorías totales

Factores de riesgo

⚙️ Comandos externos (3)
SKILL.md:27-396 references/api_guide.md:12-581 references/rules_catalog.md:31-577
📁 Acceso al sistema de archivos (1)
scripts/filter_molecules.py:209-392
🌐 Acceso a red (1)
SKILL.md:402-403
Auditado por: claude Ver historial de auditorías →

Puntuación de calidad

64
Arquitectura
100
Mantenibilidad
85
Contenido
20
Comunidad
100
Seguridad
83
Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Priorizar compuestos líderes

Filtrar hits de cribado virtual para identificar candidatos tipo fármaco para síntesis.

Evaluar la calidad de compuestos

Evaluar compuestos sintetizados frente a reglas establecidas de química medicinal.

Diseño de bibliotecas

Diseñar bibliotecas de compuestos enfocadas con propiedades fisicoquímicas óptimas.

Prueba estos prompts

Filtrado básico 
Filter this list of SMILES using the Rule of Five and identify compounds that pass.
Alertas estructurales 
Check these molecules for PAINS patterns and common structural alerts. Report any alerts found.
Optimización de leads 
Apply lead-like criteria and Lilly demerits filter to prioritize compounds for optimization.
Análisis integral 
Apply multiple filters including Rule of Five, NIBR filters, and complexity metrics to my compound library.

Mejores prácticas

  • Combinar múltiples tipos de filtros para una evaluación integral
  • Usar procesamiento en paralelo para bibliotecas de compuestos grandes
  • Documentar decisiones de filtrado para reproducibilidad

Evitar

  • Aceptar o rechazar compuestos a ciegas basándose solo en pasar/fallar reglas
  • Ignorar alertas estructurales en favor de reglas basadas solo en propiedades
  • Aplicar filtros estrictos demasiado temprano en el pipeline de descubrimiento

Preguntas frecuentes

¿Qué es la Rule of Five?
La Rule of Five de Lipinski predice la biodisponibilidad oral basada en MW ≤ 500, LogP ≤ 5, HBD ≤ 5, HBA ≤ 10.
¿Qué son los filtros PAINS?
Los compuestos Pan Assay Interference son moléculas que muestran actividad mediante mecanismos no específicos.
¿Puedo usar esto para el diseño de inhibidores covalentes?
Sí, la habilidad puede identificar Michael acceptors y otros grupos reactivos útiles para inhibidores covalentes.
¿Qué formatos de archivo se admiten?
Los formatos de entrada incluyen CSV, TSV, SDF y archivos de texto plano con SMILES.
¿Esto requiere RDKit?
Sí, medchem depende de RDKit para operaciones moleculares. Instale mediante pip install medchem.
¿Cómo están estructurados los resultados?
Los resultados incluyen estado de aprobación/rechazo para cada regla, información detallada de violaciones y puntuaciones de demérito.

Detalles del desarrollador

Licencia

Apache-2.0 license

Repositorio

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/medchem

Ref.

main

Estructura de archivos

📁 references/

📄 api_guide.md

📄 rules_catalog.md

📁 scripts/

📄 filter_molecules.py

📄 SKILL.md