Fähigkeiten hmdb-database
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hmdb-database

Sicher ⚡ Enthält Skripte🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff🔑 Umgebungsvariablen⚙️ Externe Befehle

Buscar en la Base de Datos del Metaboloma Humano

Auch verfügbar von: davila7

Esta skill proporciona acceso a la Base de Datos del Metaboloma Humano que contiene más de 220,000 entradas de metabolitos. Los investigadores pueden buscar por nombre químico, estructura o identificador para obtener propiedades, espectros y datos de biomarcadores para estudios de metabolómica.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
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Verwendung von "hmdb-database". Find information about caffeine including its HMDB ID, molecular weight, and whether it is a known biomarker.

Erwartetes Ergebnis:

  • HMDB ID: HMDB0001854 (Caffeine)
  • Chemical Formula: C8H10N4O2
  • Molecular Weight: 194.19 g/mol
  • SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
  • Status: Detected in blood, urine, saliva
  • Biomarker Status: No - not currently listed as a disease biomarker
  • Biospecimen Locations: Blood, Urine, Saliva, Breast Milk
  • Concentration in Urine: Typically 0.1-10 mg/L (varies by caffeine intake)

Verwendung von "hmdb-database". Search for metabolites that are biomarkers for diabetes and show their normal and abnormal concentration ranges in blood.

Erwartetes Ergebnis:

  • Several HMDB metabolites are associated with diabetes biomarker status:
  • 1. Glucose (HMDB0000122) - Elevated in diabetic conditions
  • 2. HbA1c (HMDB0000741) - Key diabetes monitoring biomarker
  • 3. Fructosamine (HMDB0002044) - Short-term glucose control indicator
  • Typical blood concentration ranges will be shown with age and condition considerations.

Verwendung von "hmdb-database". What metabolic pathways involve cholesterol and what are the associated SMPDB pathway IDs?

Erwartetes Ergebnis:

  • Cholesterol (HMDB0000067) is involved in multiple pathways:
  • 1. Steroid Biosynthesis (SMP0000001)
  • 2. Bile Acid Biosynthesis (SMP0000012)
  • 3. Lipid Metabolism (SMP0000035)
  • Each pathway shows associated enzymes, reactions, and cross-references to KEGG.

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

This is a pure documentation skill with no executable code. All 129 static findings are FALSE POSITIVES caused by markdown formatting patterns being misidentified as security issues. The backticks detected are markdown inline code spans (e.g., `accession`, `smiles`, `inchi`), not Ruby/shell command execution. The 'weak cryptographic algorithm' detections are chemical identifiers (InChI/InChIKey), not encryption. The hardcoded URLs are legitimate HMDB database endpoints essential to the skill's function. No code, network calls, file system access, or command execution exists.

3
Gescannte Dateien
1,203
Analysierte Zeilen
5
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

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Keine spezifischen Standorte aufgezeichnet
🌐 Netzwerkzugriff
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📁 Dateisystemzugriff
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🔑 Umgebungsvariablen
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⚙️ Externe Befehle
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Qualitätsbewertung

41
Architektur
90
Wartbarkeit
87
Inhalt
21
Community
100
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Identificar Metabolitos Desconocidos

Emparejar espectros experimentales de MS o NMR contra bibliotecas de referencia de HMDB para identificar compuestos desconocidos en muestras.

Encontrar Asociaciones de Biomarcadores

Buscar metabolitos asociados con enfermedades específicas y revisar rangos de concentración para aplicaciones diagnósticas.

Referencia Cruzada de Identificadores Químicos

Mapear entradas de HMDB a bases de datos externas como KEGG, PubChem y ChEBI para análisis de vías integrado.

Probiere diese Prompts

Búsqueda Básica de Metabolitos 
Find information about {metabolite_name} in HMDB. Include its chemical formula, molecular weight, and SMILES string.
Búsqueda de Biomarcadores 
Search HMDB for metabolites that serve as biomarkers for {disease_name}. List their concentration ranges in relevant biofluids.
Emparejamiento de Espectros 
Find HMDB metabolites with NMR spectra matching a 600 MHz proton NMR. Which compounds have peaks in the 7-8 ppm aromatic region?
Integración de Vías 
Find the SMPDB pathway IDs for metabolites in the {pathway_name} pathway. Cross-reference with KEGG pathway identifiers.

Bewährte Verfahren

  • Siempre cite HMDB en publicaciones usando el formato recomendado en su documentación
  • Anote la versión de HMDB (actualmente v5.0) en su investigación para reproducibilidad
  • Descargue conjuntos de datos completos para análisis a gran escala en lugar de realizar consultas web repetidas

Vermeiden

  • No intente web scraping contra HMDB - contáctelos para obtener acceso a la API en su lugar
  • No asuma que todos los campos están poblados para cada metabolito (los datos de concentración son escasos)
  • No confunda datos de espectros predichos con datos experimentales sin verificar los indicadores de calidad

Häufig gestellte Fragen

¿Cómo accedo a HMDB programáticamente?
HMDB no ofrece una API REST pública. Contacte eponine@ualberta.ca para acceso académico o use el paquete R hmdbQuery.
¿Qué formatos de archivo puedo descargar?
HMDB ofrece formatos XML, SDF, FASTA, TXT, CSV y TSV para diferentes tipos de datos incluyendo estructuras y espectros.
¿Cuántos metabolitos hay en HMDB?
HMDB versión 5.0 contiene más de 220,000 entradas de metabolitos con más de 130 campos de datos por compuesto.
¿Puedo usar HMDB para fines comerciales?
El uso comercial requiere permiso explícito. Contacte samackay@ualberta.ca para solicitar una licencia comercial.
¿Con qué identificadores puedo buscar?
Buscar por número de acceso HMDB, nombre de metabolito, sinónimos, SMILES, InChI, InChIKey, o referencias cruzadas de KEGG/PubChem.
¿HMDB incluye datos espectrales?
Sí, espectros NMR (1H, 13C, 2D), MS, MS-MS, GC-MS y LC-MS están disponibles para muchos metabolitos.

Entwicklerdetails

Lizenz

HMDB is offered to the public as a freely available resource. Use and re-distribution of the data, in whole or in part, for commercial purposes requires explicit permission of the authors and explicit acknowledgment of the source material (HMDB) and the original publication (see the HMDB citing page). We ask that users who download significant portions of the database cite the HMDB paper in any resulting publications.

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/hmdb-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 hmdb_data_fields.md

📄 SKILL.md