Habilidades chembl-database

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chembl-database

Name: chembl-database
Author: K-Dense-AI

Seguro ⚙️ Comandos externos🌐 Acceso a red

Consultar moléculas bioactivas y datos de descubrimiento de fármacos en ChEMBL

También disponible en: davila7

Accede a la base de datos ChEMBL para buscar compuestos por estructura y propiedades. Recupera medidas de bioactividad, encuentra inhibidores y realiza estudios de relación estructura-actividad para investigación en descubrimiento de fármacos.

Soporta: Claude Codex Code(CC)

🥉 75 Bronce

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Activa y empieza a usar

Pruébalo

Usando "chembl-database". Obtener información sobre la aspirina de ChEMBL

Resultado esperado:

ChEMBL ID: CHEMBL25
Nombre preferido: ASPIRIN
Peso molecular: 180.16 g/mol
LogP: 1.19
Tipo de fármaco: Molécula pequeña
Primera aprobación: 1930

Usando "chembl-database". Encontrar inhibidores de quinasas con IC50 por debajo de 100 nM

Resultado esperado:

Se recuperaron 247 inhibidores de quinasas con IC50 < 100 nM
Los principales hits incluyen fármacos aprobados como Imatinib, Gefitinib y Erlotinib
Resultados ordenados por potencia (IC50 más bajo primero)

Usando "chembl-database". Encontrar compuestos similares a la cafeína

Resultado esperado:

Se encontraron 156 compuestos similares a la cafeína (>80% de similitud)
Más similares: Teobromina (96%), Teofilina (94%)
Incluye derivados de xantina naturales y análogos sintéticos

Auditoría de seguridad

Seguro

v4 • 1/17/2026

All 198 static findings are FALSE POSITIVES. The analyzer misidentified markdown code formatting (backticks) as shell command execution, SMILES chemical notation as shell operators, and documentation URLs as network endpoints. This is a legitimate scientific database integration skill containing only documentation for the ChEMBL Web Resource Client library. The Python example file contains only wrapper functions that call the official chembl_webresource_client library. No executable malicious code or dangerous functionality exists.

Archivos escaneados

3,084

Líneas analizadas

hallazgos

Auditorías totales

Factores de riesgo

⚙️ Comandos externos (155)

🌐 Acceso a red (10)

references/api_reference.md:269 references/api_reference.md:270 references/api_reference.md:271 references/api_reference.md:272 skill-report.json:6 SKILL.md:382 SKILL.md:383 SKILL.md:384 SKILL.md:385 SKILL.md:386

Auditado por: claude Ver historial de auditorías →

Puntuación de calidad

Arquitectura

100

Mantenibilidad

Contenido

Comunidad

100

Seguridad

Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Encontrar inhibidores para dianas farmacológicas

Buscar inhibidores potentes de dianas específicas como EGFR o quinasas consultando medidas de bioactividad.

Analizar interacciones fármaco-diana

Recuperar mecanismos de fármacos, indicaciones y perfiles de actividad para comprender las relaciones compuesto-diana.

Estudios de relación estructura-actividad

Encontrar compuestos similares y analizar propiedades moleculares para identificar patrones de estructura-actividad.

Prueba estos prompts

Encontrar molécula por ID

Obtener información sobre la molécula CHEMBL25 (aspirina) de ChEMBL

Buscar por propiedades

Encontrar todas las moléculas con peso molecular menor a 500, LogP menor a 5 y como máximo 10 aceptores de enlaces de hidrógeno

Consultar bioactividad

Encontrar todos los inhibidores de EGFR con valores IC50 por debajo de 100 nM

Búsqueda por estructura

Encontrar compuestos similares a la aspirina (CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O) con 85 por ciento de similitud

Mejores prácticas

Usar caché para respetar los límites de velocidad al realizar consultas repetidas
Aplicar filtros de peso molecular y LogP temprano para reducir los conjuntos de resultados
Siempre verificar el campo data_validity_comment para posibles problemas

Evitar

Hacer solicitudes consecutivas rápidas sin respetar los límites de velocidad
Ignorar la normalización de pchembl_value al comparar actividades
Asumir que todos los compuestos en ChEMBL están verificados experimentalmente

Preguntas frecuentes

¿Qué es ChEMBL?

ChEMBL es una base de datos de moléculas bioactivas curada manualmente y mantenida por EBI, que contiene más de 2 millones de compuestos.

¿Esta skill requiere claves API?

No, ChEMBL es una base de datos pública gratuita. No se requiere autenticación para consultas básicas.

¿Qué valores de actividad están disponibles?

ChEMBL proporciona IC50, Ki, Kd, EC50 y otras medidas de bioactividad con unidades estandarizadas.

¿Puedo buscar por estructura química?

Sí, usa cadenas SMILES para búsquedas de similitud y coincidencia de subestructura.

¿Cómo se devuelven los resultados?

Los resultados son iteradores de evaluación diferida. Convierte a list() para forzar la ejecución.

¿Cuáles son buenos filtros de propiedades para similitud a fármacos?

MW menor a 5, LogP menor a 5, HBA menor a 10, HBD menor a 5 siguen la regla de 5 de Lipinski.

Detalles del desarrollador

Autor

K-Dense-AI

Licencia

MIT

Repositorio

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/chembl-database

Ref.

main

Estructura de archivos

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 example_queries.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md