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PubMed biomedizinische Literatur durchsuchen

Auch verfügbar von: davila7

Forscher benötigen effizienten Zugang zu biomedizinischer Literatur für systematische Reviews und evidenzbasierte Forschung. Diese Fähigkeit bietet umfassende Dokumentation für PubMed-Abfragen einschließlich boolescher Operatoren, MeSH-Begriffe und E-utilities API-Zugriff.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
📊 70 Angemessen
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Verwendung von "pubmed-database". Suche nach systematischen Reviews zu maschinellem Lernen in der medizinischen Bildgebung, veröffentlicht 2023-2024

Erwartetes Ergebnis:

  • Query: (machine learning[mh] OR deep learning[tiab] OR artificial intelligence[tiab]) AND (medical imaging[mh] OR radiology[tiab] OR diagnostic imaging[tiab]) AND systematic review[pt] AND 2023:2024[dp]
  • Ergebnis: 247 Artikel gefunden
  • Top-Treffer umfassen:
  • - Deep learning in radiology: a systematic review (PMID: 38012345)
  • - Machine learning for medical image analysis: systematic review (PMID: 37987654)

Verwendung von "pubmed-database". Finde klinische Studien zu Metformin bei Typ-2-Diabetes mit kardiovaskulären Endpunkten

Erwartetes Ergebnis:

  • Query: (metformin[nm] OR biguanides[mh]) AND diabetes mellitus, type 2[mh] AND cardiovascular diseases[mh] AND randomized controlled trial[pt] AND hasabstract[text]
  • Ergebnis: 89 Artikel gefunden
  • Wichtige Studien:
  • - Metformin and cardiovascular outcomes in type 2 diabetes (PMID: 36543210)
  • - Long-term cardiovascular effects of metformin (PMID: 36123456)

Sicherheitsaudit

Sicher
v5 • 1/21/2026

All static findings are false positives. This is a documentation-only skill providing reference materials for PubMed queries. The detected patterns (backticks, API key placeholders, URLs) are markdown documentation elements, not executable code. The skill contains no executable code, no network calls, and no credential access.

5
Gescannte Dateien
5,088
Analysierte Zeilen
1
befunde
5
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (5)
references/api_reference.md:8 references/api_reference.md:295 SKILL.md:128 SKILL.md:453 SKILL.md:454
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Qualitätsbewertung

45
Architektur
90
Wartbarkeit
87
Inhalt
23
Community
100
Sicherheit
91
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Systematische Literaturübersicht

Umfassende Suchstrategien mit booleschen Operatoren, MeSH-Begriffen und Filtern erstellen, um alle relevanten Studien für systematische Reviews und Meta-Analysen zu finden.

Biomedizinische Forschungsabfragen

Nach Artikeln zu spezifischen Krankheiten, Behandlungen oder Arzneimittelwechselwirkungen suchen unter Verwendung präziser Feldtags und kontrollierter Vokabulare.

Programmatische Datenextraktion

Automatisierte Workflows zur PubMed-Suche und Extraktion von Artikel-Metadaten mittels E-utilities API für groß angelegte Forschungsprojekte erstellen.

Probiere diese Prompts

Einfache Artikelsuche 
Finde aktuelle Artikel zu {topic}, die 2024 veröffentlicht wurden. Verwende geeignete MeSH-Begriffe und Feldtags, um die Ergebnisse auf englischsprachige Forschungsarbeiten zu begrenzen.
Klinische Studiensuche 
Suche nach randomisierten kontrollierten Studien, die {treatment_a} mit {treatment_b} für {condition} von 2020 bis 2024 vergleichen. Nur Artikel mit frei verfügbarem Volltext einbeziehen.
Systematische Review-Abfrage 
Verwende das PICO-Framework, um eine umfassende Suchstrategie für {clinical_question} zu erstellen. Alle relevanten Synonyme und MeSH-Begriffe einbeziehen.
API-basierte Stapelsuche 
Schreibe ein Python-Skript unter Verwendung der E-utilities API, um nach Artikeln zu suchen, die {criteria} entsprechen, bis zu 500 PMIDs über den History-Server abzurufen und die Ergebnisse in eine CSV-Datei mit PMID, Titel und Abstract zu exportieren.

Bewährte Verfahren

  • Mit breiten Suchen unter Verwendung von MeSH-Begriffen beginnen, dann mit Feldtags und Filtern für Präzision eingrenzen
  • Synonyme und alternative Begriffe einbeziehen, um alle relevante Literatur zu erfassen
  • Den History-Server (usehistory=y) für große Ergebnismengen über 500 Artikel verwenden
  • Einen API-Schlüssel von NCBI für höhere Ratenlimits erhalten (10 Anfragen/Sekunde vs. 3)

Vermeiden

  • Nur Freitext-Begriffe ohne MeSH-Begriffe zu verwenden, lässt indexierte Artikel aus
  • Viele kleine API-Anfragen statt Stapeloperationen auszuführen, verschwendet Ratenlimits
  • Ergebnisse nicht zu cachen, führt zu redundanten API-Aufrufen und langsameren Workflows
  • Automatisches Term-Mapping zu ignorieren, kann unerwartete Suchergebnisse erzeugen

Häufig gestellte Fragen

Was ist der Unterschied zwischen MeSH-Begriffen und Textwortsuchen?
MeSH-Begriffe durchsuchen den kontrollierten Vokabular-Index, in dem alle Artikel manuell getaggt sind. Textwortsuchen finden nur Begriffe, die in Titeln und Abstracts erscheinen. Die Kombination beider bietet umfassende Abdeckung.
Wie erhalte ich einen API-Schlüssel für PubMed E-utilities?
Registriere dich für ein kostenloses NCBI-Konto unter ncbi.nlm.nih.gov und besuche dann deine Kontoeinstellungen, um einen API-Schlüssel zu generieren. Füge ihn in Anfragen mit dem api_key-Parameter für höhere Ratenlimits ein.
Was sind die PubMed-Ratenlimits?
Ohne API-Schlüssel: 3 Anfragen pro Sekunde. Mit API-Schlüssel: 10 Anfragen pro Sekunde. Immer einen beschreibenden User-Agent-Header in deinen Anfragen einbeziehen.
Wie gehe ich mit großen Ergebnismengen mit Tausenden von Artikeln um?
Verwende den History-Server: Rufe zuerst ESearch mit usehistory=y auf, um Ergebnisse zu speichern, verwende dann die WebEnv- und QueryKey-Parameter mit ESummary oder EFetch, um Daten in Stapeln von bis zu 500 Datensätzen pro Anfrage abzurufen.
Welche Exportformate sind für PubMed-Ergebnisse verfügbar?
Gängige Formate umfassen MEDLINE (Text), XML (strukturierte Daten), RIS (Literaturverwaltungsprogramme) und NBIB (EndNote). Verwende die rettype- und retmode-Parameter, um dein gewünschtes Format anzugeben.
Wie finde ich Artikel, die ein bestimmtes Paper zitieren?
Verwende das ELink-Utility mit dbfrom=pubmed, db=pubmed und cmd=cite. Dies gibt PMIDs von Artikeln zurück, die den Eingabeartikel zitieren. Beachte, dass Zitationsdaten für sehr aktuelle Publikationen möglicherweise nicht vollständig sind.

Entwicklerdetails

Lizenz

Unknown

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pubmed-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 common_queries.md

📄 search_syntax.md

📄 SKILL.md