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pdb-database

Name: pdb-database
Author: K-Dense-AI

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Protein Data Bank nach molekularen Strukturen durchsuchen

Auch verfügbar von: davila7

Greifen Sie auf die RCSB Protein Data Bank zu, um nach 3D-Strukturen von Proteinen und Nukleinsäuren zu suchen und diese herunterzuladen. Diese Fähigkeit ermöglicht strukturelle Biologieforschung, Arzneimittelentdeckung und Protein-Engineering durch programmgesteuerten Zugang zu über 200.000 experimentell bestimmten und computergestützten molekularen Strukturen.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)

📊 69 Angemessen

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Verwendung von "pdb-database". Find structures similar to human hemoglobin

Erwartetes Ergebnis:

Found 5 similar structures:
- 4HHB - Hemoglobin (1.74 Å, X-RAY DIFFRACTION, Homo sapiens)
- 1HHO - Hemoglobin (2.10 Å, X-RAY DIFFRACTION, Pan troglodytes)
- 1A3N - Hemoglobin (2.50 Å, X-RAY DIFFRACTION, Equus caballus)
Resolution range: 1.74 - 3.20 Å

Sicherheitsaudit

Sicher

v4 • 1/17/2026

This is a legitimate scientific skill for accessing the public RCSB Protein Data Bank. All 232 static findings are false positives. The scanner misinterpreted markdown inline code formatting (backticks) as Ruby shell execution, protein amino acid sequences as Windows SAM database, generic substrings as cryptographic algorithms, and public scientific API endpoints as network threats.

Gescannte Dateien

927

Analysierte Zeilen

befunde

Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

⚙️ Externe Befehle (115)

🌐 Netzwerkzugriff (49)

📁 Dateisystemzugriff (3)

references/api_reference.md:407 SKILL.md:159 SKILL.md:165

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Qualitätsbewertung

Architektur

100

Wartbarkeit

Inhalt

Community

100

Sicherheit

Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Arzneimittel-Target-Komplexe finden

Nach Protein-Ligand-Komplexen suchen, um Bindungsstellen zu verstehen und neue Therapeutika zu entwickeln.

Mutantenstrukturen vergleichen

Homologe Strukturen finden und Sequenz-Struktur-Beziehungen für das Protein-Design analysieren.

Strukturen zur Analyse herunterladen

3D-Koordinaten für rechnerische Analyse, Visualisierung und strukturbasierte Forschung abrufen.

Probiere diese Prompts

Grundlegende Struktursuche

Find the PDB entry for hemoglobin and tell me its resolution and experimental method.

Sequenzsuche

Find proteins with sequences similar to: MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVID

Nach Qualität filtern

Find all human protein structures with resolution better than 2.0 Angstroms determined by X-ray crystallography.

Stapel-Download

Download the PDB files for entries 4HHB, 1MBN, and 1GZX in mmCIF format.

Bewährte Verfahren

Verwenden Sie zuerst die Search-API, um PDB-IDs zu erhalten, und rufen Sie dann detaillierte Daten ab, um API-Aufrufe zu minimieren.
Implementieren Sie Rate-Limiting mit Verzögerungen zwischen Anfragen, um API-Limits zu vermeiden.
Cachen Sie häufig abgerufene Daten lokal, um redundante Netzwerkanfragen zu reduzieren.

Vermeiden

Individuelle API-Aufrufe in einer Schleife ohne Verzögerungen durchführen - dies löst Rate-Limits aus.
Die gesamte Datenbank herunterladen, wenn nur bestimmte Einträge benötigt werden.
API-Antwortstatuscodes nicht vor der Datenverarbeitung überprüfen.

Häufig gestellte Fragen

Was ist der Unterschied zwischen PDB- und mmCIF-Formaten?

PDB ist das Legacy-Textformat mit Spaltenbeschränkungen. mmCIF ist der moderne Standard, der größere Strukturen und mehr Metadaten verarbeitet.

Wie parse ich heruntergeladene Strukturdateien?

Verwenden Sie BioPythons PDBParser für PDB-Dateien oder den mmCIF-Parser für das mmCIF-Format. Beide können Atome und Rückstände durchlaufen.

Was ist eine gute Auflösung für Kristallstrukturen?

Strukturen mit hoher Auflösung liegen unter 2,0 Å. Strukturen zwischen 2,0-3,0 Å sind von mittlerer Qualität. Über 3,0 Å ist niedrige Auflösung.

Wie suche ich nach Proteinsequenzen?

Verwenden Sie SequenceQuery mit Ihrer Aminosäuresequenz. Setzen Sie evalue_cutoff und identity_cutoff, um Ergebnisse nach Ähnlichkeit zu filtern.

Was sind biologische Baugruppen?

Biologische Baugruppen stellen die funktionale Form eines Makromoleküls dar, die sich von der kristallographischen asymmetrischen Einheit unterscheiden kann.

Kann ich nach Liganden-gebundenen Strukturen suchen?

Ja, verwenden Sie AttributeQuery mit rcsb_nonpolymer_entity_instance_container_identifiers.comp_id, um Strukturen zu finden, die spezifische Liganden wie ATP oder Häm enthalten.

Entwicklerdetails

Autor

K-Dense-AI

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pdb-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 evaluation_result.json

📄 SKILL.md