dnanexus-integration
DNAnexus-Genomik-Plattform-Workflows integrieren
Auch verfügbar von: davila7
DNAnexus bietet cloudbasierte Genomik-Analysen, erfordert jedoch plattformspezifisches Wissen. Diese Skill bietet vollständige Dokumentation zum Erstellen von Apps, Verwalten von Daten und Ausführen von Bioinformatik-Workflows.
Die Skill-ZIP herunterladen
In Claude hochladen
Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen
Einschalten und loslegen
Teste es
Verwendung von "dnanexus-integration". Wie lade ich eine FASTQ-Datei hoch und führe Qualitätskontrolle durch?
Erwartetes Ergebnis:
- 1. Zuerst authentifizieren: dx login
- 2. Datei hochladen: dx upload sample.fastq --project project-xxxx
- 3. QC-Applet finden: dx find_applets --name '*qc*'
- 4. Analyse ausführen: dx run applet-xxxx -i reads=file-yyyy
- 5. Fortschritt überwachen: dx watch job-zzzz
- 6. Ergebnisse herunterladen, wenn fertig
Verwendung von "dnanexus-integration". Eine einfache App erstellen, die Reads nach Qualität filtert
Erwartetes Ergebnis:
- dxapp.json mit inputSpec für Reads-Datei und outputSpec für gefilterte Reads definieren
- @dxpy.entry_point('main') Dekorator für die Hauptfunktion verwenden
- Eingabe mit dxpy.download_dxfile() herunterladen
- Mit subprocess.call() externem Tool verarbeiten
- Ausgabe mit dxpy.upload_local_file() hochladen
- Ergebnis mit dxpy.dxlink() zurückgeben
Sicherheitsaudit
SicherAll 455 static findings are false positives. The skill is documentation for DNAnexus cloud genomics platform. The flagged 'external_commands' are legitimate DNAnexus CLI commands (dx, dxpy) in documentation code blocks. The 'weak cryptographic algorithm' findings incorrectly identified API version fields like 'dxapi: 1.0.0' as cryptographic code. The 'Windows SAM database' alert misidentified authentication documentation (DX_SECURITY_CONTEXT) as Windows system files. No malicious patterns exist.
Risikofaktoren
⚙️ Externe Befehle (5)
🌐 Netzwerkzugriff (1)
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
Sequenzdaten-Pipeline verarbeiten
FASTQ-Dateien hochladen, Alignment- und Variant-Calling-Workflows ausführen, Ergebnisse für Forschungsanalysen herunterladen
Benutzerdefinierte Analyse-Apps erstellen
DNAnexus-Apps für spezialisierte Genomik-Analysen mit proper Ein- und Ausgabebehandlung erstellen
Genomische Datensätze organisieren
Große genomische Datensätze über mehrere DNAnexus-Projekte suchen, kategorisieren und verwalten
Probiere diese Prompts
Hilf mir, eine FASTQ-Datei auf DNAnexus hochzuladen und eine grundlegende Qualitätskontrolle mit einem existierenden Applet auszuführen
Ich muss eine DNAnexus-App erstellen, die FASTQ-Eingabe nimmt und BAM-Alignment mit BWA-MEM ausgibt
Zeig mir, wie ich alle FASTQ-Dateien in einem Projekt finde und die gleiche Analyse parallel auf jeder ausführe
Hilf mir, dxapp.json für eine App zu konfigurieren, die samtools, bcftools und ein benutzerdefiniertes Docker-Image mit Referenzgenomen benötigt
Bewährte Verfahren
- Eingabedaten immer vor der Verarbeitung in DNAnexus-Apps validieren
- Angemessene DNAnexus-Instanztypen für rechenintensive Analysen verwenden
- Umfassende Fehlerbehandlung und Logging in benutzerdefinierten Apps einfügen
Vermeiden
- Projekt-IDs oder Dateipfade in Produktions-Apps fest kodieren
- Große Dateien ohne Prüfung des verfügbaren Speicherplatzes verarbeiten
- DNAnexus-Jobstatus und Fehlerbedingungen ignorieren