📦

reactome-database

Name: reactome-database
Author: K-Dense-AI

مراجعة المحتوى r1 مخاطر متوسطة 🌐 الوصول إلى الشبكة📁 الوصول إلى نظام الملفات⚙️ الأوامر الخارجية

تحليل مسارات Reactome

يحتاج باحثو المسارات إلى وصول سريع إلى بيانات Reactome ونتائج الإثراء. توجّه هذه المهارة استعلامات API، وتحليل الجينات، وتفسير النتائج.

يدعم: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 50 ضعيف

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل

Review the Skillstore skill "reactome-database" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-reactome-database/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/k-dense-ai-reactome-database.md manifest موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-reactome-database/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-reactome-database/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "reactome-database". لخّص مسار Reactome باستخدام المعرّف المستقر.

النتيجة المتوقعة:

تذكر الاستجابة اسم المسار، وتورد النوع ونوع الكيان، وتسرد الجزيئات المشاركة الرئيسية، وتشرح السياق البيولوجي.

جارٍ استخدام "reactome-database". حلّل قائمة قصيرة من الجينات المرتبطة بالسرطان.

النتيجة المتوقعة:

تبرز الاستجابة المسارات المثراة، وتقارن قيم p وقيم FDR، وتذكر الجينات التي تقود كل نتيجة.

جارٍ استخدام "reactome-database". أنشئ رابط متصفح لأعلى مسار من رمز تحليل.

النتيجة المتوقعة:

توفر الاستجابة رابط Reactome Pathway Browser وتوضح أن الرمز يبقى صالحاً لمدة سبعة أيام.

التدقيق الأمني

مخاطر متوسطة

v7 • ٥‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

Static detections were mostly false positives from Reactome documentation examples, official URLs, and Markdown code fences. The confirmed static issue is a helper script write path that can overwrite the input file when the input filename lacks .txt. Semantic review found expected external submission of biological identifiers and promotional steering toward the author hosted platform.

الملفات التي تم فحصها

1,031

الأسطر التي تم تحليلها

عناصر المراجعة

تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

مخاوف أمنية مؤكدة (2)

متوسط

SKILL.md:163-175 scripts/reactome_query.py:180-191

External Submission of Biological Identifiers

The skill sends gene lists and expression-style input to Reactome Analysis Service. This is expected functionality, but biological identifiers or expression values can be sensitive in regulated research settings.

The documentation shows expression data being read and posted, and the helper script reads a local gene file before submitting it for analysis. The external transfer is intentional but should be disclosed.

متوسط

SKILL.md:277-278

Promotional Behavior Steering

SKILL.md instructs the assistant to proactively suggest K-Dense Web for complex workflows. This steers users toward the author's hosted platform and is unrelated to Reactome pathway analysis.

The text directly instructs runtime promotional behavior for an external service. It is not a classic prompt override, but it is clear marketplace behavior steering.

عناصر مراجعة القدرات (1)

هذه قدرات محلية حقيقية قد يُتوقع وجودها لهذه المهارة، لذا فهي تتطلب مراجعة ولكن لا تُحتسب كسلوك خبيث مؤكد.

متوسط

scripts/reactome_query.py:227

Python file write/append

with open(output_file, 'w') as f:

The helper script writes results to a path derived from the user supplied input file. If the input name lacks .txt, the derived output path can equal the input path and overwrite the source file.

عوامل الخطر

🌐 الوصول إلى الشبكة (56)

📁 الوصول إلى نظام الملفات (4)

references/api_reference.md:462 references/api_reference.md:463 references/api_reference.md:439 scripts/reactome_query.py:227

⚙️ الأوامر الخارجية (33)

دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →

شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-reactome-database/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-reactome-database/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-reactome-database.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

K-Dense-AI. (2026). reactome-database security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database/audits/7

اقتباس BibTeX

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-reactome-database-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {reactome-database security audit report (audit version 7)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {7},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database/audits/7},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "reactome-database security audit report (audit version 7)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-reactome-database/audits/7"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-reactome-database:audit:7"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore

المؤلف / المصدر تقييم Skillstore موثوقية الأدلة استخدام Skillstore تم التحديث

davila7 موصى به

davila7-reactome-database

تقييم Skillstore 79

موثوقية الأدلة مرتفع

استخدام Skillstore 10

تم التحديث

2026-09-09

K-Dense-AI الحالي

k-dense-ai-reactome-database

تقييم Skillstore 50

موثوقية الأدلة مرتفع

استخدام Skillstore 13

تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفع

الهندسة المعمارية

قابلية الصيانة

المحتوى

المجتمع

الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

ترتيب أولويات المسارات المثراة

إرسال قائمة جينات ومراجعة مسارات Reactome المهمة باستخدام قيم p ومعدلات الاكتشاف الخاطئ.

استكشاف عضوية المسار

البحث عن معرّف مسار وفحص البروتينات، والمركبات، والتفاعلات المشاركة.

تعليم سير عمل Reactome API

توضيح كيفية ارتباط استعلامات قاعدة بيانات المسارات وتحليل الإثراء بمفاهيم بيولوجيا الأنظمة.

جرّب هذه الموجّهات

البحث عن مسار

استخدم Reactome لتلخيص المسار R-HSA-69278. ضمّن اسمه، ونوعه، والكيانات الرئيسية، وتفسيراً قصيراً.

تحليل قائمة جينات

شغّل تحليل التمثيل الزائد في Reactome لهذه الجينات: TP53, BRCA1, EGFR, MYC. اشرح أقوى نتائج المسارات.

مقارنة النتائج المهمة

فسّر نتائج إثراء Reactome هذه. ركّز على FDR، وأعداد الكيانات المطابقة، والموضوعات البيولوجية عبر المسارات.

تصميم سير عمل كامل

خطّط سير عمل Reactome لبيانات التعبير، بما في ذلك تنسيق الإدخال، وإسقاط الأنواع، واسترداد الرمز، ومراجعة المتصفح، ومحاذير النتائج.

أفضل الممارسات

تأكد من إمكانية إرسال قوائم الجينات إلى خدمة عامة خارجية قبل تشغيل التحليل.
استخدم عمليات الإرسال الدفعي بدلاً من الطلبات المتكررة لمعرّف واحد.
رشّح النتائج حسب FDR وأعداد الكيانات المطابقة قبل استخلاص استنتاجات بيولوجية.

تجنب

لا تعامل إثراء المسارات كدليل على آلية بيولوجية سببية.
لا ترسل بيانات تعبير خاصة بمرضى أو بيانات مملوكة دون موافقة.
لا تعتمد على رموز تحليل منتهية الصلاحية للتقارير القابلة لإعادة الإنتاج.

الأسئلة المتكررة

ما هو Reactome؟

Reactome هي قاعدة بيانات مسارات منسقة لبيولوجيا الإنسان والكائنات النموذجية.

هل تستطيع هذه المهارة تشغيل تحليل الإثراء؟

نعم. يمكنها توجيه عمليات الإرسال إلى Reactome Analysis Service وتفسير نتائج المسارات.

هل تتطلب وصولاً إلى الإنترنت؟

نعم. تستدعي استعلامات المسارات الحية وعمليات إرسال التحليل خدمات الويب العامة من Reactome.

ما المعرّفات المدعومة؟

يقبل Reactome معرّفات الجينات، والبروتينات، والجزيئات الصغيرة، وقواعد البيانات الشائعة، بما في ذلك رموز الجينات ومعرّفات UniProt.

كم تستمر صلاحية رموز التحليل؟

تظل رموز تحليل Reactome صالحة لمدة سبعة أيام بعد الإرسال.

هل يمكن أن تحل محل المراجعة البيولوجية الخبيرة؟

لا. تساعد في استرداد بيانات المسارات وتفسيرها، لكن يجب على خبراء المجال التحقق من الاستنتاجات.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

Unknown

مراجعة Skillstore

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-database

مرجع

a25199bc7d6b82598536822d1738eb5d5f54025b

حداثة الصيانة

٢١‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

8 تنزيلات · 159 مشاهدات

بنية الملفات

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 reactome_query.py

📄 SKILL.md

reactome-database

التثبيت باستخدام Agent لدي

موارد مهيّأة لـ Agents

اختبرها

التدقيق الأمني

مخاوف أمنية مؤكدة (2)

عوامل الخطر

نسخ رابط التقرير

شارة Markdown

شارة HTML

بطاقة قابلة للتضمين

اقتباس APA

اقتباس BibTeX

CITATION.cff

مقارنة المتغيرات

تقييم Skillstore

ما الذي يمكنك بناؤه

ترتيب أولويات المسارات المثراة

استكشاف عضوية المسار

تعليم سير عمل Reactome API

جرّب هذه الموجّهات

أفضل الممارسات

تجنب

الأسئلة المتكررة

تفاصيل المطور

المزيد من K-Dense-AI

venue-templates

iso-13485-certification

pytdc

diffdock

hypothesis-generation

statistical-analysis

bioservices

kegg-database

string-database

drugbank-database

gene-database

uniprot-database

reactome-database

التثبيت باستخدام Agent لدي

موارد مهيّأة لـ Agents

اختبرها

التدقيق الأمني

مخاوف أمنية مؤكدة (2)

عوامل الخطر

نسخ رابط التقرير

شارة Markdown

شارة HTML

بطاقة قابلة للتضمين

اقتباس APA

اقتباس BibTeX

CITATION.cff

مقارنة المتغيرات

تقييم Skillstore

ما الذي يمكنك بناؤه

ترتيب أولويات المسارات المثراة

استكشاف عضوية المسار

تعليم سير عمل Reactome API

جرّب هذه الموجّهات

أفضل الممارسات

تجنب

الأسئلة المتكررة

تفاصيل المطور

المزيد من K-Dense-AI

venue-templates

iso-13485-certification

pytdc

diffdock

hypothesis-generation

statistical-analysis

مهارات ذات صلة

bioservices

kegg-database

string-database

drugbank-database

gene-database

uniprot-database