reactome-database
الاستعلام عن قاعدة بيانات ممرات Reactome
متاح أيضًا من: davila7
تحليل الممرات البيولوجية وقوائم الجينات باستخدام قاعدة بيانات Reactome. إجراء تحليل إثراء الممرات، ورسم خرائط الجينات للممرات، واستكشاف التفاعلات الجزيئية لأبحاث البيولوجيا الأنظمة.
تنزيل ZIP المهارة
رفع في Claude
اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "reactome-database". Analyze genes for pathway enrichment: TP53, BRCA1, EGFR
النتيجة المتوقعة:
- Analysis Results:
- • 3 genes submitted
- • Token: XXXXXX (valid 7 days)
- • Top pathway: Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
- • p-value: 0.000023, FDR: 0.00156
- • View in browser: https://reactome.org/PathwayBrowser/...
استخدام "reactome-database". Query pathway R-HSA-69278
النتيجة المتوقعة:
- Pathway: Cell Cycle, Mitotic
- • ID: R-HSA-69278
- • Type: Pathway
- • Species: Homo sapiens
- • Description: Cell division cycle consisting of interphase and mitotic phases...
استخدام "reactome-database". Search for apoptosis pathways
النتيجة المتوقعة:
- Search results for 'apoptosis':
- • R-HSA-109606: Extrinsic Pathway of Apoptosis
- • R-HSA-111885: Intrinsic Pathway of Apoptosis
- • R-HSA-1234154: Regulation of Apoptosis
- • R-HSA-1388673: Apoptotic Nuclear Fragmentation
التدقيق الأمني
آمنLegitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.
عوامل الخطر
⚡ يحتوي على سكربتات (1)
🌐 الوصول إلى الشبكة (1)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
تحليل إثراء مجموعات الجينات
إرسال قوائم الجينات من RNA-seq أو البروتيomics لتحديد الممرات البيولوجية الغنية
رسم خرائط الممرات عبر الأنواع
رسم خرائط جينات الفأر أو الكائنات النموذجية للممرات البشرية للتحليل المقارن
استكشاف الممرات
الاستعلام عن ممرات محددة لفهم الآليات الجزيئية والارتباطات بالأمراض
جرّب هذه الموجهات
استعلم قاعدة بيانات Reactome عن الممر R-HSA-69278 وأظهر لي اسم الممر والأنواع والوصف
حلل هذه الجينات لإثراء الممرات: TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. أظهر الممرات المهمة مع قيم FDR
ابحث في Reactome عن الممرات المتعلقة بالاستماتة وأظهر لي أفضل 10 نتائج مع معرفات الممرات الخاصة بها
عدد جميع البروتينات والجزيئات المشاركة في ممر دورة الخلية (R-HSA-69278)
أفضل الممارسات
- قم بتخزين رموز التحليل لاسترجاع النتائج لاحقًا دون إعادة إرسال الجينات
- تصفية النتائج حسب عتبة FDR (الافتراضي 0.05) للتركيز على الممرات المهمة
- استخدم نقطة نهاية الإسقاط للأنواع غير البشرية لرسم خرائط الجينات للممرات البشرية
تجنب
- إرسال الجينات واحدة تلو الأخرى بدلاً من الإرسال الدفعي
- تجاهل صلاحية رمز التحليل لمدة 7 أيام لاسترجاع النتائج
- عدم التحقق من توافق الأنواع عند تحليل البيانات عبر الأنواع
الأسئلة المتكررة
ما التنسيقات التي تقبلها Reactome للمعرفات؟
كم مدة صلاحية رموز التحليل؟
هل يمكنني تحليل الجينات غير البشرية؟
ما هو تنسيق الإخراج؟
هل تعمل هذه المهارة دون اتصال؟
كم عدد الممرات في Reactome؟
تفاصيل المطور
المؤلف
K-Dense-AIالترخيص
MIT
المستودع
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-databaseمرجع
main
بنية الملفات