reactome-database
الاستعلام عن قاعدة بيانات ممرات Reactome
Auch verfügbar von: davila7
تحليل الممرات البيولوجية وقوائم الجينات باستخدام قاعدة بيانات Reactome. إجراء تحليل إثراء الممرات، ورسم خرائط الجينات للممرات، واستكشاف التفاعلات الجزيئية لأبحاث البيولوجيا الأنظمة.
Die Skill-ZIP herunterladen
In Claude hochladen
Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen
Einschalten und loslegen
Teste es
Verwendung von "reactome-database". Analyze genes for pathway enrichment: TP53, BRCA1, EGFR
Erwartetes Ergebnis:
- Analysis Results:
- • 3 genes submitted
- • Token: XXXXXX (valid 7 days)
- • Top pathway: Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
- • p-value: 0.000023, FDR: 0.00156
- • View in browser: https://reactome.org/PathwayBrowser/...
Verwendung von "reactome-database". Query pathway R-HSA-69278
Erwartetes Ergebnis:
- Pathway: Cell Cycle, Mitotic
- • ID: R-HSA-69278
- • Type: Pathway
- • Species: Homo sapiens
- • Description: Cell division cycle consisting of interphase and mitotic phases...
Verwendung von "reactome-database". Search for apoptosis pathways
Erwartetes Ergebnis:
- Search results for 'apoptosis':
- • R-HSA-109606: Extrinsic Pathway of Apoptosis
- • R-HSA-111885: Intrinsic Pathway of Apoptosis
- • R-HSA-1234154: Regulation of Apoptosis
- • R-HSA-1388673: Apoptotic Nuclear Fragmentation
Sicherheitsaudit
SicherLegitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.
Risikofaktoren
⚡ Enthält Skripte (1)
🌐 Netzwerkzugriff (1)
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
تحليل إثراء مجموعات الجينات
إرسال قوائم الجينات من RNA-seq أو البروتيomics لتحديد الممرات البيولوجية الغنية
رسم خرائط الممرات عبر الأنواع
رسم خرائط جينات الفأر أو الكائنات النموذجية للممرات البشرية للتحليل المقارن
استكشاف الممرات
الاستعلام عن ممرات محددة لفهم الآليات الجزيئية والارتباطات بالأمراض
Probiere diese Prompts
استعلم قاعدة بيانات Reactome عن الممر R-HSA-69278 وأظهر لي اسم الممر والأنواع والوصف
حلل هذه الجينات لإثراء الممرات: TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. أظهر الممرات المهمة مع قيم FDR
ابحث في Reactome عن الممرات المتعلقة بالاستماتة وأظهر لي أفضل 10 نتائج مع معرفات الممرات الخاصة بها
عدد جميع البروتينات والجزيئات المشاركة في ممر دورة الخلية (R-HSA-69278)
Bewährte Verfahren
- قم بتخزين رموز التحليل لاسترجاع النتائج لاحقًا دون إعادة إرسال الجينات
- تصفية النتائج حسب عتبة FDR (الافتراضي 0.05) للتركيز على الممرات المهمة
- استخدم نقطة نهاية الإسقاط للأنواع غير البشرية لرسم خرائط الجينات للممرات البشرية
Vermeiden
- إرسال الجينات واحدة تلو الأخرى بدلاً من الإرسال الدفعي
- تجاهل صلاحية رمز التحليل لمدة 7 أيام لاسترجاع النتائج
- عدم التحقق من توافق الأنواع عند تحليل البيانات عبر الأنواع
Häufig gestellte Fragen
ما التنسيقات التي تقبلها Reactome للمعرفات؟
كم مدة صلاحية رموز التحليل؟
هل يمكنني تحليل الجينات غير البشرية؟
ما هو تنسيق الإخراج؟
هل تعمل هذه المهارة دون اتصال؟
كم عدد الممرات في Reactome؟
Entwicklerdetails
Autor
K-Dense-AILizenz
MIT
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-databaseRef
main
Dateistruktur