المهارات pymatgen
🔬

pymatgen

آمن ⚡ يحتوي على سكربتات⚙️ الأوامر الخارجية📁 الوصول إلى نظام الملفات🌐 الوصول إلى الشبكة🔑 متغيرات البيئة

تحليل البنى البلورية باستخدام pymatgen

متاح أيضًا من: davila7

العمل مع البنى البلورية وبيانات المواد. تحويل صيغ الملفات، ورسم مخططات الطور، وتحليل التماثل، والوصول إلى قاعدة بيانات Materials Project لأبحاث علوم المواد الحاسوبية.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 برونزي
1

تنزيل ZIP المهارة

2

رفع في Claude

اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

فعّل وابدأ الاستخدام

اختبرها

استخدام "pymatgen". Read structure from POSCAR and show its properties

النتيجة المتوقعة:

  • Formula: Fe2O3 (hematite)
  • Lattice: a=5.04 Å, b=5.04 Å, c=13.77 Å
  • Space group: R-3c (#167)
  • Crystal system: trigonal
  • Density: 5.27 g/cm³
  • Number of sites: 10

استخدام "pymatgen". Convert CIF to POSCAR format

النتيجة المتوقعة:

  • Successfully converted structure.cif to converted.POSCAR
  • Structure contains 10 atoms (Fe4 O6)
  • Format: POSCAR (VASP format)

استخدام "pymatgen". Query Materials Project for perovskites

النتيجة المتوقعة:

  • Found 23 stable perovskite structures
  • Example: SrTiO3 (mp-5229) - band gap 3.2 eV
  • Example: BaTiO3 (mp-2987) - band gap 2.8 eV
  • Energy above hull: all < 0.01 eV/atom

التدقيق الأمني

آمن
v4 • 1/17/2026

All 537 static findings are false positives. The static analyzer incorrectly flagged markdown documentation syntax (code blocks, inline code formatting) as shell commands and cryptographic terms in documentation text as weak algorithms. The actual Python code uses secure patterns for API key management (environment variables) and performs legitimate materials science file I/O operations. No malicious code, data exfiltration, or security risks found.

10
الملفات التي تم فحصها
4,081
الأسطر التي تم تحليلها
5
النتائج
4
إجمالي عمليات التدقيق

عوامل الخطر

⚡ يحتوي على سكربتات (6)
references/analysis_modules.md:139-144 references/io_formats.md:185-188 references/io_formats.md:400-403 references/transformations_workflows.md:212-215 references/transformations_workflows.md:434-437 SKILL.md:122-126
⚙️ الأوامر الخارجية (447)
references/analysis_modules.md:9-43 references/analysis_modules.md:43-47 references/analysis_modules.md:47-55 references/analysis_modules.md:55-61 references/analysis_modules.md:61-77 references/analysis_modules.md:77-83 references/analysis_modules.md:83-96 references/analysis_modules.md:96-102 references/analysis_modules.md:102-108 references/analysis_modules.md:108-112 references/analysis_modules.md:112-132 references/analysis_modules.md:132-138 references/analysis_modules.md:138-159 references/analysis_modules.md:159-165 references/analysis_modules.md:165-178 references/analysis_modules.md:178-182 references/analysis_modules.md:182-192 references/analysis_modules.md:192-198 references/analysis_modules.md:198-219 references/analysis_modules.md:219-223 references/analysis_modules.md:223-242 references/analysis_modules.md:242-246 references/analysis_modules.md:246-263 references/analysis_modules.md:263-267 references/analysis_modules.md:267-279 references/analysis_modules.md:279-285 references/analysis_modules.md:285-295 references/analysis_modules.md:295-299 references/analysis_modules.md:299-305 references/analysis_modules.md:305-311 references/analysis_modules.md:311-335 references/analysis_modules.md:335-339 references/analysis_modules.md:339-359 references/analysis_modules.md:359-363 references/analysis_modules.md:363-371 references/analysis_modules.md:371-377 references/analysis_modules.md:377-390 references/analysis_modules.md:390-394 references/analysis_modules.md:394-399 references/analysis_modules.md:399-403 references/analysis_modules.md:403-417 references/analysis_modules.md:417-423 references/analysis_modules.md:423-436 references/analysis_modules.md:436-440 references/analysis_modules.md:440-455 references/analysis_modules.md:455-461 references/analysis_modules.md:461-467 references/analysis_modules.md:467-471 references/analysis_modules.md:471-483 references/analysis_modules.md:483-489 references/analysis_modules.md:489-497 references/analysis_modules.md:497-503 references/analysis_modules.md:503-511 references/analysis_modules.md:511-515 references/analysis_modules.md:515-520 references/analysis_modules.md:520-526 references/core_classes.md:3 references/core_classes.md:20-29 references/core_classes.md:29-32 references/core_classes.md:32-33 references/core_classes.md:33-34 references/core_classes.md:34-35 references/core_classes.md:35-36 references/core_classes.md:36-37 references/core_classes.md:37 references/core_classes.md:37 references/core_classes.md:37-38 references/core_classes.md:38-43 references/core_classes.md:43-50 references/core_classes.md:50-55 references/core_classes.md:55-59 references/core_classes.md:59-66 references/core_classes.md:66-75 references/core_classes.md:75-78 references/core_classes.md:78-79 references/core_classes.md:79-80 references/core_classes.md:80-81 references/core_classes.md:81-82 references/core_classes.md:82-85 references/core_classes.md:85-86 references/core_classes.md:86-87 references/core_classes.md:87-88 references/core_classes.md:88-89 references/core_classes.md:89-90 references/core_classes.md:90-97 references/core_classes.md:97-113 references/core_classes.md:113-116 references/core_classes.md:116-117 references/core_classes.md:117-118 references/core_classes.md:118-121 references/core_classes.md:121-122 references/core_classes.md:122-123 references/core_classes.md:123-124 references/core_classes.md:124-125 references/core_classes.md:125-126 references/core_classes.md:126-133 references/core_classes.md:133-137 references/core_classes.md:137-142 references/core_classes.md:142-146 references/core_classes.md:146-149 references/core_classes.md:149-150 references/core_classes.md:150-153 references/core_classes.md:153-154 references/core_classes.md:154-155 references/core_classes.md:155-156 references/core_classes.md:156 references/core_classes.md:156 references/core_classes.md:156-160 references/core_classes.md:160 references/core_classes.md:160-163 references/core_classes.md:163-179 references/core_classes.md:179-182 references/core_classes.md:182-191 references/core_classes.md:191-196 references/core_classes.md:196-197 references/core_classes.md:197-198 references/core_classes.md:198-199 references/core_classes.md:199-200 references/core_classes.md:200-201 references/core_classes.md:201-202 references/core_classes.md:202-203 references/core_classes.md:203-206 references/core_classes.md:206-207 references/core_classes.md:207-208 references/core_classes.md:208-209 references/core_classes.md:209-210 references/core_classes.md:210-213 references/core_classes.md:213-216 references/core_classes.md:216-217 references/core_classes.md:217-218 references/core_classes.md:218-219 references/core_classes.md:219-220 references/core_classes.md:220-221 references/core_classes.md:221-222 references/core_classes.md:222-223 references/core_classes.md:223-224 references/core_classes.md:224-228 references/core_classes.md:228 references/core_classes.md:228-231 references/core_classes.md:231-242 references/core_classes.md:242-245 references/core_classes.md:245-246 references/core_classes.md:246-247 references/core_classes.md:247-248 references/core_classes.md:248-249 references/core_classes.md:249-252 references/core_classes.md:252-253 references/core_classes.md:253-254 references/core_classes.md:254-255 references/core_classes.md:255-256 references/core_classes.md:256-257 references/core_classes.md:257-261 references/core_classes.md:261 references/core_classes.md:261-263 references/core_classes.md:263-276 references/core_classes.md:276-286 references/core_classes.md:286-287 references/core_classes.md:287-292 references/core_classes.md:292-297 references/core_classes.md:297-309 references/core_classes.md:309-310 references/core_classes.md:310-314 references/core_classes.md:314 references/core_classes.md:314-315 references/core_classes.md:315 references/core_classes.md:315-316 references/core_classes.md:316-317 references/io_formats.md:7 references/io_formats.md:7 references/io_formats.md:11-21 references/io_formats.md:21-25 references/io_formats.md:25-34 references/io_formats.md:34-41 references/io_formats.md:41-55 references/io_formats.md:55-66 references/io_formats.md:66-80 references/io_formats.md:80-90 references/io_formats.md:90-97 references/io_formats.md:97-102 references/io_formats.md:102-105 references/io_formats.md:105-110 references/io_formats.md:110-127 references/io_formats.md:127-137 references/io_formats.md:137-157 references/io_formats.md:157-161 references/io_formats.md:161-178 references/io_formats.md:178-184 references/io_formats.md:184-200 references/io_formats.md:200-206 references/io_formats.md:206-225 references/io_formats.md:225-231 references/io_formats.md:231-241 references/io_formats.md:241-245 references/io_formats.md:245-261 references/io_formats.md:261-265 references/io_formats.md:265-271 references/io_formats.md:271-275 references/io_formats.md:275-284 references/io_formats.md:284-288 references/io_formats.md:288-293 references/io_formats.md:293-297 references/io_formats.md:297-302 references/io_formats.md:302-306 references/io_formats.md:306-319 references/io_formats.md:319-323 references/io_formats.md:323-328 references/io_formats.md:328-332 references/io_formats.md:332-337 references/io_formats.md:337-343 references/io_formats.md:343-351 references/io_formats.md:351-355 references/io_formats.md:355-365 references/io_formats.md:365-369 references/io_formats.md:369-374 references/io_formats.md:374-378 references/io_formats.md:378-390 references/io_formats.md:390-398 references/io_formats.md:398-415 references/io_formats.md:415-423 references/io_formats.md:423-433 references/io_formats.md:433-439 references/io_formats.md:439-446 references/io_formats.md:446-450 references/io_formats.md:450 references/io_formats.md:450-452 references/materials_project_api.md:7 references/materials_project_api.md:13-15 references/materials_project_api.md:15-25 references/materials_project_api.md:25-27 references/materials_project_api.md:27-35 references/materials_project_api.md:35-47 references/materials_project_api.md:47-49 references/materials_project_api.md:49-55 references/materials_project_api.md:55-66 references/materials_project_api.md:66-70 references/materials_project_api.md:70-78 references/materials_project_api.md:78-82 references/materials_project_api.md:82-89 references/materials_project_api.md:89-93 references/materials_project_api.md:93-103 references/materials_project_api.md:103-109 references/materials_project_api.md:109-116 references/materials_project_api.md:116-120 references/materials_project_api.md:120-128 references/materials_project_api.md:128-134 references/materials_project_api.md:134-154 references/materials_project_api.md:154-158 references/materials_project_api.md:158-167 references/materials_project_api.md:167-173 references/materials_project_api.md:173-188 references/materials_project_api.md:188-192 references/materials_project_api.md:192-207 references/materials_project_api.md:207-211 references/materials_project_api.md:211-215 references/materials_project_api.md:215-221 references/materials_project_api.md:221-234 references/materials_project_api.md:234-238 references/materials_project_api.md:238-251 references/materials_project_api.md:251-255 references/materials_project_api.md:255-262 references/materials_project_api.md:262-266 references/materials_project_api.md:266-276 references/materials_project_api.md:276-280 references/materials_project_api.md:280-290 references/materials_project_api.md:290-294 references/materials_project_api.md:294-300 references/materials_project_api.md:300-304 references/materials_project_api.md:304-310 references/materials_project_api.md:310-314 references/materials_project_api.md:314-324 references/materials_project_api.md:324-330 references/materials_project_api.md:330-347 references/materials_project_api.md:347-351 references/materials_project_api.md:351-361 references/materials_project_api.md:361-367 references/materials_project_api.md:367-380 references/materials_project_api.md:380-393 references/materials_project_api.md:393-402 references/materials_project_api.md:402-406 references/materials_project_api.md:406-420 references/materials_project_api.md:420-424 references/materials_project_api.md:424-434 references/materials_project_api.md:434-440 references/materials_project_api.md:440-451 references/materials_project_api.md:451-455 references/materials_project_api.md:455-465 references/materials_project_api.md:465-469 references/materials_project_api.md:469-476 references/materials_project_api.md:476-482 references/materials_project_api.md:482-500 references/materials_project_api.md:500-511 references/transformations_workflows.md:11 references/transformations_workflows.md:17-27 references/transformations_workflows.md:27-33 references/transformations_workflows.md:33-43 references/transformations_workflows.md:43-49 references/transformations_workflows.md:49-54 references/transformations_workflows.md:54-60 references/transformations_workflows.md:60-65 references/transformations_workflows.md:65-71 references/transformations_workflows.md:71-76 references/transformations_workflows.md:76-82 references/transformations_workflows.md:82-87 references/transformations_workflows.md:87-93 references/transformations_workflows.md:93-99 references/transformations_workflows.md:99-105 references/transformations_workflows.md:105-110 references/transformations_workflows.md:110-114 references/transformations_workflows.md:114-120 references/transformations_workflows.md:120-130 references/transformations_workflows.md:130-136 references/transformations_workflows.md:136-142 references/transformations_workflows.md:142-148 references/transformations_workflows.md:148-154 references/transformations_workflows.md:154-160 references/transformations_workflows.md:160-165 references/transformations_workflows.md:165-171 references/transformations_workflows.md:171-182 references/transformations_workflows.md:182-186 references/transformations_workflows.md:186-202 references/transformations_workflows.md:202-210 references/transformations_workflows.md:210-237 references/transformations_workflows.md:237-243 references/transformations_workflows.md:243-266 references/transformations_workflows.md:266-272 references/transformations_workflows.md:272-316 references/transformations_workflows.md:316-322 references/transformations_workflows.md:322-355 references/transformations_workflows.md:355-361 references/transformations_workflows.md:361-391 references/transformations_workflows.md:391-397 references/transformations_workflows.md:397-426 references/transformations_workflows.md:426-432 references/transformations_workflows.md:432-457 references/transformations_workflows.md:457-463 references/transformations_workflows.md:463-488 references/transformations_workflows.md:488-494 references/transformations_workflows.md:494-524 references/transformations_workflows.md:524-530 references/transformations_workflows.md:530-570 references/transformations_workflows.md:570-576 SKILL.md:33-43 SKILL.md:43-47 SKILL.md:47-64 SKILL.md:64-68 SKILL.md:68-71 SKILL.md:71-73 SKILL.md:73-85 SKILL.md:85-94 SKILL.md:94-99 SKILL.md:99-102 SKILL.md:102-118 SKILL.md:118-121 SKILL.md:121-139 SKILL.md:139-141 SKILL.md:141-148 SKILL.md:148-156 SKILL.md:156-159 SKILL.md:159-165 SKILL.md:165-167 SKILL.md:167-174 SKILL.md:174-187 SKILL.md:187-190 SKILL.md:190-200 SKILL.md:200-203 SKILL.md:203-209 SKILL.md:209-211 SKILL.md:211-218 SKILL.md:218-247 SKILL.md:247-250 SKILL.md:250-256 SKILL.md:256-258 SKILL.md:258 SKILL.md:258-265 SKILL.md:265-282 SKILL.md:282-285 SKILL.md:285-299 SKILL.md:299-301 SKILL.md:301 SKILL.md:301-308 SKILL.md:308-325 SKILL.md:325-328 SKILL.md:328-343 SKILL.md:343-346 SKILL.md:346-361 SKILL.md:361-363 SKILL.md:363 SKILL.md:363-371 SKILL.md:371-374 SKILL.md:374-399 SKILL.md:399-401 SKILL.md:401-408 SKILL.md:408-426 SKILL.md:426-429 SKILL.md:429-446 SKILL.md:446-448 SKILL.md:448 SKILL.md:448-453 SKILL.md:453-464 SKILL.md:464-467 SKILL.md:467-476 SKILL.md:476-479 SKILL.md:479-488 SKILL.md:488-490 SKILL.md:490-494 SKILL.md:494-498 SKILL.md:498-500 SKILL.md:500-502 SKILL.md:502-504 SKILL.md:504-506 SKILL.md:506-508 SKILL.md:508-510 SKILL.md:510-512 SKILL.md:512-516 SKILL.md:516-517 SKILL.md:517-518 SKILL.md:518-519 SKILL.md:519-520 SKILL.md:520-528 SKILL.md:528-543 SKILL.md:543-547 SKILL.md:547-566 SKILL.md:566-570 SKILL.md:570-585 SKILL.md:585-587 SKILL.md:587-593 SKILL.md:593-594 SKILL.md:594-595 SKILL.md:595-600 SKILL.md:600 SKILL.md:600-603 SKILL.md:603 SKILL.md:603-607 SKILL.md:607-614 SKILL.md:614 SKILL.md:614-616 SKILL.md:616-635 SKILL.md:635-651 SKILL.md:651-653 SKILL.md:653-656 SKILL.md:656-658 SKILL.md:658-661 SKILL.md:661-664 SKILL.md:664-667 SKILL.md:667-671 SKILL.md:671-683 SKILL.md:683
📁 الوصول إلى نظام الملفات (10)
references/core_classes.md:269 references/io_formats.md:115 references/io_formats.md:122 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:29 references/materials_project_api.md:414 scripts/structure_analyzer.py:251 scripts/structure_analyzer.py:258
🌐 الوصول إلى الشبكة (14)
references/materials_project_api.md:19 references/materials_project_api.md:504 references/materials_project_api.md:505 references/materials_project_api.md:506 references/materials_project_api.md:507 scripts/phase_diagram_generator.py:42 skill-report.json:6 skill-report.json:207 SKILL.md:370 SKILL.md:675 SKILL.md:676 SKILL.md:677 SKILL.md:678 SKILL.md:679
🔑 متغيرات البيئة (23)
references/materials_project_api.md:26 references/materials_project_api.md:26 references/materials_project_api.md:44 scripts/phase_diagram_generator.py:39 scripts/phase_diagram_generator.py:37 scripts/phase_diagram_generator.py:39 scripts/phase_diagram_generator.py:39 scripts/phase_diagram_generator.py:40 scripts/phase_diagram_generator.py:41 scripts/phase_diagram_generator.py:43 scripts/phase_diagram_generator.py:45 scripts/phase_diagram_generator.py:56 scripts/phase_diagram_generator.py:56 scripts/phase_diagram_generator.py:64 scripts/phase_diagram_generator.py:175 skill-report.json:46 skill-report.json:191 skill-report.json:207 SKILL.md:70 SKILL.md:70 SKILL.md:371 SKILL.md:655 SKILL.md:657
تم تدقيقه بواسطة: claude عرض سجل التدقيق →

درجة الجودة

68
الهندسة المعمارية
100
قابلية الصيانة
85
المحتوى
20
المجتمع
100
الأمان
78
الامتثال للمواصفات

ماذا يمكنك بناءه

البحث عن المركبات المستقرة

بناء مخططات الطور وتحديد المواد المستقرة باستخدام بيانات من قاعدة بيانات Materials Project.

تحويل صيغ البنية

تحويل ملفات البنى البلورية بين CIF وPOSCAR وXYZ وصيغ أخرى لمحاكاة مختلفة.

تحليل تماثل البلورة

تحديد مجموعات الفراغات وعمليات التماثل والبيئات التناسلية من ملفات البنية.

جرّب هذه الموجهات

قراءة ملف البنية 
Read the structure from file 'POSCAR' and show its composition, lattice parameters, and space group.
تحويل الصيغة 
Convert 'structure.cif' to POSCAR format and save as 'converted.POSCAR'.
مخطط الطور 
Build a phase diagram for the Li-Fe-O system and identify stable compounds.
Materials Project 
Search the Materials Project for stable perovskite structures with band gap between 1.5 and 3.0 eV.

أفضل الممارسات

  • استخدم دائمًا متغيرات البيئة (MP_API_KEY) لبيانات الاعتماد، ولا تُضمّن المفاتيح في الكود أبدًا
  • تحقق من البنى بعد قراءتها للتأكد من عدم وجود ذرات متداخله أو أطوال روابط غير واقعية
  • استخدم SpacegroupAnalyzer لتحويل البنى إلى خلايا بدائية قبل التحليل

تجنب

  • لا تُضمّن مفاتيح API في السكربتات - استخدم متغيرات البيئة بدلاً من ذلك
  • لا تتخطى تحليل التماثل عند مقارنة البنى - قد تبدو مجموعات الفراغات المختلفة متشابهة
  • لا تفترض أن الاكتشاف التلقائي للصيغة يعمل دائمًا - حدد الصيغة عند الشك

الأسئلة المتكررة

ما صيغ الملفات التي يدعمها pymatgen؟
يدعم pymatgen أكثر من 100 صيغة بما في ذلك CIF وPOSCAR وXYZ وPDB وJSON وYAML ومدخلات/مخرجات لـ VASP وGaussian وQuantum ESPRESSO وLAMMPS وغيرها.
كيف أحصل على مفتاح Materials Project API؟
أنشئ حسابًا على https://next-gen.materialsproject.org/ وأنشئ مفتاح API من لوحة التحكم. اضبطه كمتغير البيئة MP_API_KEY.
هل يمكن لـ pymatgen تحليل مسارات الديناميكا الجزيئية؟
نعم، استخدم Xdatcar لقراءة مسارات VASP MD وDiffusionAnalyzer لحساب الانتشارية والتوصيلية من بيانات AIMD.
كيف أولد خلية خارقة؟
استخدم SupercellTransformation مع مصفوفة التحجيم، على سبيل المثال: [[2,0,0],[0,2,0],[0,0,2]] لخلية خارقة 2x2x2.
هل يعمل pymatgen مع برامج محاكاة أخرى؟
نعم، يتكامل pymatgen مع VASP وGaussian وQuantum ESPRESSO وLAMMPS وCP2K وABINIT ويمكن التحويل من وإلى صيغة ASE.
كيف أحلل البيئات التناسلية؟
استخدم CrystalNN من pymatgen.analysis.local_env للحالات العامة، أو VoronoiNN للبحث عن الجيران بطريقة Voronoi.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

MIT license

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pymatgen

مرجع

main

بنية الملفات

📁 references/

📄 analysis_modules.md

📄 core_classes.md

📄 io_formats.md

📄 materials_project_api.md

📄 transformations_workflows.md

📁 scripts/

📄 phase_diagram_generator.py

📄 structure_analyzer.py

📄 structure_converter.py

📄 SKILL.md