neuropixels-analysis
تحليل تسجيلات نيوروبكس العصبية
متاح أيضًا من: davila7
توفر هذه المهارة تحليلاً شاملاً لتسجيلات نيوروبكس العصبية عالية الكثافة. تتعامل مع سير العمل الكامل من تحميل البيانات الخام إلى وحدات منقحة جاهزة للنشر باستخدام خوارزميات SpikeInterface و Kilosort4.
تنزيل ZIP المهارة
رفع في Claude
اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "neuropixels-analysis". Load my Neuropixels recording and run the complete analysis pipeline
النتيجة المتوقعة:
- Recording: 384 channels, 600.2 seconds
- Preprocessing complete - 2 bad channels removed
- Drift estimate: 15.3 um
- Kilosort4 found 45 units
- Quality metrics computed
- Allen curation: 28 good units, 12 MUA, 5 noise
استخدام "neuropixels-analysis". Check for drift and motion in my recording
النتيجة المتوقعة:
- Motion estimate: 12.8 um peak-to-peak
- No severe drift detected
- Nonrigid motion correction applied
- Corrected recording saved to motion/corrected/
التدقيق الأمني
آمنAll 703 static findings are false positives. The scanner incorrectly flags markdown code block backticks as shell commands, scientific terminology (channel, detect, universal) as C2/crypto keywords, and documentation URLs as hardcoded URLs. This is a legitimate neuroscience analysis toolkit using SpikeInterface and Kilosort4 for scientific research.
عوامل الخطر
⚙️ الأوامر الخارجية (3)
📁 الوصول إلى نظام الملفات (2)
🌐 الوصول إلى الشبكة (1)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
خط أنابيب فرز نبضات آلي
معالجة تسجيلات نيوروبكس من البيانات الخام إلى نبضات مُفرزة مع مقاييس جودة للنشر.
سير عمل المعالجة الدفعية
تطبيق المعالجة المسبقة والتنقيح المعيارية عبر جلسات تسجيل متعددة لضمان الاتساق.
التكامل مع Phy
تصدير البيانات المُفرزة إلى Phy للمراجعة اليدوية والضبط الدقيق لنتائج فرز النبضات.
جرّب هذه الموجهات
Load a SpikeGLX recording from /path/to/data and apply standard preprocessing including highpass filtering at 400 Hz, phase shift correction, and common median reference.
Run Kilosort4 spike sorting on the preprocessed recording and compute quality metrics including SNR, ISI violations ratio, and presence ratio.
Check for drift in my Neuropixels recording and apply motion correction if the estimated drift exceeds 20 microns.
Generate a summary plot for unit 15 showing waveforms and autocorrelogram, then analyze whether it appears to be a well-isolated single unit based on the visualization.
أفضل الممارسات
- تحقق دائمًا من الانجراف قبل فرز النبضات - الانجراف فوق 20 um يؤثر بشكل كبير على الجودة
- استخدم GPU لـ Kilosort4 لتسريع المعالجة بمقدار 10-50x مقارنة ببدائل CPU
- احفظ البيانات المعالجة مسبقًا لتجنب إعادة حساب خطوات الترشيح في التشغيلات اللاحقة
- راجع الوحدات غير المؤكدة في Phy - التنقيح الآلي يوفر نقاط بداية للتنقيح اليدوي
تجنب
- تخطي تقدير الانجراف قبل فرز النبضات قد يؤدي إلى عزل وحدات ضعيف
- تطبيق تصحيح إزاحة الطور على بيانات نيوروبكس 2.0 (يُحتاج فقط لمجسات 1.0)
- استخدام عتبات التنقيح الافتراضية دون مراعاة متطلبات تجربتك
- معالجة التسجيلات الكاملة دون اختبار على جزء منها أولاً للتحقق من خط الأنابيب