المهارات kegg-database
🧬

kegg-database

آمن ⚙️ الأوامر الخارجية🌐 الوصول إلى الشبكة📁 الوصول إلى نظام الملفات

الاستعلام عن قاعدة بيانات KEGG للممرات الجينية والجينات

متاح أيضًا من: davila7

يحتاج الباحثون إلى وصول فعال إلى بيانات المعلومات الحيوية من KEGG لتحليل الممرات الجينية ورسم خرائط الجينات. توفر هذه الأداة وظائف مساعدة بايثون لجميع عمليات KEGG REST API بما في ذلك استرجاع الممرات الجينية، ورسم خرائط الجينات والممرات، والبحث عن المركبات، وتحويل المعرفات بين قواعد البيانات.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 برونزي
1

تنزيل ZIP المهارة

2

رفع في Claude

اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

فعّل وابدأ الاستخدام

اختبرها

استخدام "kegg-database". Find pathways associated with the glycolysis gene hsa:10458

النتيجة المتوقعة:

  • Pathway hsa00010: Glycolysis / Gluconeogenesis
  • Pathway hsa01100: Metabolic pathways
  • Pathway hsa01200: Carbon metabolism
  • Pathway hsa01210: 2-Oxocarboxylic acid metabolism
  • Pathway hsa01230: Biosynthesis of amino acids

استخدام "kegg-database". Get information about drug D00001

النتيجة المتوقعة:

  • Drug: D00001
  • Name: Theophylline
  • Class: Purine alkaloids
  • Formula: C7H8N4O2
  • Target: Adenosine receptors

استخدام "kegg-database". Convert human gene KEGG ID to UniProt

النتيجة المتوقعة:

  • hsa:10458 -> Q9Y5K8
  • hsa:10459 -> Q9Y5K9
  • hsa:10572 -> Q8NHW6

التدقيق الأمني

آمن
v4 • 1/17/2026

All 253 static findings are false positives. The scanner incorrectly flags Markdown backticks as Ruby shell execution, KEGG API URLs as suspicious network targets, and bioinformatics identifiers (pathway IDs, gene names) as weak crypto algorithms. This is a legitimate bioinformatics research tool that uses standard urllib for HTTP requests to the official KEGG REST API. No malicious code, command injection, or data exfiltration present.

4
الملفات التي تم فحصها
2,232
الأسطر التي تم تحليلها
3
النتائج
4
إجمالي عمليات التدقيق

عوامل الخطر

⚙️ الأوامر الخارجية (4)
SKILL.md:24-25 SKILL.md:38-48 references/kegg_reference.md:51-73 references/kegg_reference.md:105-128
🌐 الوصول إلى الشبكة (3)
scripts/kegg_api.py:7-19 scripts/kegg_api.py:35-38 SKILL.md:372
📁 الوصول إلى نظام الملفات (2)
scripts/kegg_api.py:141-148 scripts/kegg_api.py:228-234
تم تدقيقه بواسطة: claude عرض سجل التدقيق →

درجة الجودة

64
الهندسة المعمارية
90
قابلية الصيانة
87
المحتوى
22
المجتمع
100
الأمان
91
الامتثال للمواصفات

ماذا يمكنك بناءه

تحليل إثراء الممرات الجينية

ربط الجينات محل الاهتمام بالممرات الجينية من KEGG واسترجاع معلومات تفصيلية عن الممرات الجينية لدراسات الإثراء.

التكامل عبر قواعد البيانات

تحويل معرفات جينات KEGG إلى معرفات UniProt أو NCBI Gene أو PubChem للتكامل مع مسارات تحليل أخرى.

فحص تفاعلات الأدوية

البحث في قواعد بيانات الأدوية والتحقق من تفاعلات الأدوية المحتملة باستخدام نقطة نهاية KEGG DDI.

جرّب هذه الموجهات

قائمة الممرات الجينية 
استخدم kegg_list لاسترجاع جميع الممرات الجينية من KEGG للإنسان (hsa) واعرض أول 10 معرفات وأسماء للممرات الجينية.
البحث عن الجينات 
ابحث في قاعدة بيانات جينات KEGG عن الإدخالات المطابقة لـ 'p53' باستخدام kegg_find واعرض النتائج.
ربط الممرات الجينية 
استخدم kegg_link للعثور على جميع الممرات الجينية من KEGG التي تحتوي على جين TP53 (hsa:7157) واسترجاع المعلومات الأساسية لكل منها.
تحويل المعرفات 
حوّل جميع معرفات جينات KEGG البشرية إلى معرفات NCBI Gene باستخدام kegg_conv واعرض أول 5 أزواج من التحويل.

أفضل الممارسات

  • قم بتخزين نتائج API محليًا لتقليل الطلبات المتكررة واحترام حدود معدل الطلبات.
  • تحقق من رموز حالة HTTP (200=نجاح، 400=طلب سيئ، 404=غير موجود) لمعالجة الأخطاء.
  • استخدم رموز الكائنات المحددة (hsa، mmu، eco) لتضييق النتائج وتحسين الأداء.

تجنب

  • إجراء طلبات متتالية سريعة بدون فترات انتتهك إرشادات استخدام KEGG API.
  • تجاهل استجابات أخطاء HTTP - تعامل دائمًا مع أخطاء 400/404 بشكل مناسب.
  • طلب أكثر من 10 إدخالات في استدعاء واحد - KEGG يحد من عمليات الدُفعات.

الأسئلة المتكررة

ما هي KEGG؟
KEGG (موسوعة كيوتو للجينات والجينوم) هي قاعدة بيانات لفهم الوظائف عالية المستوى للأنظمة البيولوجية من البيانات الجينومية والجزيئية.
هل هذه الأداة مجانية للاستخدام؟
KEGG API مجانية للاستخدام الأكاديمي. التطبيقات التجارية تتطلب ترخيصًا منفصلاً من KEGG.
ما هي الكائنات المدعومة؟
KEGG تدعم آلاف الكائنات الحية بما في ذلك الإنسان (hsa)، والفأر (mmu)، والخميرة (sce)، والإشريكية القولونية (eco).
هل يمكنني الحصول على بيانات التسلسل؟
نعم، استخدم kegg_get مع 'aaseq' للحصول على تسلسلات البروتينات أو 'ntseq' للحصول على تسلسلات النوكليوتيدات.
كيف يمكنني تحويل معرفات الجينات؟
استخدم kegg_conv مع قاعدة البيانات الهدف (uniprot، ncbi-geneid) والمصدر (رمز الكائن أو معرف الجين المحدد).
ما هي حدود API؟
الحد الأقصى 10 إدخالات لكل طلب. صيغ الصور وKGML وJSON تسمح بإدخال واحد فقط في كل مرة.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

Non-academic use of KEGG requires a commercial license

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/kegg-database

مرجع

main

بنية الملفات

📁 references/

📄 kegg_reference.md

📁 scripts/

📄 kegg_api.py

📄 SKILL.md